4) Já possuo os dados extraídos do certificado, o que fazer ?

Para emitir as guias para a SEFAZ a GNRE PHP utiliza as configurações previamente definidas na classe abstrata Gnre\Configuration\Setup com isso basta utiliza-la para emitir as guias normalmente.

class MinhaConfiguracao extends Gnre\Configuration\Setup {

`public function getBaseUrl() {`
    `return 'http://meuprojeto.com.br';`
`}`

`public function getCertificateCnpj() {`
    `return 12345678912345;`
`}`

`public function getCertificateDirectory() {`
    `return '/caminho/do/certificado.pfx/';`
`}`

`public function getCertificateName() {`
    `return 'certificado.pfx';`
`}`

`public function getCertificatePassword() {`
    `return 'senha';`
`}`

`public function getCertificatePemFile() {`
    `return '/caminho/para/o/arquivo/extraido/do/certificado.pem';`
`}`

`public function getEnvironment() {`
    `return 1;`
`}`

`public function getPrivateKey() {`
    `return '/caminho/para/o/arquivo/privado.pem';`
`}`

`public function getProxyIp() {`
    `return NULL;`
`}`

`public function getProxyPass() {`
    `return NULL;`
`}`

`public function getProxyPort() {`
    `return NULL;`
`}`

`public function getProxyUser() {`
    `return NULL;`
`}`

}