Update documentation

_sources/seminar/seminar_2023-2024/seminar.md

@@ -23,7 +23,7 @@ Na seminarju boste reševali enostaven [problem](#problem-in-naloga), ki je v os
 
 Prišli ste v novo službo na raziskovalnem institutu ter tam zasedli delovno mesto predhodnega sodelavca instituta, ki so ga odpustili (med drugim) zaradi neurejenega laboratorijskega dnevnika in posledično nesledljivosti raziskav. Raziskovalna skupina, v katero ste prišli, se sicer ukvarja z metagenomiko, zanimajo jih mikrobni proteini, ki bi lahko bili industrijsko in/ali medicinsko zanimivi. Za vašim sodelavcem je ostal kup neurejenih podatkov, med drugim gre za nukleotidna zaporedja v zamrzovalniku shranjenih plazmidnih konstruktov, osnovanih na klonirnem vektorju pUC57, ki v multipli klonirni regiji vsebujejo fragmente z bolj ali manj popolnimi zapisi za mikrobne proteine.
 
-Vaša naloga je, da identificirate proteine, ki so v celoti ali zgolj delno zapisani na vstavljenem fragmentu, ter preko izvedbe različnih bioinformatskih analiz poizkušate ugotoviti čim več karakteristih tega in pa njemu podobnih proteinov. Pri tem uporabite orodja, ki ste jih spoznali na vajah pri Biokemijski informatiki (po želji lahko poiščete in uporabite še kakšna druga orodja). Do nekaterih odgovorov morda ne bo moč priti neposredno iz zapisov za vaš protein v različnih zbirkah – v teh primerih si morate pomagati z zapisi za sorodne proteine, zapisi za katere so morda bolje anotirani, na osnovi tega pa lahko sklepate na karakteristike vašega proteina
+Vaša naloga je, da identificirate protein, ki je v celoti ali zgolj delno zapisani na vstavljenem fragmentu, ter preko izvedbe različnih bioinformatskih analiz poizkušate ugotoviti čim več karakteristih tega in pa njemu podobnih proteinov. Pri tem analiza izvajate na aminokislinskem zaporedju celotnega proteina, ne zgolj na tistem njegovem fragmentu, ki je zapisan na vključku. Pri tem uporabite orodja, ki ste jih spoznali na vajah pri Biokemijski informatiki (po želji lahko poiščete in uporabite še kakšna druga orodja). Do nekaterih odgovorov morda ne bo moč priti neposredno iz zapisov za vaš protein v različnih zbirkah – v teh primerih si morate pomagati z zapisi za sorodne proteine, zapisi za katere so morda bolje anotirani, na osnovi tega pa lahko sklepate na karakteristike vašega proteina
 
 Rezultati analiz naj bodo najmanj:
 - ime in izvorni organizem proteina

seminar/seminar_2023-2024/seminar.html

@@ -545,7 +545,7 @@ <h2>Splošne informacije<a class="headerlink" href="#splosne-informacije" title=
 <section id="problem-in-naloga">
 <h2>Problem in naloga<a class="headerlink" href="#problem-in-naloga" title="Link to this heading">#</a></h2>
 <p>Prišli ste v novo službo na raziskovalnem institutu ter tam zasedli delovno mesto predhodnega sodelavca instituta, ki so ga odpustili (med drugim) zaradi neurejenega laboratorijskega dnevnika in posledično nesledljivosti raziskav. Raziskovalna skupina, v katero ste prišli, se sicer ukvarja z metagenomiko, zanimajo jih mikrobni proteini, ki bi lahko bili industrijsko in/ali medicinsko zanimivi. Za vašim sodelavcem je ostal kup neurejenih podatkov, med drugim gre za nukleotidna zaporedja v zamrzovalniku shranjenih plazmidnih konstruktov, osnovanih na klonirnem vektorju pUC57, ki v multipli klonirni regiji vsebujejo fragmente z bolj ali manj popolnimi zapisi za mikrobne proteine.</p>
-<p>Vaša naloga je, da identificirate proteine, ki so v celoti ali zgolj delno zapisani na vstavljenem fragmentu, ter preko izvedbe različnih bioinformatskih analiz poizkušate ugotoviti čim več karakteristih tega in pa njemu podobnih proteinov. Pri tem uporabite orodja, ki ste jih spoznali na vajah pri Biokemijski informatiki (po želji lahko poiščete in uporabite še kakšna druga orodja). Do nekaterih odgovorov morda ne bo moč priti neposredno iz zapisov za vaš protein v različnih zbirkah – v teh primerih si morate pomagati z zapisi za sorodne proteine, zapisi za katere so morda bolje anotirani, na osnovi tega pa lahko sklepate na karakteristike vašega proteina</p>
+<p>Vaša naloga je, da identificirate protein, ki je v celoti ali zgolj delno zapisani na vstavljenem fragmentu, ter preko izvedbe različnih bioinformatskih analiz poizkušate ugotoviti čim več karakteristih tega in pa njemu podobnih proteinov. Pri tem analiza izvajate na aminokislinskem zaporedju celotnega proteina, ne zgolj na tistem njegovem fragmentu, ki je zapisan na vključku. Pri tem uporabite orodja, ki ste jih spoznali na vajah pri Biokemijski informatiki (po želji lahko poiščete in uporabite še kakšna druga orodja). Do nekaterih odgovorov morda ne bo moč priti neposredno iz zapisov za vaš protein v različnih zbirkah – v teh primerih si morate pomagati z zapisi za sorodne proteine, zapisi za katere so morda bolje anotirani, na osnovi tega pa lahko sklepate na karakteristike vašega proteina</p>
 <p>Rezultati analiz naj bodo najmanj:</p>
 <ul class="simple">
 <li><p>ime in izvorni organizem proteina</p></li>