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TODO @joeflack4 to fill in + python ../scripts/sssom_to_robot_template.py --inpath $^ --outpath $@ .PRECIOUS: $(EXTERNAL_CONTENT_DIR)/nando-mappings.robot.tsv .PHONY: external-content-nord external-content-nando diff --git a/src/scripts/sssom_to_robot_template.py b/src/scripts/sssom_to_robot_template.py new file mode 100644 index 00000000..5ec4e0a8 --- /dev/null +++ b/src/scripts/sssom_to_robot_template.py @@ -0,0 +1,52 @@ +"""Convert SSSOM to ROBOT template.""" +from argparse import ArgumentParser +from pathlib import Path +from typing import Dict, Union + +import pandas as pd +from sssom import MappingSetDataFrame +from sssom.parsers import parse_sssom_table + +ROBOT_ROW = { + 'subject_id': 'ID', + 'subject_label': '', + 'object_id': 'A oboInOwl:hasDbXref', + 'object_label': '', + 'equivalence': '>A oboInOwl:source', + 'ORCID': '>A oboInOwl:source SPLIT=|', +} + + +def sssom_to_robot_template(inpath: Union[str, Path], outpath: Union[str, Path]): + """Convert SSSOM to ROBOT template.""" + msdf: MappingSetDataFrame = parse_sssom_table(inpath) + df: pd.DataFrame = msdf.df + + # Filter + df = df[df['predicate_id'] == 'skos:exactMatch'] + + # Conversion + df = df[['subject_id', 'subject_label', 'object_id', 'object_label']].sort_values(['subject_id', 'object_id']) + df['equivalence'] = 'MONDO:equivalentTo' + df['ORCID'] = '|'.join(msdf.metadata['creator_id']) + df = pd.concat([pd.DataFrame([ROBOT_ROW]), df]) + + # Write + df.to_csv(outpath, sep='\t', index=False) + + +def cli(): + """Command line interface""" + parser = ArgumentParser( + prog='sssom-to-robot-template', + description='Convert SSSOM to ROBOT template.') + parser.add_argument( + '-i', '--inpath', required=True, help='Path to input SSSOM TSV.') + parser.add_argument( + '-o', '--outpath', required=True, help='Path to output ROBOT template TSV.') + d: Dict = vars(parser.parse_args()) + sssom_to_robot_template(**d) + + +if __name__ == '__main__': + cli() \ No newline at end of file