Target di previsione e dati di sorveglianza
I dati della sorveglianza verranno aggiornati nel repository ogni venerdì, in seguito alla pubblicazione del Rapporto RespiVirNet da parte dell'Istituto Superiore di Sanità. I dati forniti in una specifica settimana sono riferiti ai valori riportati nella settimana precedente. A titolo di esempio, il bollettino RespiVirNet relativo alla settimana 45, contrassegnato come 2023-45, viene pubblicato nella settimana 46. All'interno della cartella sorveglianza/, che si trova al primo livello del repository sono presenti due cartelle, ILI/ e ILI+_FLU/ che contengono i dati di sorveglianza per i diversi target di previsione:
ILIILI+_FLU_AILI+_FLU_B
Il target di previsione ILI rappresenta l'incidenza settimanale di sindromi simil-influenzali per 1000 assistiti. Il dato viene comunicato ogni settimana dall'Istituto Superiore di Sanità mediante il bollettino epidemiologico RespiVirNet. I file relativi ai dati di sorveglianza per questo target (sia storici che per la stagione in corso) sono contenuti nella cartella sorveglianza/ILI/.
I file sono in formato CSV (comma-separated values) e contengono le seguenti colonne:
-
anno: l'anno a cui si riferisce il dato di sorveglianza -
settimana: la settimana a cui si riferisce il dato di sorveglianza -
incidenza: un numero decimale che indica l'incidenza rilevata per 1000 assistiti -
numero_casi: numero di casi rilevati (numeratore perincidenza) -
numero_assistiti: numero di assistiti (denominatore perincidenza) -
target: il target di previsione a cui si riferiscono i dati di sorveglianza (in questo caso è sempreILI)
All'interno della della cartella sorveglianza/ILI/2024-2025 verranno verranno caricati ogni settimana i seguenti file:
italia-YYYY_WW-ILI.csv[regione]-YYYY_WW-ILI.csv
Dove YYYY rappresenta l'anno, WW la settimana indicata con due cifre (ovvero anteponendo lo 0 per le prime 9 settimane) dell'ultimo bollettino RespiVirNet, e [regione] può assumere uno dei 21 valori possibili (abruzzo, basilicata, calabria, campania, emilia_romagna, friuli_venezia_giulia, lazio, liguria, lombardia, marche, molise, pa_bolzano, pa_trento, piemonte, puglia, sardegna, sicilia, toscana, umbria, valle_d_aosta, veneto).
Ciascun file conterrà i valori per il target di riferimento dall'inizio della stagione influenzale fino alla settimana corrispondente (settimana precedente a quella corrente). Se i dati per una specifica data sono assenti, la corrispondente riga sarà mancante nel dataset.
Nota: per facilitare l'accesso ai dati più recenti, è possibile trovare i file più aggiornati all'interno della cartella denominata latest all'interno della directory corrispondente alla stagione in corso (i.e., sorveglianza/ILI/2024-2025/latest). Ad esempio, per recuperare il dato più recente per l'Italia utilizzando Python, è sufficiente eseguire le seguenti righe di codice:
import pandas as pd
df_italia_latest = pd.read_csv("https://raw.githubusercontent.com/Predizioni-Epidemiologiche-Italia/Influcast/main/sorveglianza/ILI/2024-2025/latest/italia-latest-ILI.csv")Il target di previsione ILI+_FLU rappresenta l'incidenza settimanale di sindromi simil-influenzali per 1000 assistiti riconducibili a virus influenzali (A e B). In particolare è calcolato separatamente per Influenza di tipo A e B secondo la seguente formula:
Dove:
- ILI: è l'incidenza settimanale di sindromi simil-influenzali per 1000 assistiti (vedi sopra)
-
$positives_{Flu A}$ : è il numero di campioni risultati positivi a virus influenzali di tipo A in una certa settimana -
$total \ positives$ : è il numero totale di campioni risultati positivi ad un virus respiratorio in una certa settimana
Con un calcolo analogo è possibile ottenere
I file relativi ai dati di sorveglianza per questo target (sia storici che per la stagione in corso) sono contenuti nella cartella sorveglianza/ILI+_FLU/.
I file sono in formato CSV (comma-separated values) e contengono le seguenti colonne:
-
anno: l'anno a cui si riferisce il dato di sorveglianza -
settimana: la settimana a cui si riferisce il dato di sorveglianza -
incidenza: un numero decimale che indica l'incidenza ILI+ rilevata per 1000 assistiti -
target: il target di previsione a cui si riferiscono i dati di sorveglianza (in questo caso può sempreILI+_FLU_AoppureILI+_FLU_B)
All'interno della della cartella sorveglianza/ILI+_FLU/2024-2025 verranno verranno caricati ogni settimana i seguenti file:
italia-YYYY_WW-ILI+_FLU_A.csvitalia-YYYY_WW-ILI+_FLU_B.csv
Dove YYYY rappresenta l'anno, WW la settimana indicata con due cifre (ovvero anteponendo lo 0 per le prime 9 settimane) dell'ultimo bollettino RespiVirNet. Il file italia-YYYY_WW-ILI+_FLU_A.csv è relativo ai dati di sorveglianza per il target ILI+_FLU_A, mentre italia-YYYY_WW-ILI+_FLU_B.csv per il target ILI+_FLU_B. Notiamo come questi target di previsione sono disponibili solo a livello nazionale.
Ciascun file conterrà i valori per il target di riferimento dall'inizio della stagione influenzale fino alla settimana corrispondente (settimana precedente a quella corrente). Se i dati per una specifica data sono assenti, la corrispondente riga sarà mancante nel dataset.
Nota: per facilitare l'accesso ai dati più recenti, è possibile trovare i file più aggiornati all'interno della cartella denominata latest all'interno della directory corrispondente alla stagione in corso (i.e., sorveglianza/ILI+_FLU/2024-2025/latest). Ad esempio, per recuperare il dato più recente per l'Italia utilizzando Python, è sufficiente eseguire le seguenti righe di codice:
import pandas as pd
# ILI+ Flu A
df_italia_latest_FLU_A = pd.read_csv("https://raw.githubusercontent.com/Predizioni-Epidemiologiche-Italia/Influcast/main/sorveglianza/ILI+_FLU/2024-2025/latest/italia-latest-ILI+_FLU_A.csv")
# ILI+ Flu B
df_italia_latest_FLU_B = pd.read_csv("https://raw.githubusercontent.com/Predizioni-Epidemiologiche-Italia/Influcast/main/sorveglianza/ILI+_FLU/2024-2025/latest/italia-latest-ILI+_FLU_B.csv")