Output directory structure

├── codon.fasta
├── done.status
├── genes_rejection_reason.tsv
├── inact_mut_data.txt
├── loss_summ_data.tsv
├── nucleotide.fasta
├── orthology_classification.tsv
├── project_args.json
├── prot.fasta
├── query_annotation.bed
├── query_gene_spans.bed
├── query_isoforms.tsv
├── ref_orphan_transcripts.txt
├── t2bit.link -> link to the reference genome
├── q2bit.link -> link to the query genome
├── temp
│   ├── bed_fragments_to_exons.tsv
│   ├── cesar_combined
│   ├── cesar_jobs
│   │   └── ... raw CESAR joblists
│   ├── cesar_jobs_merged
│   ├── cesar_results
│   │   └── ... raw CESAR results per joblist
│   ├── cesar_results.txt
│   ├── cesar_temp_files
│   ├── chain_class_jobs_combined
│   ├── chain_results_df.tsv
│   ├── exons_meta_data.tsv
│   ├── gene_fragments.txt
│   ├── genome_alignment.bst
│   ├── genome_alignment.chain
│   ├── genome_alignment.chain_ID_position
│   ├── inact_mut_data
│   │   └── ... raw detected inactivating mutations data
│   ├── intermediate.bed
|   ├── orthology_scores.tsv
│   ├── paralogs.txt
│   ├── predefined_glp_cesar_split.tsv
│   ├── rejected
│   │   └── ... various files containing data about transcripts/genes excluded from computation + reason
│   ├── toga_filt_ref_annot.bed
│   ├── toga_filt_ref_annot.hdf5
│   ├── toga_init_state.json
│   ├── trans_to_chain_classes.tsv
│   └── trash_exons.bed
├── test.tsv
├── toga_2023_12_10_at_12_31.log
└── version.txt