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03_pre_proc_ocean_cmip5.sh
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03_pre_proc_ocean_cmip5.sh
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#!/bin/bash
#####################################################################################################
# Pré-processamento dos arquivos originais dos resultados de um modelo e de um experimento do CMIP5 #
# Ajeita os arquivos para ficarem com os tempos iguais #
# Mudar o ROOTDIR e ao rodar a rotina selecionar o modelo e o experimento que está trabalhando #
#Date: 28/10/2017 ---- OK
#Authors: Luciana
#####################################################################################################
ROOTDIR=/media/luciana/CMIP5/
cd $ROOTDIR
# echo "Modelo utilizado: (HadGEM2-ES/CM3/IPSL)"
#read modelo
modelo=HadGEM2-ES
cd $modelo
# echo "Experimento utilizado: (historical/rcp/decadal)"
#read experimento
experimento=historical
cd $experimento/ocean/raw
####seria mais o friver zos são iguais (um arquivo unico com todos os anos)
##friver so thetao so uo vo zos
for variavel in thetao so zos
do
echo "A variável a ser processada é a $variavel"
# Pré processamento dos dados de SSH (variável zos)
if [ "$variavel" == zos ]; then
# 1) Selecionar os anos de interesse (de 1990 a 2005), para SSH (zos)
cd $variavel
# for ens in $(seq 6 6)
do
echo "Selecionando anos de interesse para ensemble $ens"
cdo selyear,1979/2005 /media/luciana/CMIP5/HadGEM2-ES/historical/ocean/raw/zos/zos_Omon_HadGEM2-ES_historical_r2i1p1_195912-200511.nc /media/luciana/CMIP5/HadGEM2-ES/historical/ocean/raw/pre_proc/zos_Omon_HadGEM2-ES_historical_r2i1p1_197901-200512.nc
#cdo selyear,1979/2005 /media/leilane/Faggiani/Data/CMIP5/HadGEM2-ES/historical/ocean/raw/zos/zos_Omon_HadGEM2-ES_historical_r${ens}i1p1_185001-200512.nc /home/leilane/RESULTADOS/CMIP5/HadGEM2-ES/historical/ocean/raw/pre_proc_leilane/zos_Omon_HadGEM2-ES_historical_r${ens}i1p1_197501-200512.nc
#mv /home/leilane/RESULTADOS/CMIP5/HadGEM2-ES/historical/ocean/raw/pre_proc_leilane/*_197501-200512.nc $ROOTDIR/$modelo/$experimento/ocean/raw/pre_proc_leilane
done
cd ..
else
# Pré processamento dos dados de ********** (variável friver)
# 1) Selecionar os anos de interesse (de 1990 a 2005), para SSH (zos)
cd $variavel
# for ens in $(seq 6 6)
do
echo "Selecionando anos de interesse para ensemble $ens"
cdo selyear,1979/2005 /media/luciana/CMIP5/HadGEM2-ES/historical/ocean/raw/friver/friver_Omon_HadGEM2-ES_historical_r2i1p1_195912-200511.nc /media/luciana/CMIP5/HadGEM2-ES/historical/ocean/raw/pre_proc/friver_Omon_HadGEM2-ES_historical_r2i1p1_197912-200511.nc
#cdo selyear,1979/2005 /media/leilane/Faggiani/Data/CMIP5/HadGEM2-ES/historical/ocean/raw/zos/zos_Omon_HadGEM2-ES_historical_r${ens}i1p1_185001-200512.nc /home/leilane/RESULTADOS/CMIP5/HadGEM2-ES/historical/ocean/raw/pre_proc_leilane/zos_Omon_HadGEM2-ES_historical_r${ens}i1p1_197501-200512.nc
#mv /home/leilane/RESULTADOS/CMIP5/HadGEM2-ES/historical/ocean/raw/pre_proc_leilane/*_197501-200512.nc $ROOTDIR/$modelo/$experimento/ocean/raw/pre_proc_leilane
done
cd ..
else
# Pré processamento das outras variáveis
# 2) Juntando os dois arquivos para as outras quatro variáveis
cd $variavel
for ens in $(seq 6 6)
do
echo "Juntando arquivos da variável $variavel e ensemble $ens"
cdo mergetime ${variavel}_Omon_HadGEM2-ES_historical_r${ens}i1p1_* /media/luciana/CMIP5/HadGEM2-ES/historical/ocean/raw/pre_proc/tt.nc
cdo selyear,1975/2005 /media/luciana/CMIP5/HadGEM2-ES/historical/ocean/raw/pre_proc/temp1.nc /media/luciana/CMIP5/HadGEM2-ES/historical/ocean/raw/pre_proc/${variavel}_Omon_HadGEM2-ES_historical_r${ens}i1p1_197901-200512.nc
rm /media/luciana/CMIP5/HadGEM2-ES/historical/ocean/raw/pre_proc/temp1.nc
if [ "$variavel" == thetao ]; then
echo "Mudando de Kelvin para Celsius $variavel e ensemble $ens"
cdo subc,273.15 /media/luciana/CMIP5/HadGEM2-ES/historical/ocean/raw/pre_proc/${variavel}_Omon_HadGEM2-ES_historical_r${ens}i1p1_197901-200512.nc /media/luciana/CMIP5/HadGEM2-ES/historical/ocean/raw/pre_proc/temp2.nc
rm /media/luciana/CMIP5/HadGEM2-ES/historical/ocean/raw/pre_proc/${variavel}_Omon_HadGEM2-ES_historical_r${ens}i1p1_197901-200512.nc
ncatted -a units,thetao,m,c,"Celsius degree" /media/luciana/CMIP5/HadGEM2-ES/historical/ocean/raw/pre_proc/temp2.nc /media/luciana/CMIP5/HadGEM2-ES/historical/ocean/raw/pre_proc/${variavel}_Omon_HadGEM2-ES_historical_r${ens}i1p1_197901-200512.nc
rm /media/luciana/CMIP5/HadGEM2-ES/historical/ocean/raw/pre_proc/temp2.nc
elif [ "$variavel" == so ]; then
echo "Mudando unidade para salinidade $variavel e ensemble $ens"
cdo mulc,1000 /media/luciana/CMIP5/HadGEM2-ES/historical/ocean/raw/pre_proc/${variavel}_Omon_HadGEM2-ES_historical_r${ens}i1p1_197901-200512.nc /media/luciana/CMIP5/HadGEM2-ES/historical/ocean/raw/pre_proc/salt.nc
rm /media/luciana/CMIP5/HadGEM2-ES/historical/ocean/raw/pre_proc/${variavel}_Omon_HadGEM2-ES_historical_r${ens}i1p1_197901-200512.nc
mv /media/luciana/CMIP5/HadGEM2-ES/historical/ocean/raw/pre_proc/salt.nc /media/luciana/CMIP5/HadGEM2-ES/historical/ocean/raw/pre_proc/${variavel}_Omon_HadGEM2-ES_historical_r${ens}i1p1_197901-200512.nc
#rm /home/leilane/RESULTADOS/CMIP5/HadGEM2-ES/historical/ocean/raw/pre_proc_leilane/salt.nc
fi
#mv /home/leilane/RESULTADOS/CMIP5/HadGEM2-ES/historical/ocean/raw/pre_proc_leilane/*_197501-200512.nc $ROOTDIR/$modelo/$experimento/ocean/raw/pre_proc_leilane
done
cd ..
fi
done