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theiagen · Sep 21, 2023 · 3d47daa · 3d47daa
1 parent 03b6b88
commit 3d47daa
Showing 1 changed file with 1 addition and 1 deletion.
diff --git a/workflows/theiacov/wf_theiacov_fasta.wdl b/workflows/theiacov/wf_theiacov_fasta.wdl
@@ -334,7 +334,7 @@ workflow theiacov_fasta {
     # Nextclade outputs
     File? nextclade_json = select_first([sarscov2_nextclade.nextclade_json, mpxv_nextclade.nextclade_json, rsv_a_nextclade.nextclade_json, rsv_b_nextclade.nextclade_json, flu_h1n1_ha_nextclade.nextclade_json, flu_h1n1_na_nextclade.nextclade_json, flu_h3n2_ha_nextclade.nextclade_json, flu_h3n2_na_nextclade.nextclade_json, flu_yam_ha_nextclade.nextclade_json, flu_vic_ha_nextclade.nextclade_json, flu_vic_na_nextclade.nextclade_json, create_dummy_file.outputFile])
     File? auspice_json = select_first([sarscov2_nextclade.auspice_json, mpxv_nextclade.auspice_json, rsv_a_nextclade.auspice_json, rsv_b_nextclade.auspice_json, flu_h1n1_ha_nextclade.auspice_json, flu_h1n1_na_nextclade.auspice_json, flu_h3n2_ha_nextclade.auspice_json, flu_h3n2_na_nextclade.auspice_json, flu_yam_ha_nextclade.auspice_json, flu_vic_ha_nextclade.auspice_json, flu_vic_na_nextclade.auspice_json, create_dummy_file.outputFile])
-    File nextclade_tsv = select_first([sarscov2_nextclade.nextclade_tsv, mpxv_nextclade.nextclade_tsv, rsv_a_nextclade.nextclade_tsv, rsv_b_nextclade.nextclade_tsv, flu_h1n1_ha_nextclade.nextclade_tsv, flu_h1n1_na_nextclade.nextclade_tsv, flu_h3n2_ha_nextclade.nextclade_tsv, flu_h3n2_na_nextclade.nextclade_tsv, flu_yam_ha_nextclade.nextclade_tsv, flu_vic_ha_nextclade.nextclade_tsv, flu_vic_na_nextclade.nextclade_tsv, create_dummy_file.outputFile])
+    File? nextclade_tsv = select_first([sarscov2_nextclade.nextclade_tsv, mpxv_nextclade.nextclade_tsv, rsv_a_nextclade.nextclade_tsv, rsv_b_nextclade.nextclade_tsv, flu_h1n1_ha_nextclade.nextclade_tsv, flu_h1n1_na_nextclade.nextclade_tsv, flu_h3n2_ha_nextclade.nextclade_tsv, flu_h3n2_na_nextclade.nextclade_tsv, flu_yam_ha_nextclade.nextclade_tsv, flu_vic_ha_nextclade.nextclade_tsv, flu_vic_na_nextclade.nextclade_tsv, create_dummy_file.outputFile])
     String? nextclade_version = select_first([sarscov2_nextclade.nextclade_version, mpxv_nextclade.nextclade_version, rsv_a_nextclade.nextclade_version, rsv_b_nextclade.nextclade_version, flu_h1n1_ha_nextclade.nextclade_version, flu_h1n1_na_nextclade.nextclade_version, flu_h3n2_ha_nextclade.nextclade_version, flu_h3n2_na_nextclade.nextclade_version, flu_yam_ha_nextclade.nextclade_version, flu_vic_ha_nextclade.nextclade_version, flu_vic_na_nextclade.nextclade_version, "not applicable"])
     String? nextclade_docker = select_first([sarscov2_nextclade.nextclade_docker, mpxv_nextclade.nextclade_docker, rsv_a_nextclade.nextclade_docker, rsv_b_nextclade.nextclade_docker, flu_h1n1_ha_nextclade.nextclade_docker, flu_h1n1_na_nextclade.nextclade_docker, flu_h3n2_ha_nextclade.nextclade_docker, flu_h3n2_na_nextclade.nextclade_docker, flu_yam_ha_nextclade.nextclade_docker, flu_vic_ha_nextclade.nextclade_docker, flu_vic_na_nextclade.nextclade_docker, "not applicable"])
     String nextclade_ds_tag = select_first([sarscov2_nextclade.nextclade_dataset_tag, mpxv_nextclade.nextclade_dataset_tag, rsv_a_nextclade.nextclade_dataset_tag, rsv_b_nextclade.nextclade_dataset_tag, flu_h1n1_ha_nextclade.nextclade_dataset_tag, flu_h1n1_na_nextclade.nextclade_dataset_tag, flu_h3n2_ha_nextclade.nextclade_dataset_tag, flu_h3n2_na_nextclade.nextclade_dataset_tag, flu_yam_ha_nextclade.nextclade_dataset_tag, flu_vic_ha_nextclade.nextclade_dataset_tag, flu_vic_na_nextclade.nextclade_dataset_tag, "not applicable"])