Skip to content

Commit

Permalink
initial code integration as a script
Browse files Browse the repository at this point in the history
  • Loading branch information
@gordonkoehn
gordonkoehn committed Sep 12, 2024
1 parent a4a2a7b commit 8e9b893
Show file tree
Hide file tree
Showing 4 changed files with 951 additions and 0 deletions.
209 changes: 209 additions & 0 deletions resources/amplicon_covs/ArticV41primers2.tsv
View file
Original file line number Diff line number Diff line change
@@ -0,0 +1,209 @@
MN908947.3 25 50 SARS-CoV-2_1_LEFT 1 +
MN908947.3 324 344 SARS-CoV-2_2_LEFT 2 +
MN908947.3 408 431 SARS-CoV-2_1_RIGHT 1 -
MN908947.3 644 666 SARS-CoV-2_3_LEFT 1 +
MN908947.3 705 727 SARS-CoV-2_2_RIGHT 2 -
MN908947.3 944 966 SARS-CoV-2_4_LEFT 2 +
MN908947.3 1017 1044 SARS-CoV-2_3_RIGHT 1 -
MN908947.3 1245 1266 SARS-CoV-2_5_LEFT 1 +
MN908947.3 1337 1362 SARS-CoV-2_4_RIGHT 2 -
MN908947.3 1540 1562 SARS-CoV-2_6_LEFT 2 +
MN908947.3 1623 1650 SARS-CoV-2_5_RIGHT 1 -
MN908947.3 1851 1875 SARS-CoV-2_7_LEFT 1 +
MN908947.3 1925 1948 SARS-CoV-2_6_RIGHT 2 -
MN908947.3 2154 2180 SARS-CoV-2_8_LEFT 2 +
MN908947.3 2228 2250 SARS-CoV-2_7_RIGHT 1 -
MN908947.3 2483 2508 SARS-CoV-2_9_LEFT 1 +
MN908947.3 2544 2571 SARS-CoV-2_8_RIGHT 2 -
MN908947.3 2780 2813 SARS-CoV-2_10_LEFT_alt1 2 +
MN908947.3 2826 2850 SARS-CoV-2_10_LEFT 2 +
MN908947.3 2861 2885 SARS-CoV-2_9_RIGHT 1 -
MN908947.3 3078 3102 SARS-CoV-2_11_LEFT 1 +
MN908947.3 3156 3177 SARS-CoV-2_10_RIGHT_alt1 2 -
MN908947.3 3183 3210 SARS-CoV-2_10_RIGHT 2 -
MN908947.3 3390 3412 SARS-CoV-2_12_LEFT 2 +
MN908947.3 3470 3492 SARS-CoV-2_11_RIGHT 1 -
MN908947.3 3683 3705 SARS-CoV-2_13_LEFT 1 +
MN908947.3 3769 3794 SARS-CoV-2_12_RIGHT 2 -
MN908947.3 3992 4018 SARS-CoV-2_14_LEFT 2 +
MN908947.3 4067 4093 SARS-CoV-2_13_RIGHT 1 -
MN908947.3 4312 4339 SARS-CoV-2_15_LEFT 1 +
MN908947.3 4387 4409 SARS-CoV-2_14_RIGHT 2 -
MN908947.3 4620 4648 SARS-CoV-2_16_LEFT 2 +
MN908947.3 4685 4710 SARS-CoV-2_15_RIGHT 1 -
MN908947.3 4923 4953 SARS-CoV-2_17_LEFT 1 +
MN908947.3 4995 5017 SARS-CoV-2_16_RIGHT 2 -
MN908947.3 5230 5259 SARS-CoV-2_18_LEFT 2 +
MN908947.3 5302 5331 SARS-CoV-2_17_RIGHT 1 -
MN908947.3 5561 5584 SARS-CoV-2_19_LEFT 1 +
MN908947.3 5620 5643 SARS-CoV-2_18_RIGHT 2 -
MN908947.3 5867 5894 SARS-CoV-2_20_LEFT 2 +
MN908947.3 5932 5957 SARS-CoV-2_19_RIGHT 1 -
MN908947.3 6184 6210 SARS-CoV-2_21_LEFT 1 +
MN908947.3 6247 6272 SARS-CoV-2_20_RIGHT 2 -
MN908947.3 6478 6507 SARS-CoV-2_22_LEFT 2 +
MN908947.3 6553 6582 SARS-CoV-2_21_RIGHT 1 -
MN908947.3 6747 6776 SARS-CoV-2_23_LEFT 1 +
MN908947.3 6859 6885 SARS-CoV-2_22_RIGHT 2 -
MN908947.3 7057 7084 SARS-CoV-2_24_LEFT 2 +
MN908947.3 7122 7148 SARS-CoV-2_23_RIGHT 1 -
MN908947.3 7127 7156 SARS-CoV-2_23_RIGHT_alt1 1 -
MN908947.3 7381 7403 SARS-CoV-2_25_LEFT 1 +
MN908947.3 7440 7467 SARS-CoV-2_24_RIGHT 2 -
MN908947.3 7672 7695 SARS-CoV-2_26_LEFT 2 +
MN908947.3 7747 7770 SARS-CoV-2_25_RIGHT 1 -
MN908947.3 7997 8019 SARS-CoV-2_27_LEFT 1 +
MN908947.3 8063 8092 SARS-CoV-2_26_RIGHT 2 -
MN908947.3 8304 8326 SARS-CoV-2_28_LEFT 2 +
MN908947.3 8367 8392 SARS-CoV-2_27_RIGHT_alt1 1 -
MN908947.3 8370 8395 SARS-CoV-2_27_RIGHT 1 -
MN908947.3 8596 8619 SARS-CoV-2_29_LEFT 1 +
MN908947.3 8691 8714 SARS-CoV-2_28_RIGHT 2 -
MN908947.3 8919 8944 SARS-CoV-2_30_LEFT 2 +
MN908947.3 8990 9013 SARS-CoV-2_29_RIGHT 1 -
MN908947.3 9168 9192 SARS-CoV-2_31_LEFT 1 +
MN908947.3 9306 9329 SARS-CoV-2_30_RIGHT 2 -
MN908947.3 9470 9497 SARS-CoV-2_32_LEFT 2 +
MN908947.3 9535 9564 SARS-CoV-2_31_RIGHT 1 -
MN908947.3 9782 9805 SARS-CoV-2_33_LEFT 1 +
MN908947.3 9842 9866 SARS-CoV-2_32_RIGHT 2 -
MN908947.3 10076 10099 SARS-CoV-2_34_LEFT 2 +
MN908947.3 10150 10176 SARS-CoV-2_33_RIGHT 1 -
MN908947.3 10393 10419 SARS-CoV-2_35_LEFT 1 +
MN908947.3 10465 10491 SARS-CoV-2_34_RIGHT 2 -
MN908947.3 10713 10742 SARS-CoV-2_36_LEFT 2 +
MN908947.3 10785 10810 SARS-CoV-2_35_RIGHT 1 -
MN908947.3 11000 11023 SARS-CoV-2_37_LEFT 1 +
MN908947.3 11092 11116 SARS-CoV-2_36_RIGHT 2 -
MN908947.3 11305 11330 SARS-CoV-2_38_LEFT 2 +
MN908947.3 11388 11414 SARS-CoV-2_37_RIGHT 1 -
MN908947.3 11624 11651 SARS-CoV-2_39_LEFT 1 +
MN908947.3 11689 11720 SARS-CoV-2_38_RIGHT 2 -
MN908947.3 11937 11963 SARS-CoV-2_40_LEFT 2 +
MN908947.3 12011 12033 SARS-CoV-2_39_RIGHT 1 -
MN908947.3 12234 12255 SARS-CoV-2_41_LEFT 1 +
MN908947.3 12317 12339 SARS-CoV-2_40_RIGHT 2 -
MN908947.3 12519 12546 SARS-CoV-2_42_LEFT 2 +
MN908947.3 12618 12643 SARS-CoV-2_41_RIGHT 1 -
MN908947.3 12831 12856 SARS-CoV-2_43_LEFT 1 +
MN908947.3 12895 12920 SARS-CoV-2_42_RIGHT 2 -
MN908947.3 13124 13148 SARS-CoV-2_44_LEFT 2 +
MN908947.3 13218 13240 SARS-CoV-2_43_RIGHT 1 -
MN908947.3 13463 13485 SARS-CoV-2_45_LEFT 1 +
MN908947.3 13506 13528 SARS-CoV-2_44_RIGHT 2 -
MN908947.3 13752 13775 SARS-CoV-2_46_LEFT 2 +
MN908947.3 13833 13859 SARS-CoV-2_45_RIGHT 1 -
MN908947.3 14045 14075 SARS-CoV-2_47_LEFT 1 +
MN908947.3 14120 14144 SARS-CoV-2_46_RIGHT 2 -
MN908947.3 14338 14362 SARS-CoV-2_48_LEFT 2 +
MN908947.3 14428 14457 SARS-CoV-2_47_RIGHT 1 -
MN908947.3 14647 14674 SARS-CoV-2_49_LEFT 1 +
MN908947.3 14717 14743 SARS-CoV-2_48_RIGHT 2 -
MN908947.3 14953 14983 SARS-CoV-2_50_LEFT 2 +
MN908947.3 15023 15050 SARS-CoV-2_49_RIGHT 1 -
MN908947.3 15214 15237 SARS-CoV-2_51_LEFT 1 +
MN908947.3 15336 15358 SARS-CoV-2_50_RIGHT 2 -
MN908947.3 15535 15557 SARS-CoV-2_52_LEFT 2 +
MN908947.3 15596 15619 SARS-CoV-2_51_RIGHT 1 -
MN908947.3 15855 15881 SARS-CoV-2_53_LEFT 1 +
MN908947.3 15917 15941 SARS-CoV-2_52_RIGHT 2 -
MN908947.3 16112 16137 SARS-CoV-2_54_LEFT 2 +
MN908947.3 16239 16260 SARS-CoV-2_53_RIGHT 1 -
MN908947.3 16386 16408 SARS-CoV-2_55_LEFT 1 +
MN908947.3 16483 16508 SARS-CoV-2_54_RIGHT 2 -
MN908947.3 16692 16714 SARS-CoV-2_56_LEFT 2 +
MN908947.3 16767 16796 SARS-CoV-2_55_RIGHT 1 -
MN908947.3 16986 17013 SARS-CoV-2_57_LEFT 1 +
MN908947.3 17082 17105 SARS-CoV-2_56_RIGHT 2 -
MN908947.3 17323 17345 SARS-CoV-2_58_LEFT 2 +
MN908947.3 17381 17405 SARS-CoV-2_57_RIGHT 1 -
MN908947.3 17615 17642 SARS-CoV-2_59_LEFT 1 +
MN908947.3 17688 17711 SARS-CoV-2_58_RIGHT 2 -
MN908947.3 17911 17939 SARS-CoV-2_60_LEFT 2 +
MN908947.3 17997 18022 SARS-CoV-2_59_RIGHT 1 -
MN908947.3 18244 18267 SARS-CoV-2_61_LEFT 1 +
MN908947.3 18307 18328 SARS-CoV-2_60_RIGHT 2 -
MN908947.3 18550 18578 SARS-CoV-2_62_LEFT 2 +
MN908947.3 18624 18652 SARS-CoV-2_61_RIGHT 1 -
MN908947.3 18869 18891 SARS-CoV-2_63_LEFT 1 +
MN908947.3 18936 18961 SARS-CoV-2_62_RIGHT 2 -
MN908947.3 19183 19208 SARS-CoV-2_64_LEFT 2 +
MN908947.3 19252 19277 SARS-CoV-2_63_RIGHT 1 -
MN908947.3 19485 19513 SARS-CoV-2_65_LEFT 1 +
MN908947.3 19558 19586 SARS-CoV-2_64_RIGHT 2 -
MN908947.3 19810 19836 SARS-CoV-2_66_LEFT 2 +
MN908947.3 19877 19901 SARS-CoV-2_65_RIGHT 1 -
MN908947.3 20090 20117 SARS-CoV-2_67_LEFT 1 +
MN908947.3 20186 20216 SARS-CoV-2_66_RIGHT 2 -
MN908947.3 20377 20405 SARS-CoV-2_68_LEFT 2 +
MN908947.3 20472 20497 SARS-CoV-2_67_RIGHT 1 -
MN908947.3 20677 20699 SARS-CoV-2_69_LEFT 1 +
MN908947.3 20766 20792 SARS-CoV-2_68_RIGHT 2 -
MN908947.3 20988 21013 SARS-CoV-2_70_LEFT 2 +
MN908947.3 21050 21080 SARS-CoV-2_69_RIGHT 1 -
MN908947.3 21294 21316 SARS-CoV-2_71_LEFT 1 +
MN908947.3 21358 21387 SARS-CoV-2_70_RIGHT 2 -
MN908947.3 21532 21561 SARS-CoV-2_72_LEFT 2 +
MN908947.3 21675 21700 SARS-CoV-2_71_RIGHT 1 -
MN908947.3 21865 21889 SARS-CoV-2_73_LEFT 1 +
MN908947.3 21904 21933 SARS-CoV-2_72_RIGHT 2 -
MN908947.3 22091 22113 SARS-CoV-2_74_LEFT 2 +
MN908947.3 22247 22274 SARS-CoV-2_73_RIGHT 1 -
MN908947.3 22402 22428 SARS-CoV-2_75_LEFT 1 +
MN908947.3 22474 22503 SARS-CoV-2_74_RIGHT 2 -
MN908947.3 22648 22677 SARS-CoV-2_76_LEFT 2 +
MN908947.3 22742 22774 SARS-CoV-2_76_LEFT_alt1 2 +
MN908947.3 22785 22805 SARS-CoV-2_75_RIGHT 1 -
MN908947.3 22944 22974 SARS-CoV-2_77_LEFT 1 +
MN908947.3 23028 23057 SARS-CoV-2_76_RIGHT 2 -
MN908947.3 23120 23141 SARS-CoV-2_76_RIGHT_alt1 2 -
MN908947.3 23219 23246 SARS-CoV-2_78_LEFT 2 +
MN908947.3 23327 23351 SARS-CoV-2_77_RIGHT 1 -
MN908947.3 23553 23575 SARS-CoV-2_79_LEFT 1 +
MN908947.3 23611 23635 SARS-CoV-2_78_RIGHT 2 -
MN908947.3 23853 23876 SARS-CoV-2_80_LEFT 2 +
MN908947.3 23914 23944 SARS-CoV-2_79_RIGHT_alt1 1 -
MN908947.3 23927 23955 SARS-CoV-2_79_RIGHT 1 -
MN908947.3 24171 24194 SARS-CoV-2_81_LEFT 1 +
MN908947.3 24233 24258 SARS-CoV-2_80_RIGHT 2 -
MN908947.3 24426 24448 SARS-CoV-2_82_LEFT 2 +
MN908947.3 24545 24567 SARS-CoV-2_81_RIGHT 1 -
MN908947.3 24750 24772 SARS-CoV-2_83_LEFT 1 +
MN908947.3 24814 24836 SARS-CoV-2_82_RIGHT 2 -
MN908947.3 25051 25076 SARS-CoV-2_84_LEFT 2 +
MN908947.3 25122 25150 SARS-CoV-2_83_RIGHT 1 -
MN908947.3 25331 25353 SARS-CoV-2_85_LEFT 1 +
MN908947.3 25438 25461 SARS-CoV-2_84_RIGHT 2 -
MN908947.3 25645 25672 SARS-CoV-2_86_LEFT 2 +
MN908947.3 25711 25740 SARS-CoV-2_85_RIGHT 1 -
MN908947.3 25951 25979 SARS-CoV-2_87_LEFT 1 +
MN908947.3 26026 26050 SARS-CoV-2_86_RIGHT 2 -
MN908947.3 26242 26268 SARS-CoV-2_88_LEFT_alt1 2 +
MN908947.3 26255 26277 SARS-CoV-2_88_LEFT 2 +
MN908947.3 26338 26360 SARS-CoV-2_87_RIGHT 1 -
MN908947.3 26564 26587 SARS-CoV-2_89_LEFT 1 +
MN908947.3 26592 26621 SARS-CoV-2_89_LEFT_alt1 1 +
MN908947.3 26635 26661 SARS-CoV-2_88_RIGHT 2 -
MN908947.3 26873 26895 SARS-CoV-2_90_LEFT 2 +
MN908947.3 26956 26979 SARS-CoV-2_89_RIGHT 1 -
MN908947.3 26966 26991 SARS-CoV-2_89_RIGHT_alt1 1 -
MN908947.3 27152 27177 SARS-CoV-2_91_LEFT 1 +
MN908947.3 27218 27251 SARS-CoV-2_90_RIGHT_alt1 2 -
MN908947.3 27256 27283 SARS-CoV-2_90_RIGHT 2 -
MN908947.3 27447 27473 SARS-CoV-2_92_LEFT 2 +
MN908947.3 27534 27560 SARS-CoV-2_91_RIGHT 1 -
MN908947.3 27700 27726 SARS-CoV-2_93_LEFT 1 +
MN908947.3 27826 27855 SARS-CoV-2_92_RIGHT 2 -
MN908947.3 27996 28021 SARS-CoV-2_94_LEFT 2 +
MN908947.3 28082 28104 SARS-CoV-2_93_RIGHT 1 -
MN908947.3 28190 28214 SARS-CoV-2_95_LEFT 1 +
MN908947.3 28394 28416 SARS-CoV-2_94_RIGHT 2 -
MN908947.3 28512 28536 SARS-CoV-2_96_LEFT 2 +
MN908947.3 28572 28598 SARS-CoV-2_95_RIGHT 1 -
MN908947.3 28827 28849 SARS-CoV-2_97_LEFT 1 +
MN908947.3 28893 28914 SARS-CoV-2_96_RIGHT 2 -
MN908947.3 29136 29161 SARS-CoV-2_98_LEFT 2 +
MN908947.3 29206 29227 SARS-CoV-2_97_RIGHT 1 -
MN908947.3 29452 29475 SARS-CoV-2_99_LEFT 1 +
MN908947.3 29512 29534 SARS-CoV-2_98_RIGHT 2 -
MN908947.3 29827 29854 SARS-CoV-2_99_RIGHT 1 -
Loading

0 comments on commit 8e9b893

Please sign in to comment.