Необходимые библиотеки:
h5py python-dev-tools hdbscan jupyter jupytext matplotlib numba numpy==1.21.3 opencv-python pandas pathos Pillow PyQt5==5.14.2 scikit-image scikit-learn scipy swan tifffile tqdm umap-learn
Установка с помощью файла requierments.txt
pip install -r requierments.txt
Не все библиотеки можно установить напрямую из pip/conda. Для некоторых требуются дополнительные действия.
Napari
pip install "napari[all]"
Убедитесь, что PyQt5 нужной версии (5.14.2), иначе при запуске napari ноутбук будет падать
Image-funcut
https://github.com/abrazhe/image-funcut Используем ветку !develop! В ридми указаны способы установки, но на всякий случай добавлю свой.
- Клонируем репозиторий на свой компьютер
- Переходим в папку с библиотекой.
- Переходим в ветку develop
git checkout develop
- Запускаем виртуальное окружение (если есть)
- Устанавливаем библиотеку
pip3 install -e .
- Радуемся!
uCats
https://github.com/abrazhe/uCats Аналогично предыдущему.
- Клонируем репозиторий на свой компьютер
- Переходим в папку с библиотекой.
- Запускаем виртуальное окружение (если есть)
- Устанавливаем библиотеку
pip3 install -e .
- Радуемся!
Astromorpho
https://gitlab.com/semyanov-astro/astromorpho Возможно потребуется доступ так как репозиторий закрытый. Аналогично предыдущему. Потребуется установленная библиотека image-funcut (см. выше)
- Клонируем репозиторий на свой компьютер
- Переходим в папку с библиотекой.
- Запускаем виртуальное окружение (если есть)
- Устанавливаем библиотеку
pip3 install -e .
- Радуемся!