From bd138761bd91c5cdce4d7acdf0a290e89147e650 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Cornelius Roemer Date: Fri, 24 Nov 2023 11:19:42 +0100 Subject: [PATCH] Add BA.2.86 dataset --- data/nextstrain/collection.json | 1 + .../sars-cov-2/BA.2.86/CHANGELOG.md | 7 + data/nextstrain/sars-cov-2/BA.2.86/README.md | 50 + .../sars-cov-2/BA.2.86/genome_annotation.gff3 | 18 + .../sars-cov-2/BA.2.86/pathogen.json | 6199 +++++++++++++++++ .../sars-cov-2/BA.2.86/reference.fasta | 2 + .../sars-cov-2/BA.2.86/sequences.fasta | 76 + data/nextstrain/sars-cov-2/BA.2.86/tree.json | 1 + 8 files changed, 6354 insertions(+) create mode 100644 data/nextstrain/sars-cov-2/BA.2.86/CHANGELOG.md create mode 100644 data/nextstrain/sars-cov-2/BA.2.86/README.md create mode 100644 data/nextstrain/sars-cov-2/BA.2.86/genome_annotation.gff3 create mode 100644 data/nextstrain/sars-cov-2/BA.2.86/pathogen.json create mode 100644 data/nextstrain/sars-cov-2/BA.2.86/reference.fasta create mode 100644 data/nextstrain/sars-cov-2/BA.2.86/sequences.fasta create mode 100644 data/nextstrain/sars-cov-2/BA.2.86/tree.json diff --git a/data/nextstrain/collection.json b/data/nextstrain/collection.json index 37b1475c..ee8d3083 100644 --- a/data/nextstrain/collection.json +++ b/data/nextstrain/collection.json @@ -24,6 +24,7 @@ "nextstrain/sars-cov-2/MN908947", "nextstrain/sars-cov-2/BA.2", "nextstrain/sars-cov-2/XBB", + "nextstrain/sars-cov-2/BA.2.86", "nextstrain/flu/h1n1pdm/ha/CY121680", "nextstrain/flu/h1n1pdm/ha/MW626062", "nextstrain/flu/h1n1pdm/na/MW626056", diff --git a/data/nextstrain/sars-cov-2/BA.2.86/CHANGELOG.md b/data/nextstrain/sars-cov-2/BA.2.86/CHANGELOG.md new file mode 100644 index 00000000..04463a94 --- /dev/null +++ b/data/nextstrain/sars-cov-2/BA.2.86/CHANGELOG.md @@ -0,0 +1,7 @@ +## Unreleased + +Initial release for Nextclade v3! + +This dataset is converted from the corresponding older dataset for Nextclade v2. You can find old versions of datasets here: https://github.com/nextstrain/nextclade_data/tree/2023-08-17--15-51-24--UTC/data/datasets + +Read more about Nextclade datasets in the documentation: https://docs.nextstrain.org/projects/nextclade/en/stable/user/datasets.html diff --git a/data/nextstrain/sars-cov-2/BA.2.86/README.md b/data/nextstrain/sars-cov-2/BA.2.86/README.md new file mode 100644 index 00000000..a919262d --- /dev/null +++ b/data/nextstrain/sars-cov-2/BA.2.86/README.md @@ -0,0 +1,50 @@ +# Nextclade dataset for "SARS-CoV-2 relative to BA.2" based on reference "BA.2" (sars-cov-2-21L/BA.2) + + +## Dataset attributes + +| attribute | value | value friendly | +| -------------------- | -------------------- | ---------------------------------------- | +| name | sars-cov-2-21L | SARS-CoV-2 relative to BA.2 | +| reference | BA.2 | BA.2 | + + +## What is Nextclade dataset + +Read more about Nextclade datasets in Nextclade documentation: https://docs.nextstrain.org/projects/nextclade/en/stable/user/datasets.html + + +### What are the SARS-CoV-2 clades? + +Nextclade was originally developed during COVID-19 pandemic, primarily focused on SARS-CoV-2. This section describes clades with application to SARS-CoV-2, but Nextclade can analyse other pathogens too. + +
+ + + Illustration of phylogenetic relationships of SARS-CoV-2 clades, as defined by Nextstrain + + +
+ + Fig.1. Illustration of phylogenetic relationships of SARS-CoV-2 clades, as defined by Nextstrain (source) + +
+
+ +Since its emergence in late 2019, SARS-CoV-2 has diversified into several different co-circulating variants. To facilitate discussion of these variants, we have grouped them into __clades__ which are defined by specific signature mutations. + +We currently define more than 30 clades (see [this blog post](https://nextstrain.org/blog/2021-01-06-updated-SARS-CoV-2-clade-naming) for details): + +- 19A and 19B emerged in Wuhan and have dominated the early outbreak +- 20A emerged from 19A out of dominated the European outbreak in March and has since spread globally +- 20B and 20C are large genetically distinct subclades 20A emerged in early 2020 +- 20D to 20J have emerged over the summer of 2020 and include three "Variants of Concern" (VoC). +- 21A to 21F include the VoC __delta__ and several Variants of Interest (VoI). +- 21K onwards are different clades within the diverse VoC __omicron__. + +Within Nextstrain, we define each clade by its combination of signature mutations. You can find the exact clade definition in [github.com/nextstrain/ncov/defaults/clades.tsv](https://github.com/nextstrain/ncov/blob/master/defaults/clades.tsv). When available, we will include [WHO labels for VoCs and VoIs](https://www.who.int/en/activities/tracking-SARS-CoV-2-variants/). + +Learn more about how Nextclade assigns clades in the [documentation](https://docs.nextstrain.org/projects/nextclade/en/stable/user/algorithm/). diff --git a/data/nextstrain/sars-cov-2/BA.2.86/genome_annotation.gff3 b/data/nextstrain/sars-cov-2/BA.2.86/genome_annotation.gff3 new file mode 100644 index 00000000..bfd93938 --- /dev/null +++ b/data/nextstrain/sars-cov-2/BA.2.86/genome_annotation.gff3 @@ -0,0 +1,18 @@ +##gff-version 3 +##sequence-region MN908947 1 29903 +# Gene map (genome annotation) of SARS-CoV-2 in GFF format. +# For gene map purpses we only need some of the columns. We substitute unused values with "." as per GFF spec. +# See GFF format reference at https://www.ensembl.org/info/website/upload/gff.html +# seqname source feature start end score strand frame attribute +MN908947 GenBank gene 266 13468 . + . gene_name=ORF1a +MN908947 GenBank gene 13468 21555 . + . gene_name=ORF1b +MN908947 GenBank gene 25393 26220 . + . gene_name=ORF3a +MN908947 GenBank gene 21563 25384 . + . gene_name=S +MN908947 GenBank gene 26245 26472 . + . gene_name=E +MN908947 GenBank gene 26523 27191 . + . gene_name=M +MN908947 GenBank gene 27202 27387 . + . gene_name=ORF6 +MN908947 GenBank gene 27394 27759 . + . gene_name=ORF7a +MN908947 GenBank gene 27756 27887 . + . gene_name=ORF7b +MN908947 GenBank gene 27894 28259 . + . gene_name=ORF8 +MN908947 GenBank gene 28274 29533 . + . gene_name=N +MN908947 GenBank gene 28284 28577 . + . gene_name=ORF9b diff --git a/data/nextstrain/sars-cov-2/BA.2.86/pathogen.json b/data/nextstrain/sars-cov-2/BA.2.86/pathogen.json new file mode 100644 index 00000000..42f6f20f --- /dev/null +++ b/data/nextstrain/sars-cov-2/BA.2.86/pathogen.json @@ -0,0 +1,6199 @@ +{ + "alignmentParams": { + "excessBandwidth": 9, + "terminalBandwidth": 100, + "allowedMismatches": 4, + "gapAlignmentSide": "right", + "minSeedCover": 0.1 + }, + "compatibility": { + "cli": "3.0.0-alpha.0", + "web": "3.0.0-alpha.0" + }, + "defaultGene": "S", + "files": { + "changelog": "CHANGELOG.md", + "examples": "sequences.fasta", + "genomeAnnotation": "genome_annotation.gff3", + "pathogenJson": "pathogen.json", + "readme": "README.md", + "reference": "reference.fasta", + "treeJson": "tree.json" + }, + "geneOrderPreference": [ + "S", + "E", + "M", + "N", + "ORF1a", + "ORF1b", + "ORF3a", + "ORF6", + "ORF7a", + "ORF7b", + "ORF8", + "ORF9b" + ], + "mutLabels": { + "nucMutLabelMap": { + "10029C": [ + "rev" + ], + "10029T": [ + "21J", + "21K", + "21L", + "22B", + "22E", + "23A", + "22C", + "22A", + "22D", + "23D", + "22F", + "23C", + "23B", + "rec", + "21H", + "23E", + 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+>USA/MS-MSPHL-0434/2023 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diff --git a/data/nextstrain/sars-cov-2/BA.2.86/tree.json b/data/nextstrain/sars-cov-2/BA.2.86/tree.json new file mode 100644 index 00000000..a53e3a47 --- /dev/null +++ b/data/nextstrain/sars-cov-2/BA.2.86/tree.json @@ -0,0 +1 @@ +{"version":"v2","meta":{"title":"SARS-CoV-2 phylogeny","updated":"2023-11-24","build_url":"https://github.com/neherlab/nextclade_data_workflows","maintainers":[{"name":"Cornelius Roemer","url":"https://neherlab.org"},{"name":"Richard 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phylogeny shows evolutionary relationships of SARS-CoV-2 viruses from the ongoing novel coronavirus COVID-19 pandemic.\n\nAll data we use were deposited in GISAID by scientists around the world.\nWe gratefully acknowledge the authors, originating and submitting laboratories of the genetic sequence and metadata made available through [GISAID](https://gisaid.org) on which this research is based. A full listing of all originating and submitting laboratories is available below. 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