From 77586984ce452359ea1abbd22d0e76ad1b66b5a4 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: mirpedrol Date: Tue, 5 Dec 2023 11:15:00 +0100 Subject: [PATCH] add snapshots for all screens --- .gitignore | 3 + nf_core/pipelines/create/basicdetails.py | 2 +- tests/__snapshots__/test_create_app.ambr | 2989 +++++++++++++++++++++- tests/test_create_app.py | 243 +- 4 files changed, 3112 insertions(+), 125 deletions(-) diff --git a/.gitignore b/.gitignore index 271fdb14e3..a3721da86e 100644 --- a/.gitignore +++ b/.gitignore @@ -115,3 +115,6 @@ ENV/ pip-wheel-metadata .vscode .*.sw? + +# Textual +snapshot_report.html diff --git a/nf_core/pipelines/create/basicdetails.py b/nf_core/pipelines/create/basicdetails.py index dc7248d977..da1b2bf45a 100644 --- a/nf_core/pipelines/create/basicdetails.py +++ b/nf_core/pipelines/create/basicdetails.py @@ -50,7 +50,7 @@ def compose(self) -> ComposeResult: "Name of the main author / authors", ) yield Center( - Button("Next", variant="success"), + Button("Next", id="next", 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+ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + nf-core create + + + + + + + + + + ⭘nf-core create — Create a new pipeline with the nf-core pipeline template + ▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁ + ▎▊ + ▎To nf-core or not to nf-core?▊ + ▎▊ + ▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔ + Next, we need to know what kind of pipeline this will be. + + Choose "nf-core" if: + + ● You want your pipeline to be part of the nf-core community + ● You think that there's an outside chance that it ever could be part of nf-core + + Choose "Custom" if: + + ● Your pipeline will never be part of nf-core + ● You want full control over all features that are included from the template(including  + those that are mandatory for nf-core). + + + ▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔ + nf-coreCustom + ▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁ + + ▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁ + ▎▊ + ▎Not sure? What's the difference?▊ + ▎▊ + ▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔ + Choosing "nf-core" effectively pre-selects the following template features: + + ● GitHub Actions Continuous Integration (CI) configuration for the following: + ▪ Small-scale (GitHub) and large-scale (AWS) tests + ▪ Code format linting with prettier + ▪ Auto-fix functionality using @nf-core-bot + ▪ Marking old issues as stale + ● Inclusion of shared nf-core config profiles + + + + + + + + + + + + +  D  Toggle dark mode  Q  Quit  + + + + + ''' +# --- +# name: test_customisation_help + ''' + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + nf-core create + + + + + + + + + + ⭘nf-core create — Create a new pipeline with the nf-core pipeline template + ▊▔▔▔▔▔▔▔▔▎ + ▊▎Use reference The pipeline will be▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔ + ▊▁▁▁▁▁▁▁▁▎genomesconfigured to use a Hide help + copy of the most ▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁ + common reference  + genome files from  + iGenomes + + + + Nf-core pipelines are configured to use a copy of the most common  + reference genome files. + + By selecting this option, your pipeline will include a  + configuration file specifying the paths to these files. + + The required code to use these files will also be included in the  + template.When the pipeline user provides an appropriate genome ▆▆ + key,the pipeline will automatically download the required  + reference files. + + + ▊▔▔▔▔▔▔▔▔▎ + ▊▎Add Github CI testsThe pipeline will ▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔ + ▊▁▁▁▁▁▁▁▁▎include several Show help + GitHub actions for ▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁ + Continuous  + Integration (CI)  + testing + + ▊▔▔▔▔▔▔▔▔▎ + ▊▎Add Github badgesThe README.md file ▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔ + ▊▁▁▁▁▁▁▁▁▎of the pipeline willShow help + include GitHub ▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁ + badges + + ▊▔▔▔▔▔▔▔▔▎ + ▊▎Add configuration The pipeline will ▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔ + ▊▁▁▁▁▁▁▁▁▎filesinclude Show help + configuration ▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁ + profiles containing  + custom parameters ▆▆ + requried to run  + nf-core pipelines at + ▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔ + Continue + ▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁ + +  D  Toggle dark mode  Q  Quit  + + + + + ''' +# --- +# name: test_final_details + ''' + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + nf-core create + + + + + + + + + + ⭘nf-core create — Create a new pipeline with the nf-core pipeline template + ▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁ + ▎▊ + ▎Final details▊ + ▎▊ + ▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔ + + + First version of the pipelinePath to the output directory where the pipeline  + ▊▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▎will be created + ▊1.0dev▎▊▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▎ + ▊▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▎▊.▎ + ▊▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▎ + + ▊▔▔▔▔▔▔▔▔▎If the pipeline output directory exists, remove it and continue. + ▊▎ + ▊▁▁▁▁▁▁▁▁▎ + ▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔ + Finish + ▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + +  D  Toggle dark mode  Q  Quit  + + + + + ''' +# --- +# name: test_github_details + ''' + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + nf-core create + + + + + + + + + + ⭘nf-core create — Create a new pipeline with the nf-core pipeline template + ▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁ + ▎▊ + ▎Create a GitHub repo▊ + ▎▊ + ▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔ + After creating the pipeline template locally, we can create a GitHub repository and push the + code to it. + + + ▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔ + Your GitHub usernameYour GitHub personal access token for Show + ▊▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▎login.▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁ + ▊mirpedrol▎▊▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▎ + ▊▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▎▊••••••••••••••••••••••••••••••••••••▎ + ▊▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▎ + + Please select the the GitHub repository settings: + + + ▊▔▔▔▔▔▔▔▔▎Select if the new GitHub repo must be private. + ▊▎ + ▊▁▁▁▁▁▁▁▁▎ + ▊▔▔▔▔▔▔▔▔▎Select if you would like to push all the pipeline template files to your GitHub repo + ▊▎and all the branches required to keep the pipeline up to date with new releases of nf-core + ▊▁▁▁▁▁▁▁▁▎ + ▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔ + Create GitHub repoFinish without creating a repo + ▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + +  D  Toggle dark mode  Q  Quit  + + + + + ''' +# --- +# name: test_logging_after_github + ''' + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + nf-core create + + + + + + + + + + ⭘nf-core create — Create a new pipeline with the nf-core pipeline template + +                                         ,--./,-. +         ___     __   __   __   ___     /,-._.--~\ + |\ | |__  __ /  ` /  \ |__) |__         }  { +    | \| |       \__, \__/ |  \ |___     \`-._,-`-, +                                        `._,._,' + + ▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁ + ▎▊ + ▎nf-core create▊ + ▎▊ + ▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔ + Visualising logging output. + + + ▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔ + Close App + ▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁ + + + + + + + + + + + + + + + + + ▂▂ + + + + + + + + + + + + + +  D  Toggle dark mode  Q  Quit  + + + + + ''' +# --- +# name: test_logging_pipeline_created + ''' + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + 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▊▁▁▁▁▁▁▁▁▎filesinclude configurationShow help + profiles containing ▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁ + custom parameters  + requried to run  + nf-core pipelines at  + different  + institutions + + + + + + + + + + + + + + + ▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔ + Continue + ▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁ + +  D  Toggle dark mode  Q  Quit  + + + + + ''' +# --- +# name: test_type_nfcore + ''' + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + nf-core create + + + + + + + + + + ⭘nf-core create — Create a new pipeline with the nf-core pipeline template + ▊▔▔▔▔▔▔▔▔▎ + ▊▎Use reference genomesThe pipeline will be ▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔ + ▊▁▁▁▁▁▁▁▁▎configured to use a Show help + copy of the most ▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁ + common reference  + genome files from  + iGenomes + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + ▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔ + Continue + ▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁ + +  D  Toggle dark mode  Q  Quit  + + + + + ''' +# --- +# name: test_type_nfcore_validation + ''' + + + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - nf-core create + nf-core create - - - - ⭘nf-core create — Create a new pipeline with the nf-core pipeline template - ▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁ - ▎▊ - ▎To nf-core or not to nf-core?▊ - ▎▊ - ▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔ - Next, we need to know what kind of pipeline this will be. - - Choose "nf-core" if: - - ● You want your pipeline to be part of the nf-core community - ● You think that there's an outside chance that it ever could be part of nf-core - - Choose "Custom" if: - - ● Your pipeline will never be part of nf-core - ● You want full control over all features that are included from the template(including  - those that are mandatory for nf-core). - - - ▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔ - nf-coreCustom - ▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁ - - ▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁ - ▎▊ - ▎Not sure? What's the difference?▊ - ▎▊ - ▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔ - Choosing "nf-core" effectively pre-selects the following template features: - - ● GitHub Actions Continuous Integration (CI) configuration for the following: - ▪ Small-scale (GitHub) and large-scale (AWS) tests - ▪ Code format linting with prettier - ▪ Auto-fix functionality using @nf-core-bot - ▪ Marking old issues as stale - ● Inclusion of shared nf-core config profiles - - - - - - - - - - - - -  D  Toggle dark mode  Q  Quit  + + + + ⭘nf-core create — Create a new pipeline with the nf-core pipeline template + ▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁ + ▎▊ + ▎Basic details▊ + ▎▊ + ▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔ + + + GitHub organisationWorkflow name + ▊▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▎▊▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▎ + ▊nf-core▎▊Pipeline Name▎ + ▊▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▎▊▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▎ + Value error, Must be lowercase without  + punctuation. + + A short description of your pipeline. + ▊▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▎ + ▊Description▎ + ▊▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▎ + Value error, Cannot be left empty. + + Name of the main author / authors + ▊▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▎ + ▊Author(s)▎ + ▊▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▎ + Value error, Cannot be left empty. + ▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔ + Next + ▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + +  D  Toggle dark mode  Q  Quit  diff --git a/tests/test_create_app.py b/tests/test_create_app.py index eb0f96a0cd..e91d0a0fae 100644 --- a/tests/test_create_app.py +++ b/tests/test_create_app.py @@ -1,4 +1,6 @@ """ Test Pipeline Create App """ +from unittest import mock + import pytest from nf_core.pipelines.create import PipelineCreateApp @@ -28,10 +30,249 @@ def test_welcome(snap_compare): def test_choose_type(snap_compare): """Test snapshot for the choose_type screen. - screen welcome > press start > screen choose_type + Steps to get to this screen: + screen welcome > press start > + screen choose_type + """ + + async def run_before(pilot) -> None: + await pilot.click("#start") + + assert snap_compare("../nf_core/pipelines/create/__init__.py", terminal_size=(100, 50), run_before=run_before) + + +def test_basic_details_nfcore(snap_compare): + """Test snapshot for the basic_details screen of an nf-core pipeline. + Steps to get to this screen: + screen welcome > press start > + screen choose_type > press nf-core > + screen basic_details + """ + + async def run_before(pilot) -> None: + await pilot.click("#start") + await pilot.click("#type_nfcore") + + assert snap_compare("../nf_core/pipelines/create/__init__.py", terminal_size=(100, 50), run_before=run_before) + + +def test_basic_details_custom(snap_compare): + """Test snapshot for the basic_details screen of a custom pipeline. + Steps to get to this screen: + screen welcome > press start > + screen choose_type > press custom > + screen basic_details + """ + + async def run_before(pilot) -> None: + await pilot.click("#start") + await pilot.click("#type_custom") + + assert snap_compare("../nf_core/pipelines/create/__init__.py", terminal_size=(100, 50), run_before=run_before) + + +def test_type_nfcore(snap_compare): + """Test snapshot for the type_nfcore screen. + Steps to get to this screen: + screen welcome > press start > + screen choose_type > press nf-core > + screen basic_details > enter pipeline details > press next > + screen type_nfcore + """ + + async def run_before(pilot) -> None: + await pilot.click("#start") + await pilot.click("#type_nfcore") + await pilot.click("#name") + await pilot.press("m", "y", "p", "i", "p", "e", "l", "i", "n", "e") + await pilot.press("tab") + await pilot.press("A", " ", "c", "o", "o", "l", " ", "d", "e", "s", "c", "r", "i", "p", "t", "i", "o", "n") + await pilot.press("tab") + await pilot.press("M", "e") + await pilot.click("#next") + + assert snap_compare("../nf_core/pipelines/create/__init__.py", terminal_size=(100, 50), run_before=run_before) + + +def test_type_nfcore_validation(snap_compare): + """Test snapshot for the type_nfcore screen. + Validation errors should appear when input fields are empty. + Steps to get to this screen: + screen welcome > press start > + screen choose_type > press nf-core > + screen basic_details > press next > + ERRORS + """ + + async def run_before(pilot) -> None: + await pilot.click("#start") + await pilot.click("#type_nfcore") + await pilot.click("#next") + + assert snap_compare("../nf_core/pipelines/create/__init__.py", terminal_size=(100, 50), run_before=run_before) + + +def test_type_custom(snap_compare): + """Test snapshot for the type_custom screen. + Steps to get to this screen: + screen welcome > press start > + screen choose_type > press custom > + screen basic_details > enter pipeline details > press next > + screen type_custom + """ + + async def run_before(pilot) -> None: + await pilot.click("#start") + await pilot.click("#type_custom") + await pilot.click("#name") + await pilot.press("tab") + await pilot.press("m", "y", "p", "i", "p", "e", "l", "i", "n", "e") + await pilot.press("tab") + await pilot.press("A", " ", "c", "o", "o", "l", " ", "d", "e", "s", "c", "r", "i", "p", "t", "i", "o", "n") + await pilot.press("tab") + await pilot.press("M", "e") + await pilot.click("#next") + + assert snap_compare("../nf_core/pipelines/create/__init__.py", terminal_size=(100, 50), run_before=run_before) + + +def test_final_details(snap_compare): + """Test snapshot for the final_details screen. + Steps to get to this screen: + screen welcome > press start > + screen choose_type > press nf-core > + screen basic_details > enter pipeline details > press next > + screen type_nfcore > press continue > + screen final_details + """ + + async def run_before(pilot) -> None: + await pilot.click("#start") + await pilot.click("#type_nfcore") + await pilot.click("#name") + await pilot.press("m", "y", "p", "i", "p", "e", "l", "i", "n", "e") + await pilot.press("tab") + await pilot.press("A", " ", "c", "o", "o", "l", " ", "d", "e", "s", "c", "r", "i", "p", "t", "i", "o", "n") + await pilot.press("tab") + await pilot.press("M", "e") + await pilot.click("#next") + await pilot.click("#continue") + + assert snap_compare("../nf_core/pipelines/create/__init__.py", terminal_size=(100, 50), run_before=run_before) + + +def test_customisation_help(snap_compare): + """Test snapshot for the type_custom screen - showing help messages. + Steps to get to this screen: + screen welcome > press start > + screen choose_type > press nf-core > + screen basic_details > enter pipeline details > press next > + screen type_custom > press Show more + """ + + async def run_before(pilot) -> None: + await pilot.click("#start") + await pilot.click("#type_custom") + await pilot.click("#name") + await pilot.press("tab") + await pilot.press("m", "y", "p", "i", "p", "e", "l", "i", "n", "e") + await pilot.press("tab") + await pilot.press("A", " ", "c", "o", "o", "l", " ", "d", "e", "s", "c", "r", "i", "p", "t", "i", "o", "n") + await pilot.press("tab") + await pilot.press("M", "e") + await pilot.click("#next") + await pilot.click("#igenomes") + await pilot.press("tab") + await pilot.press("enter") + + assert snap_compare("../nf_core/pipelines/create/__init__.py", terminal_size=(100, 50), run_before=run_before) + + +@mock.patch("nf_core.pipelines.create.create.PipelineCreate.init_pipeline", return_value=None) +def test_logging_pipeline_created(mock_init_pipeline, snap_compare): + """Test snapshot for the final_details screen. + Steps to get to this screen: + screen welcome > press start > + screen choose_type > press nf-core > + screen basic_details > enter pipeline details > press next > + screen type_nfcore > press continue > + screen final_details > press finish > + screen logging_screen + """ + + async def run_before(pilot) -> None: + await pilot.click("#start") + await pilot.click("#type_nfcore") + await pilot.click("#name") + await pilot.press("m", "y", "p", "i", "p", "e", "l", "i", "n", "e") + await pilot.press("tab") + await pilot.press("A", " ", "c", "o", "o", "l", " ", "d", "e", "s", "c", "r", "i", "p", "t", "i", "o", "n") + await pilot.press("tab") + await pilot.press("M", "e") + await pilot.click("#next") + await pilot.click("#continue") + await pilot.click("#finish") + + assert snap_compare("../nf_core/pipelines/create/__init__.py", terminal_size=(100, 50), run_before=run_before) + + +@mock.patch("nf_core.pipelines.create.create.PipelineCreate.init_pipeline", return_value=None) +def test_github_details(mock_init_pipeline, snap_compare): + """Test snapshot for the final_details screen. + Steps to get to this screen: + screen welcome > press start > + screen choose_type > press nf-core > + screen basic_details > enter pipeline details > press next > + screen type_nfcore > press continue > + screen final_details > press finish > + screen logging_screen > press close_screen > + screen github_repo + """ + + async def run_before(pilot) -> None: + await pilot.click("#start") + await pilot.click("#type_nfcore") + await pilot.click("#name") + await pilot.press("m", "y", "p", "i", "p", "e", "l", "i", "n", "e") + await pilot.press("tab") + await pilot.press("A", " ", "c", "o", "o", "l", " ", "d", "e", "s", "c", "r", "i", "p", "t", "i", "o", "n") + await pilot.press("tab") + await pilot.press("M", "e") + await pilot.click("#next") + await pilot.click("#continue") + await pilot.click("#finish") + await pilot.click("#close_screen") + + assert snap_compare("../nf_core/pipelines/create/__init__.py", terminal_size=(100, 50), run_before=run_before) + + +@mock.patch("nf_core.pipelines.create.create.PipelineCreate.init_pipeline", return_value=None) +def test_logging_after_github(mock_init_pipeline, snap_compare): + """Test snapshot for the final_details screen. + Steps to get to this screen: + screen welcome > press start > + screen choose_type > press nf-core > + screen basic_details > enter pipeline details > press next > + screen type_nfcore > press continue > + screen final_details > press finish > + screen logging_screen > press close_screen > + screen github_repo > press exit (close without creating a repo) > + screen logging_screen """ async def run_before(pilot) -> None: await pilot.click("#start") + await pilot.click("#type_nfcore") + await pilot.click("#name") + await pilot.press("m", "y", "p", "i", "p", "e", "l", "i", "n", "e") + await pilot.press("tab") + await pilot.press("A", " ", "c", "o", "o", "l", " ", "d", "e", "s", "c", "r", "i", "p", "t", "i", "o", "n") + await pilot.press("tab") + await pilot.press("M", "e") + await pilot.click("#next") + await pilot.click("#continue") + await pilot.click("#finish") + await pilot.click("#close_screen") + await pilot.click("#exit") assert snap_compare("../nf_core/pipelines/create/__init__.py", terminal_size=(100, 50), run_before=run_before)