-
Notifications
You must be signed in to change notification settings - Fork 1
/
main.nf
53 lines (44 loc) · 1.68 KB
/
main.nf
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
#!/usr/bin/env nextflow
/*
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
sanger-tol/ensemblrepeatdownload
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
Github : https://github.com/sanger-tol/ensemblrepeatdownload
----------------------------------------------------------------------------------------
*/
nextflow.enable.dsl = 2
/*
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
VALIDATE & PRINT PARAMETER SUMMARY
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
*/
WorkflowMain.initialise(workflow, params, log)
/*
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
NAMED WORKFLOW FOR PIPELINE
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
*/
include { ENSEMBLREPEATDOWNLOAD } from './workflows/ensemblrepeatdownload'
//
// WORKFLOW: Run main sanger-tol/ensemblrepeatdownload analysis pipeline
//
workflow SANGERTOL_ENSEMBLREPEATDOWNLOAD {
ENSEMBLREPEATDOWNLOAD ()
}
/*
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
RUN ALL WORKFLOWS
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
*/
//
// WORKFLOW: Execute a single named workflow for the pipeline
// See: https://github.com/nf-core/rnaseq/issues/619
//
workflow {
SANGERTOL_ENSEMBLREPEATDOWNLOAD ()
}
/*
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
THE END
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
*/