Méthodes en écologie computationnelle

(2 crédits)

• Enseignant: Victor Cameron

Livre du cours

• Matériel de cours
• Tutoriels
• Exemples
• Matériel supplémentaire

Bloc 1: Planification de la collecte et organisation des données

• Types de données
• Formulaires de saisie
• Bases de données relationnelles (SQL)
• Requêtes

Bloc 2: Outils pour une science reproductible et transparente

• Système de contrôle de version git
• Le cahier de laboratoire RMarkdown
• L'utilisation de Target pour l'automatisation des tâches

Bloc 3: Visualisation des données

• Les types de graphiques
• Fonctions graphiques de base sur R
• Paramètres graphiques
• Packages R spécialisés

Bloc 4: Communication scientifique

• Rédaction de rapports et d'articles scientifiques
• Mise en page
• Insertion de figures et tableaux
• Gestion des références

Compiler les présentations localement

Avant la première compilation, il est recommandé d'installer les dépendances necessaires:

make install

Pour générer tous les présentations, il suffit juste de taper:

make

Ce commande là va nous compiler les fichiers html que ne sont pas à jours avec leur respecives fichers .Rmd.

Pour compiler une seule présentation, il faut spécifier le nom du bloc du cours envisagé:

# compiler première bloc du cours
make -C bloc1

Workflow

Pour chaque bloc de présentation, make va vérifier s'il y a des fichers .Rmd avec des editions plus recentes que la présentation compilé (index.html). Si oui, il va fusionner tous les .Rmd en un seul ficher index.Rmd, pour finalement compiler la présentation html avec le package rmarkdown. Vous pouvez enfin accéder à la présentation avec le fichier index.html.

Mise en ligne des cours

Notre ami robot, GitHub Actions est en charge de la mise en ligne des cours sur internet. Il y a deux workflows capables d'automatiser la compilation et déploiement des présentation a chaque push. Le première (build.yml) compile les les fichers .Rmd en html, et télécharge les présentations html sur la branche gh-pages. Le deuxième utilise Decktape pour pour exporter les html en format pdf, et aussi le télécharger sur la branche gh-pages.