Необходимые библиотеки:

h5py python-dev-tools hdbscan jupyter jupytext matplotlib numba numpy==1.21.3 opencv-python pandas pathos Pillow PyQt5==5.14.2 scikit-image scikit-learn scipy swan tifffile tqdm umap-learn

Установка с помощью файла requierments.txt

pip install -r requierments.txt

Не все библиотеки можно установить напрямую из pip/conda. Для некоторых требуются дополнительные действия.

Napari

pip install "napari[all]"

Убедитесь, что PyQt5 нужной версии (5.14.2), иначе при запуске napari ноутбук будет падать

Image-funcut

https://github.com/abrazhe/image-funcut Используем ветку !develop! В ридми указаны способы установки, но на всякий случай добавлю свой.

• Клонируем репозиторий на свой компьютер
• Переходим в папку с библиотекой.
• Переходим в ветку develop

git checkout develop

• Запускаем виртуальное окружение (если есть)
• Устанавливаем библиотеку

pip3 install -e .

• Радуемся!

uCats

https://github.com/abrazhe/uCats Аналогично предыдущему.

• Клонируем репозиторий на свой компьютер
• Переходим в папку с библиотекой.
• Запускаем виртуальное окружение (если есть)
• Устанавливаем библиотеку

pip3 install -e .

• Радуемся!

Astromorpho

https://gitlab.com/semyanov-astro/astromorpho Возможно потребуется доступ так как репозиторий закрытый. Аналогично предыдущему. Потребуется установленная библиотека image-funcut (см. выше)

• Клонируем репозиторий на свой компьютер
• Переходим в папку с библиотекой.
• Запускаем виртуальное окружение (если есть)
• Устанавливаем библиотеку

pip3 install -e .

• Радуемся!