Introdução a programação de computadores aplicada a ciências biológicas - CEN0336

Tradução e modificação do material associado a programmingforbiology.org, associado a disciplina "CEN0336 - Introdução a Programação de Computadores Aplicada a Ciências Biológicas"

Criador e Instrutor da versão em Português Diego M. Riaño-Pachón

Criadores do material na versão em Inglês Simon Prochnik Sofia Robb

• Panorama geral
  • Por que?
  • Dicas úteis
• Unix
  • Unix 1
    • Panorama de Unix
      • O que é a linha de comandos?
    • O básico
      • Formas de acessar o terminal do Linux
      • OK. Estou no terminal. E agora?
      • Prompt da linha de comandos
      • Executando comandos
      • Edição da linha de comandos
      • Curingas
      • Lar doce lar
      • Conhecendo o sistema de arquivos
      • Comandos essenciais de Unix
      • Obtendo informação dos comandos
      • Encontrando quais comandos estão disponíveis no seu computador
      • Argumentos e switches na linha de comando
      • Espaços e caracteres estranhos
      • Comandos úteis
      • Manipulando pastas
      • Rede
      • E/S padrão e redirecionamento
      • Um exemplo simples
      • Meta-caracteres de redirecionamento
      • Filtros, Nomes de arquivos, e entrada padrão
      • E/S Padrão e Tubos
      • Mais Exemplos de Encadeamento de Comandos (Pipes)
    • Mais Unix
    • Link para o conjunto de problemas 1 de Unix
  • Unix 2
    • Editores de texto
    • Introdução ao nano
      • Usando nano
    • Introdução ao vi
      • Começando com o vi
      • Criando, Escrevendo, e salvando o percorrer de um arquivo
      • Atividades comuns e comandos vi
      • Outras dicas úteis
      • Caneca do vi
  • Git para iniciantes
    • A maior figura.
      • Colaboração
      • Armazenando versões
      • Restaurando Versões Anteriores
      • Backup
      • Os detalhes
    • O Básico
    • Criando um novo repositório
      • Mantendo o monitoramento de diferenças entre repositórios locais e remotos
      • Deletando e movendo arquivos
      • Conseguir uma cópia do arquivo em seu remoto
      • Dicas
    • Clonando um Repositório
      • Trazendo mudanças do repositório remoto para o local
      • Links para tópicos levemente menos básicos
    • Link para o conjunto de problemas Unix 2
• Aulas de Python
  • Python 1
    • Visão geral de Python
    • Rodando Python
      • Interpretador interativo
      • Scripts em Python são arquivos de texto
      • Rodando scripts em Python
      • Uma forma mais rápida/melhor de rodar scripts em Python
    • Sintaxe
      • Nomes de variável em Python
      • Convenções para nomeação de nomes de variável em Python
      • Palavras reservadas
      • Linhas e indentação
      • Comentários
      • Linhas em branco
    • Tipos de dados e variáveis
      • Números e Strings
      • Listas
      • Tuplas
      • Dicionário
      • Parâmetros de linha de comando: uma lista especial de par
      • Com que tipo de objeto estou trabalhando?
    • Link to Python 1 Problem Set
  • Python 2
    • Operadores
      • Operadores aritméticos
      • Operadores de atribuição
      • Operadores de comparação
      • Operadores lógicos
      • Operadores de filiação
      • Operador Precedente
    • Verdade
      • Use bool() para testar a verdade
    • Lógica: Declarações de controle
      • Declaração If
      • if/elif
    • Números
      • inteiros
      • número de ponto flutuante
      • número complexo
      • Funções de conversão
      • Funções numéricas
    • Comparando dois números
    • Link to Python 2 Problem Set
  • Python 3
    • Sequências
    • Quais funções vão com meu objeto?
    • Cordas
      • Aspas
      • Cordas e a função print()
      • Caracteres especiais e de escape
      • Concatenação
      • A diferença entre a corda e o integrador
      • Determinar a extensão de uma corda
      • Alterando o caso da corda
      • Encontrar e contar
      • Substituir uma corda com outra
      • Extraindo um subtermo, ou separando
      • Reverter uma corda ou uma lista
      • Outros métodos de corda
    • Formatação de corda
      • A mini-linguagem format()
      • Sumário de símbolos de formatação especiais até agora
      • Qual é o ponto?
    • Link to Python 3 Problem Set
  • Python 4
    • Listas e Tuplas
      • Listas
      • Tuplas
      • De volta às listas
      • Acessando valores em listas
      • Alterando valores em uma lista
      • Extraindo um subconjunto de uma lista, ou Recortando
      • Lista de operadores
      • Lista de funções
      • Lista de métodos
      • Construindo uma lista um valor por vez
    • Loops
      • While loop
      • While Loop Syntaxe
      • Loops infinitos
      • For Loops
      • For Loop Syntaxe
      • Controle de loop
      • Controle de loop: Break
      • Controle de loop: Continue
      • Iteradores
      • Compreensão de lista
    • Link to Python 4 Problem Set
  • Python 5
    • Dictionaries
      • Creating a Dictionary
      • Accessing Values in Dictionaries
      • Changing Values in a Dictionary
      • Accessing Each Dictionary Key/Value
      • Building a Dictionary one Key/Value at a Time
      • Checking That Dictionary Keys Exist
      • Dictionary Operators
      • Building a Dictionary one Key/Value at a Time using a loop
      • Sorting Dictionary Keys
      • Dictionary Functions
      • Dictionary Methods
    • Sets
      • Set Operators
      • Set Functions
      • Set Methods
      • Build a dictionary of NT counts using a set and loops
    • Link to Python 5 Problem Set
  • Python 6
    • I/O and Files
      • Writing to the Screen
      • Reading input from the keyboard
      • Reading from a File
      • Open a File
      • Reading the contents of a file
      • Opening a file with with open() as fh:
      • Writing to a File
      • Building a Dictionary from a File
    • Link to Python 6 Problem Set
  • Python 7
    • Regular Expressions
      • Individual Characters
      • Character Classes
      • Anchors
      • Quantifiers
      • Variables and Patterns
      • Either Or
      • Subpatterns
      • Using Subpatterns Inside the Regular Expression Match
      • Using Subpatterns Outside the Regular Expression
      • Get position of the subpattern with finditer()
      • Subpatterns and Greediness
      • Practical Example: Codons
      • Truth and Regular Expression Matches
      • Using Regular expressions in substitutions
      • Using subpatterns in the replacement
      • Regular Expression Option Modifiers
    • Helpful Regex tools
    • Link to Python 7 Problem Set
  • Python 8
    • Data Structures
      • List of lists
      • Lists of dictionaries
      • Dictionaries of lists
      • Dictionaries of dictionaries
      • Building Complex Datastructures
    • Link to Python 8 Problem Set
  • Python 9
    • Exceptions
      • try/except/else/finally
      • Getting more information about an exception
      • Raising an Exception
      • Creating Custom Exceptions
    • Link to Python 9 Problem Set
  • Python 10
    • Functions
      • Defining a Function that calculates GC Content
      • Using your function to calculate GC content
      • The details
      • Naming Arguments
      • Keyword Arguments
      • Default Values for Arguments
      • Lambda expressions
    • Scope
      • Local Variables
      • Global
    • Modules
      • Getting information about modules with pydoc
      • os.path
      • os.system
      • subprocess
        • Capturing output from a shell pipeline
        • Capturing output the long way (for a single command)
        • Check the exit status of a command
        • Run a command with that redirects stdout to a file using python subprocess
      • sys
      • re
      • collections
      • copy
      • math
      • random
      • statistics
      • glob
      • argparse
    • Many more modules that do many things
    • Link to Python 10 Problem Set
  • Python 11
    • Classes
      • You have been using classes to create objects
      • attributes and methods
      • Creating a Class
      • Creating a DNARecord Object
      • Retrieving attribute values
      • Using class methods
      • Getting data into a new instance of our class
        • init
    • Link to Python 11 Problem Set
• Workshops
  • BioPython -- Sofia Robb
  • NGS -- Anoja Perera
  • Sequence Homology -- Bill Pearson
  • Genome Assembly -- Deb Triant
  • Bioinformatics and Useful Tools -- Simon Prochnik
  • STAR RNA Aligner -- Alex Dobin
  • RNAseq -- Brian Haas
  • Ethics and Responsibility in Bioinformatics -- Simon Prochnik
  • GMOD -- Scott Cain
  • Protein Function -- Huaiyu Mi
  • Structural Variation -- Tomas Marques