-
Notifications
You must be signed in to change notification settings - Fork 0
/
main.nf
90 lines (74 loc) · 2.98 KB
/
main.nf
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
#!/usr/bin/env nextflow
/*
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
nxf/loma
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
Github : https://gitlab.phe.gov.uk/Duncan.Berger2/loma
----------------------------------------------------------------------------------------
*/
nextflow.enable.dsl = 2
/*
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
VALIDATE & PRINT PARAMETER SUMMARY
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
*/
include { validateParameters; paramsHelp } from 'plugin/nf-validation'
// Print help message if needed
if (params.help) {
def String command = "./run_loma --input <input_file> \n\n ./run_loma --input <input_file> --input_type guppy --run_dir <guppy output directory>"
// helpMessage()
// log.info paramsHelp(command) + NfcoreTemplate.dashedLine(params.monochrome_logs)
log.info paramsHelp(command)
exit 0
}
if (!params.input) {
def String command = "\nMissing parameter: --input\n\nUsage:\n\tnextflow run main.nf --input <input_file> --input_type fastq\n\n\tnextflow run main.nf --input <input_file> --input_type guppy --run_dir <guppy output directory>\n"
log.info paramsHelp(command)
exit 0
}
//if (!params.input_type) {
// def String command = "\nMissing parameter: --input_type\n\nUsage:\n\tnextflow run main.nf --input <input_file> --input_type fastq\n\n\tnextflow run main.nf --input <input_file> --input_type guppy --run_dir <guppy output directory>\n"
// log.info paramsHelp(command)
// exit 0
//}
if (params.input_type == "guppy") {
if (!params.run_dir) {
def String command = "\nMissing parameter: --run_dir\n\nUsage:\n\tnextflow run main.nf --input <input_file> --input_type fastq\n\n\tnextflow run main.nf --input <input_file> --input_type guppy --run_dir <guppy output directory>\n"
log.info paramsHelp(command)
exit 0
}
}
// Validate input parameters
//if (params.validate_params) {
// validateParameters()
//}
//validateParameters()
//WorkflowMain.initialise(workflow, params, log)
/*
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
NAMED WORKFLOW FOR PIPELINE
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
*/
include { LOMA } from './workflows/loma'
//
// WORKFLOW: Run main nxf/loma analysis pipeline
//
workflow NXF_LOMA {
LOMA ()
}
/*
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
RUN ALL WORKFLOWS
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
*/
//
// WORKFLOW: Execute a single named workflow for the pipeline
//
workflow {
NXF_LOMA ()
}
/*
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
THE END
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
*/