diff --git a/.github/workflows/ci-cd.yaml b/.github/workflows/ci-cd.yaml index e13ce5c..d9e829f 100644 --- a/.github/workflows/ci-cd.yaml +++ b/.github/workflows/ci-cd.yaml @@ -129,134 +129,27 @@ jobs: auto-activate-base: true activate-environment: "" - - name: Install fsl Package + - name: Install fsl Packages run: >- conda install -c conda-forge -c https://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsldownloads/fslconda/public/ - ciftilib - cli11 - elc - fsl-add_module - fsl-armawrap - fsl-asl_mfree - fsl-avwutils - fsl-base - fsl-basil - fsl-basisfield - fsl-baycest - fsl-bet2 - fsl-bianca - fsl-biancadata - fsl-bint - fsl-cluster - fsl-copain - fsl-cprob - fsl-cudabasisfield-cuda-10 - fsl-cudimot - fsl-data_atlases - fsl-data_atlases_xtract - fsl-data_first_models_317_bin - fsl-data_first_models_336_bin - fsl-data_linearmni - fsl-data_omm - fsl-data_possum - fsl-data_standard - fsl-deface - fsl-discreteopt - fsl-dpm - fsl-dwssfp - fsl-easyfeat - fsl-eddy - fsl-eddy-cuda-10 - fsl-eddy_qc - fsl-fabber_core - fsl-fabber_models_asl - fsl-fabber_models_cest - fsl-fabber_models_dce - fsl-fabber_models_dsc - fsl-fabber_models_dualecho - fsl-fabber_models_dwi - fsl-fabber_models_pet - fsl-fabber_models_qbold - fsl-fabber_models_t1 - fsl-fast4 - fsl-fastpdlib - fsl-fdt - fsl-fdt-cuda-10 - fsl-feat5 - fsl-film - fsl-filmbabe - fsl-first - fsl-first_lib - fsl-flameo - fsl-flirt - fsl-fnirt - fsl-fugue - fsl-get_standard - fsl-giftiio - fsl-gps - fsl-gradunwarp - fsl-gui-bet - fsl-gui-desktop - fsl-installer - fsl-lesions - fsl-libgdc - fsl-libmeshutils - fsl-libvis - fsl-load_dicom - fsl-mcflirt - fsl-melodic - fsl-meshclass - fsl-misc_c - fsl-misc_scripts - fsl-misc_tcl - fsl-miscmaths - fsl-miscvis - fsl-mist - fsl-mm - fsl-mmorf-cuda-10 - fsl-msm - fsl-msmreglib - fsl-mvdisc - fsl-nets - fsl-newimage - fsl-newmesh - fsl-newnifti - fsl-newran - fsl-oxford_asl - fsl-possum - fsl-ptx2 - fsl-ptx2-cuda-10 - fsl-pyfeeds - fsl-pyfeeds-tests - fsl-pyfix - fsl-qboot - fsl-randomise - fsl-relax - fsl-shapemodel - fsl-siena - fsl-slicetimer - fsl-sub - fsl-sub-plugin-sge - fsl-sub-plugin-slurm - fsl-surface - fsl-susan - fsl-swe - fsl-tbss - fsl-tirl - fsl-topup - fsl-utils - fsl-vbm - fsl-verbena - fsl-vtkio - fsl-warpfns - fsl-wire - fsl-xtract - fsl-xtract_data - fsl-znzlib - fsl_mrs - fsl_sub - fsl_sub_plugin_sge - fsl_sub_plugin_slurm + ciftilib cli11 elc fsl-add_module fsl-armawrap fsl-asl_mfree fsl-avwutils fsl-base + fsl-basil fsl-basisfield fsl-baycest fsl-bet2 fsl-bianca fsl-biancadata fsl-bint + fsl-cluster fsl-copain fsl-cprob fsl-cudabasisfield-cuda-10 fsl-cudimot fsl-data_atlases + fsl-data_atlases_xtract fsl-data_first_models_317_bin fsl-data_first_models_336_bin fsl-data_linearmni + fsl-data_omm fsl-data_possum fsl-data_standard fsl-deface fsl-discreteopt fsl-dpm fsl-dwssfp + fsl-easyfeat fsl-eddy fsl-eddy-cuda-10 fsl-eddy_qc fsl-fabber_core fsl-fabber_models_asl fsl-fabber_models_cest + fsl-fabber_models_dce fsl-fabber_models_dsc fsl-fabber_models_dualecho fsl-fabber_models_dwi + fsl-fabber_models_pet fsl-fabber_models_qbold fsl-fabber_models_t1 fsl-fast4 fsl-fastpdlib + fsl-fdt fsl-fdt-cuda-10 fsl-feat5 fsl-film fsl-filmbabe fsl-first fsl-first_lib fsl-flameo + fsl-flirt fsl-fnirt fsl-fugue fsl-get_standard fsl-giftiio fsl-gps fsl-gradunwarp fsl-gui-bet + fsl-gui-desktop fsl-installer fsl-lesions fsl-libgdc fsl-libmeshutils fsl-libvis fsl-load_dicom fsl-mcflirt + fsl-melodic fsl-meshclass fsl-misc_c fsl-misc_scripts fsl-misc_tcl fsl-miscmaths fsl-miscvis + fsl-mist fsl-mm fsl-mmorf-cuda-10 fsl-msm fsl-msmreglib fsl-mvdisc fsl-nets fsl-newimage + fsl-newmesh fsl-newnifti fsl-newran fsl-oxford_asl fsl-possum fsl-ptx2 fsl-ptx2-cuda-10 fsl-pyfeeds + fsl-pyfeeds-tests fsl-pyfix fsl-qboot fsl-randomise fsl-relax fsl-shapemodel fsl-siena fsl-slicetimer + fsl-sub fsl-sub-plugin-sge fsl-sub-plugin-slurm fsl-surface fsl-susan fsl-swe fsl-tbss fsl-tirl + fsl-topup fsl-utils fsl-vbm fsl-verbena fsl-vtkio fsl-warpfns fsl-wire fsl-xtract fsl-xtract_data + fsl-znzlib fsl_mrs fsl_sub fsl_sub_plugin_sge fsl_sub_plugin_slurm - name: Download tasks converted from Nipype uses: actions/download-artifact@v3