CommonNeighborAnalysis-Python

CommonNeighborAnalysis core algorithm written in python

1. 使用方法：

1. 准备一个data文件，不需要太大，几百个原子就够了。从data文件里面找一个原子，最好从盒子的中心处取，待会要查找这个原子的邻居等参数，记录一下原子在data文件第几行。
2. 主程序1.1.py，需要在choose函数修改几个参数，第一个是要读取的data文件名，第二个是邻居个数，一般是12或者14，对应到程序里填13或者15（因为我程序写的不是太完美，需要把邻居数+1才能正常运行，实际还是按照12或14个邻居计算的），第三个参数是cline，就是要计算的原子在data文件的第几行，需要手动减去1，因为python读取的时候第一行的下标是0。还有一个参数是type，因为choose函数定义了好几种类型，type需要指定其中一种。
3. 运行python 1.1.py

下面运行是通过该脚本的输出来获取的识别参数的是示例：

1. 下图是一个fcc原子的识别结果，输出的内容有三行，分别代表i,j,k三个数，每一行有12个数，就是邻居的个数，每一个邻居原子的(i,j,k)三个参数都是(4,2,1)

2. 这个是我用到的A15结构中Nb原子的输出结果，用到了14个邻居原子，可以看到他有2个邻居原子的(i,j,k)是(6,6,6)，有12个邻居原子的(i,j,k)是(5,5,5).

注：这个程序只是用来测试cna所需要的（i,j,k）三个参数，最终是要借助ovito识别，后面还需要去修改ovito的源码，cna的adaptive部分，加几个判断条件。

2. ovito源码的修改：

目录：src\ovito\particles\modifier\analysis\cna

.h文件(头文件)里修改一处

.cpp文件里再修改几处，这里需要根据自己的情况进行修改。

3. 结果展示：

原版

修改版

引用：

Zhu, B., Xiao, G., Yang, L., Liu, L., & Qiao, L. Insights on grain boundary effects on crack formation and propagation in Nb3Sn coatings at low temperature and high strain rates: A molecular dynamics simulation study[J]. Superconductor Science and Technology, 2023. http://iopscience.iop.org/article/10.1088/1361-6668/ad06c5