Prácticas

Contenido para clases prácticas. Notebooks, guías, etc

Guía de instalación del entorno

La siguiente guía supone que se está usando ubuntu.

Dependencias del sistema

Primero tenemos que asegurarnos de tener instaladas las dependencias del sistema.

# apt update
# apt install python3 python3-dev python3-venv python3-pip

[Opcional] Crear un virtualenv

venv es un modulo que permite crear entornos virtuales livianos de python. Esto es muy util para que no haya conflictos entre dependencias requeridas en distintos proyectos/entornos.

Vamos a crear un entorno virtual

cd <ubicacion deseada>
virtualenv -p python3 venv

Luego, cada vez que querramos usarlo, tendremos que activarlo

source <ubicacion del virtualenv>/venv/bin/activate

Para mayor comodidad, se puede agregar un alias con ese comando a ~/.alias o ~/.bashrc.

Instalar dependencias de python

Dentro de la carpeta del repo

pip3 install -r requirements.txt

Jupytext

Ver PRs de notebooks es dificil, porque son JSONs. Si fueron ejecutados, además puede haber imágenes en base64 o tablas o texto largo. Para ayudar con este problema podemos usar jupytext. Está en las dependencias incluido. En resumen, cada notebook queda ligado a un script con la metadata necesaria, y ese .py es el que se versiona.

Para poder usarlo (asi como otras extensiones), es necesario tener instalado node.

Para activar la extension

jupyter serverextension enable jupytext
jupyter lab build

ToC

Para ver mejor el árbol de contenidos:

jupyter labextension install @jupyterlab/toc
jupyter lab build

Jupyter widgets

Para ver gráficos interactivos

jupyter labextension install @jupyter-widgets/jupyterlab-manager
jupyter lab build

Plotly

Para ver los graficos hechos con plotly:

jupyter labextension install [email protected]
jupyter labextension install @jupyter-widgets/jupyterlab-manager [email protected]

Levantar jupyter lab

Estando en la carpeta del repo

jupyter lab

Nota: Si en los pasos anteriores usamos un virtualenv, hay que activarlo primero.

Cerrar jupyter lab

Con doble Ctrl+C se apaga sin confirmación. Con Ctrl+C una sola vez, pedirá confirmación.

Nota: Esto se debe hacer en la terminal donde hemos dejado levantado el server.

Entorno de desarrollo

Pre-commit

Para mejorar la calidad del codigo subido, usamos pre-commit, que instala varios hooks que se ejecutan antes de un commit o push. Estos hooks estan definidos en .pre-commit-config.yaml.

$ pre-commit install
$ pre-commit install -t pre-push

Github Actions

En la carpeta .github/workflows hay archivos .yml que definen los pipelines de gitub actions.

tex.yml

Este pipeline compila el archivo guia/guia.tex a pdf y lo sube al branch guia-ejs. Solo se ejecuta al pushear a master.

Esto nos asegura que los últimos cambios queden disponibilizados. Poríamos olvidarnos de pushear el pdf, que además es un archivo binario-ish que puede ser medio molesto tener en PRs.

notebooks.yml

Este pipeline recorre la carpeta clases, pasa cada .py creados con jupytext a .ipynb y los ejecuta. Luego copia los notebooks ejecutados y el archivo requirements.txt al branch notebooks.

Si algún notebook no se renderizara, se pueden revisar los logs de github actions a ver cual fue el error.

Nota: los notebooks deberian poder correr de punta a punta sin errores para poder ser pasados a .ipynb. Si alguna celda se requiere que falle, hay que recordar ponerle el tag raises-exception a dicha celda.