From 2b4ed85d80978e88a0fdcd8d6bbab5d8b33fa714 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: mashehu Date: Tue, 15 Oct 2024 16:03:02 +0200 Subject: [PATCH] fix test path in update-textual-snapshots --- .../workflows/update-textual-snapshots.yml | 2 +- CONTRIBUTING.md | 2 +- nf_core/utils.py | 2 +- .../test_basic_details_custom.svg | 250 ++++++++--------- .../test_basic_details_nfcore.svg | 256 ++++++++--------- .../test_create_app/test_choose_type.svg | 246 ++++++++--------- .../test_customisation_help.svg | 258 ++++++++--------- .../test_create_app/test_final_details.svg | 246 ++++++++--------- .../test_create_app/test_github_details.svg | 260 +++++++++--------- .../test_github_exit_message.svg | 252 ++++++++--------- .../test_create_app/test_github_question.svg | 238 ++++++++-------- .../test_create_app/test_type_custom.svg | 254 ++++++++--------- .../test_create_app/test_type_nfcore.svg | 252 ++++++++--------- .../test_type_nfcore_validation.svg | 254 ++++++++--------- .../test_create_app/test_welcome.svg | 250 ++++++++--------- 15 files changed, 1511 insertions(+), 1511 deletions(-) diff --git a/.github/workflows/update-textual-snapshots.yml b/.github/workflows/update-textual-snapshots.yml index fb936762f8..2adb1b8d81 100644 --- a/.github/workflows/update-textual-snapshots.yml +++ b/.github/workflows/update-textual-snapshots.yml @@ -46,7 +46,7 @@ jobs: - name: Run pytest to update snapshots id: pytest run: | - python3 -m pytest tests/test_create_app.py --snapshot-update --color=yes --durations=0 + python3 -m pytest tests/pipelines/test_create_app.py --snapshot-update --color=yes --durations=0 continue-on-error: true # indication that the run has finished diff --git a/CONTRIBUTING.md b/CONTRIBUTING.md index f9773296c1..ce36354331 100644 --- a/CONTRIBUTING.md +++ b/CONTRIBUTING.md @@ -153,7 +153,7 @@ Optionally followed by the description that you want to add to the changelog. - Update Textual snapshots: -If the Textual snapshots (run by `tests/test_crate_app.py`) fail, an HTML report is generated and uploaded as an artifact. +If the Textual snapshots (run by `tests/pipelines/test_crate_app.py`) fail, an HTML report is generated and uploaded as an artifact. If you are sure that these changes are correct, you can automatically update the snapshots form the PR by posting a comment with the magic words: ``` diff --git a/nf_core/utils.py b/nf_core/utils.py index 068da22def..87dd307e70 100644 --- a/nf_core/utils.py +++ b/nf_core/utils.py @@ -323,7 +323,7 @@ def fetch_wf_config(wf_path: Path, cache_config: bool = True) -> dict: # If we can, save a cached copy # HINT: during testing phase (in test_download, for example) we don't want - # to save configuration copy in $HOME, otherwise the tests/test_download.py::DownloadTest::test_wf_use_local_configs + # to save configuration copy in $HOME, otherwise the tests/pipelines/test_download.py::DownloadTest::test_wf_use_local_configs # will fail after the first attempt. It's better to not save temporary data # in others folders than tmp when doing tests in general if cache_path and cache_config: diff --git a/tests/pipelines/__snapshots__/test_create_app/test_basic_details_custom.svg b/tests/pipelines/__snapshots__/test_create_app/test_basic_details_custom.svg index 0e16822902..f327dac799 100644 --- a/tests/pipelines/__snapshots__/test_create_app/test_basic_details_custom.svg +++ b/tests/pipelines/__snapshots__/test_create_app/test_basic_details_custom.svg @@ -19,253 +19,253 @@ font-weight: 700; } - .terminal-1305977867-matrix { + .terminal-1837969819-matrix { font-family: Fira Code, monospace; font-size: 20px; line-height: 24.4px; font-variant-east-asian: full-width; } - .terminal-1305977867-title { + .terminal-1837969819-title { font-size: 18px; font-weight: bold; font-family: arial; } - .terminal-1305977867-r1 { fill: #c5c8c6 } -.terminal-1305977867-r2 { fill: #e3e3e3 } -.terminal-1305977867-r3 { fill: #989898 } -.terminal-1305977867-r4 { fill: #e1e1e1 } -.terminal-1305977867-r5 { fill: #4ebf71;font-weight: bold } -.terminal-1305977867-r6 { fill: #a5a5a5;font-style: italic; } -.terminal-1305977867-r7 { fill: #1e1e1e } -.terminal-1305977867-r8 { fill: #008139 } -.terminal-1305977867-r9 { fill: #121212 } -.terminal-1305977867-r10 { fill: #e2e2e2 } -.terminal-1305977867-r11 { fill: #787878 } -.terminal-1305977867-r12 { fill: #454a50 } -.terminal-1305977867-r13 { fill: #7ae998 } -.terminal-1305977867-r14 { fill: #e2e3e3;font-weight: bold } -.terminal-1305977867-r15 { fill: #0a180e;font-weight: bold } -.terminal-1305977867-r16 { fill: #000000 } -.terminal-1305977867-r17 { fill: #fea62b;font-weight: bold } -.terminal-1305977867-r18 { fill: #a7a9ab } -.terminal-1305977867-r19 { fill: #e2e3e3 } + .terminal-1837969819-r1 { fill: #c5c8c6 } +.terminal-1837969819-r2 { fill: #e3e3e3 } +.terminal-1837969819-r3 { fill: #989898 } +.terminal-1837969819-r4 { fill: #e1e1e1 } +.terminal-1837969819-r5 { fill: #4ebf71;font-weight: bold } +.terminal-1837969819-r6 { fill: #a5a5a5;font-style: italic; } +.terminal-1837969819-r7 { fill: #1e1e1e } +.terminal-1837969819-r8 { fill: #008139 } +.terminal-1837969819-r9 { fill: #121212 } +.terminal-1837969819-r10 { fill: #e2e2e2 } +.terminal-1837969819-r11 { fill: #787878 } +.terminal-1837969819-r12 { fill: #454a50 } +.terminal-1837969819-r13 { fill: #7ae998 } +.terminal-1837969819-r14 { fill: #e2e3e3;font-weight: bold } +.terminal-1837969819-r15 { fill: #0a180e;font-weight: bold } +.terminal-1837969819-r16 { fill: #000000 } +.terminal-1837969819-r17 { fill: #fea62b;font-weight: bold } +.terminal-1837969819-r18 { fill: #a7a9ab } +.terminal-1837969819-r19 { fill: #e2e3e3 } - 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-By selecting this option, your pipeline will include a configuration file  -specifying the paths to these files. - -The required code to use these files will also be included in the template.  -When the pipeline user provides an appropriate genome key, the pipeline will -automatically download the required reference files. -▅▅ -For more information about reference genomes in nf-core pipelines, see the  - - -▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔ -        Add Github badgesThe README.md file of  Show help  -▁▁▁▁▁▁▁▁the pipeline will ▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁ -include GitHub badges - -▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔ - Back  Continue  -▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁ - - d Toggle dark mode  q Quit  + + + + nf-core pipelines create — Create a new pipeline with the nf-core pipeline templa… + + +Template features + + +▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔ +        Use a GitHub Create a GitHub  Show help  +▁▁▁▁▁▁▁▁        repository.repository for the ▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁ +pipeline. + +▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔ +        Add Github CI testsThe pipeline will  Show help  +▁▁▁▁▁▁▁▁include several GitHub▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁ +actions for Continuous +Integration (CI)  +testing▄▄ + +▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔ +        Use reference genomesThe pipeline will be  Hide help  +▁▁▁▁▁▁▁▁configured to use a ▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁ +copy of the most  +common reference  +genome files from  +iGenomes + + +Nf-core pipelines are configured to use a copy of the most common reference  +genome files. + +By selecting this option, your pipeline will include a configuration file  +specifying the paths to these files. + +The required code to use these files will also be included in the template.  +When the pipeline user provides an appropriate genome key, the pipeline will +automatically download the required reference files. +▅▅ +For more information about reference genomes in nf-core pipelines, see the  + + +▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔ +        Add Github badgesThe README.md file of  Show help  +▁▁▁▁▁▁▁▁the pipeline will ▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁ +include GitHub badges + +▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔ + Back  Continue  +▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁ + + d Toggle dark mode  q Quit  a Toggle all  diff --git a/tests/pipelines/__snapshots__/test_create_app/test_final_details.svg b/tests/pipelines/__snapshots__/test_create_app/test_final_details.svg index b34483176a..74c232f747 100644 --- a/tests/pipelines/__snapshots__/test_create_app/test_final_details.svg +++ b/tests/pipelines/__snapshots__/test_create_app/test_final_details.svg @@ -19,251 +19,251 @@ font-weight: 700; } - 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- -⚠️ You can't create a repository directly in the nf-core organisation. -Please create the pipeline repo to an organisation where you have access or use your user  -account. A core-team member will be able to transfer the repo to nf-core once the development -has started. - -💡 Your GitHub user account will be used by default if nf-core is given as the org name. - - -▔▔▔▔▔▔▔▔Private -Select to make the new GitHub repo private. -▁▁▁▁▁▁▁▁ -▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔ - Back  Create GitHub repo  Finish without creating a repo  -▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁ - - - - - - - - - - d Toggle dark mode  q Quit  + + + + nf-core pipelines create — Create a new pipeline with the nf-core pipeline templa… + + +Create GitHub repository + +  Now that we have created a new pipeline locally, we can create a new GitHub repository and push    +  the code to it. + + + + +Your GitHub usernameYour GitHub personal access token▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔ +for login. Show  +▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁ +GitHub username••••••••••••                   +▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁ + + + +The name of the organisation where the The name of the new GitHub repository +GitHub repo will be cretaed +▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔ +nf-core                               mypipeline                             +▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁ + + +⚠️ You can't create a repository directly in the nf-core organisation. +Please create the pipeline repo to an organisation where you have access or use your user  +account. A core-team member will be able to transfer the repo to nf-core once the development +has started. + +💡 Your GitHub user account will be used by default if nf-core is given as the org name. + + +▔▔▔▔▔▔▔▔Private +Select to make the new GitHub repo private. +▁▁▁▁▁▁▁▁ +▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔ + Back  Create GitHub repo  Finish without creating a repo  +▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁ + + + + + + + + + + d Toggle dark mode  q Quit  a Toggle all  diff --git a/tests/pipelines/__snapshots__/test_create_app/test_github_exit_message.svg b/tests/pipelines/__snapshots__/test_create_app/test_github_exit_message.svg index f840f8849f..1be8c63f10 100644 --- a/tests/pipelines/__snapshots__/test_create_app/test_github_exit_message.svg +++ b/tests/pipelines/__snapshots__/test_create_app/test_github_exit_message.svg @@ -19,254 +19,254 @@ font-weight: 700; } - 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- -💡 Note the --all flag: this is needed to push all branches to the remote. - - - -▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔ - Close  -▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁ - - - - - - - - - - - - - d Toggle dark mode  q Quit  + + + + nf-core pipelines create — Create a new pipeline with the nf-core pipeline templa… + + +HowTo create a GitHub repository + + + +                                          ,--./,-. +          ___     __   __   __   ___     /,-._.--~\  +    |\ | |__  __ /  ` /  \ |__) |__         }  { +    | \| |       \__, \__/ |  \ |___     \`-._,-`-, +                                          `._,._,' + +  If you would like to create the GitHub repository later, you can do it manually by following  +  these steps: + + 1. Create a new GitHub repository + 2. Add the remote to your local repository: + + +cd <pipeline_directory> +git remote add origin git@github.com:<username>/<repo_name>.git + + + 3. Push the code to the remote: + + +git push --all origin + + +💡 Note the --all flag: this is needed to push all branches to the remote. + + + +▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔ + Close  +▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁ + + + + + + + + + + + + + d Toggle dark mode  q Quit  a Toggle all  diff --git a/tests/pipelines/__snapshots__/test_create_app/test_github_question.svg b/tests/pipelines/__snapshots__/test_create_app/test_github_question.svg index f302feaae2..8aad414e62 100644 --- a/tests/pipelines/__snapshots__/test_create_app/test_github_question.svg +++ b/tests/pipelines/__snapshots__/test_create_app/test_github_question.svg @@ -19,247 +19,247 @@ font-weight: 700; } - 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- - -Name of the main author / authors - -▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔ -Author(s) -▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁ -Value error, Cannot be left empty. - -▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔ - Back  Next  -▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁ - - - - - - - - - - - - - d Toggle dark mode  q Quit  + + + + nf-core pipelines create — Create a new pipeline with the nf-core pipeline templa… + + +Basic details + + + + +GitHub organisationWorkflow name + +▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔ +nf-core                                   Pipeline Name +▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁ +Value error, Must be lowercase without  +punctuation. + + + +A short description of your pipeline. + +▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔ +Description +▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁ +Value error, Cannot be left empty. + + + +Name of the main author / authors + +▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔ +Author(s) +▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁ +Value error, Cannot be left empty. + +▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔ + Back  Next  +▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁ + + + + + + + + + + + + + d Toggle dark mode  q Quit  a Toggle all  diff --git a/tests/pipelines/__snapshots__/test_create_app/test_welcome.svg b/tests/pipelines/__snapshots__/test_create_app/test_welcome.svg index af00bd0b7a..d9941b650d 100644 --- a/tests/pipelines/__snapshots__/test_create_app/test_welcome.svg +++ b/tests/pipelines/__snapshots__/test_create_app/test_welcome.svg @@ -19,253 +19,253 @@ font-weight: 700; } - 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