diff --git a/tests/data/project.NIST_NIST7035_H7AP8ADXX_TAAGGCGA_1_NA12878.bwa.markDuplicates.header.sam b/tests/data/project.NIST_NIST7035_H7AP8ADXX_TAAGGCGA_1_NA12878.bwa.markDuplicates.header.sam
new file mode 100644
index 00000000..72edc830
--- /dev/null
+++ b/tests/data/project.NIST_NIST7035_H7AP8ADXX_TAAGGCGA_1_NA12878.bwa.markDuplicates.header.sam
@@ -0,0 +1,97 @@
+@HD	VN:1.4	SO:coordinate
+@SQ	SN:chrM	LN:16571
+@SQ	SN:chr1	LN:249250621
+@SQ	SN:chr2	LN:243199373
+@SQ	SN:chr3	LN:198022430
+@SQ	SN:chr4	LN:191154276
+@SQ	SN:chr5	LN:180915260
+@SQ	SN:chr6	LN:171115067
+@SQ	SN:chr7	LN:159138663
+@SQ	SN:chr8	LN:146364022
+@SQ	SN:chr9	LN:141213431
+@SQ	SN:chr10	LN:135534747
+@SQ	SN:chr11	LN:135006516
+@SQ	SN:chr12	LN:133851895
+@SQ	SN:chr13	LN:115169878
+@SQ	SN:chr14	LN:107349540
+@SQ	SN:chr15	LN:102531392
+@SQ	SN:chr16	LN:90354753
+@SQ	SN:chr17	LN:81195210
+@SQ	SN:chr18	LN:78077248
+@SQ	SN:chr19	LN:59128983
+@SQ	SN:chr20	LN:63025520
+@SQ	SN:chr21	LN:48129895
+@SQ	SN:chr22	LN:51304566
+@SQ	SN:chrX	LN:155270560
+@SQ	SN:chrY	LN:59373566
+@SQ	SN:chr1_gl000191_random	LN:106433
+@SQ	SN:chr1_gl000192_random	LN:547496
+@SQ	SN:chr4_ctg9_hap1	LN:590426
+@SQ	SN:chr4_gl000193_random	LN:189789
+@SQ	SN:chr4_gl000194_random	LN:191469
+@SQ	SN:chr6_apd_hap1	LN:4622290
+@SQ	SN:chr6_cox_hap2	LN:4795371
+@SQ	SN:chr6_dbb_hap3	LN:4610396
+@SQ	SN:chr6_mann_hap4	LN:4683263
+@SQ	SN:chr6_mcf_hap5	LN:4833398
+@SQ	SN:chr6_qbl_hap6	LN:4611984
+@SQ	SN:chr6_ssto_hap7	LN:4928567
+@SQ	SN:chr7_gl000195_random	LN:182896
+@SQ	SN:chr8_gl000196_random	LN:38914
+@SQ	SN:chr8_gl000197_random	LN:37175
+@SQ	SN:chr9_gl000198_random	LN:90085
+@SQ	SN:chr9_gl000199_random	LN:169874
+@SQ	SN:chr9_gl000200_random	LN:187035
+@SQ	SN:chr9_gl000201_random	LN:36148
+@SQ	SN:chr11_gl000202_random	LN:40103
+@SQ	SN:chr17_ctg5_hap1	LN:1680828
+@SQ	SN:chr17_gl000203_random	LN:37498
+@SQ	SN:chr17_gl000204_random	LN:81310
+@SQ	SN:chr17_gl000205_random	LN:174588
+@SQ	SN:chr17_gl000206_random	LN:41001
+@SQ	SN:chr18_gl000207_random	LN:4262
+@SQ	SN:chr19_gl000208_random	LN:92689
+@SQ	SN:chr19_gl000209_random	LN:159169
+@SQ	SN:chr21_gl000210_random	LN:27682
+@SQ	SN:chrUn_gl000211	LN:166566
+@SQ	SN:chrUn_gl000212	LN:186858
+@SQ	SN:chrUn_gl000213	LN:164239
+@SQ	SN:chrUn_gl000214	LN:137718
+@SQ	SN:chrUn_gl000215	LN:172545
+@SQ	SN:chrUn_gl000216	LN:172294
+@SQ	SN:chrUn_gl000217	LN:172149
+@SQ	SN:chrUn_gl000218	LN:161147
+@SQ	SN:chrUn_gl000219	LN:179198
+@SQ	SN:chrUn_gl000220	LN:161802
+@SQ	SN:chrUn_gl000221	LN:155397
+@SQ	SN:chrUn_gl000222	LN:186861
+@SQ	SN:chrUn_gl000223	LN:180455
+@SQ	SN:chrUn_gl000224	LN:179693
+@SQ	SN:chrUn_gl000225	LN:211173
+@SQ	SN:chrUn_gl000226	LN:15008
+@SQ	SN:chrUn_gl000227	LN:128374
+@SQ	SN:chrUn_gl000228	LN:129120
+@SQ	SN:chrUn_gl000229	LN:19913
+@SQ	SN:chrUn_gl000230	LN:43691
+@SQ	SN:chrUn_gl000231	LN:27386
+@SQ	SN:chrUn_gl000232	LN:40652
+@SQ	SN:chrUn_gl000233	LN:45941
+@SQ	SN:chrUn_gl000234	LN:40531
+@SQ	SN:chrUn_gl000235	LN:34474
+@SQ	SN:chrUn_gl000236	LN:41934
+@SQ	SN:chrUn_gl000237	LN:45867
+@SQ	SN:chrUn_gl000238	LN:39939
+@SQ	SN:chrUn_gl000239	LN:33824
+@SQ	SN:chrUn_gl000240	LN:41933
+@SQ	SN:chrUn_gl000241	LN:42152
+@SQ	SN:chrUn_gl000242	LN:43523
+@SQ	SN:chrUn_gl000243	LN:43341
+@SQ	SN:chrUn_gl000244	LN:39929
+@SQ	SN:chrUn_gl000245	LN:36651
+@SQ	SN:chrUn_gl000246	LN:38154
+@SQ	SN:chrUn_gl000247	LN:36422
+@SQ	SN:chrUn_gl000248	LN:39786
+@SQ	SN:chrUn_gl000249	LN:38502
+@RG	ID:1	PL:Illumina	PU:H7AP8ADXX_TAAGGCGA_1_NA12878	LB:library	DS:SampleProject:NIST	SM:NIST7035	CN:illuminafacility
+@PG	ID:bwa	PN:bwa	VN:0.7.5a-r405
+@PG	ID:MarkDuplicates	PN:MarkDuplicates	CL:net.sf.picard.sam.MarkDuplicates INPUT=[/misc/ClinicalGenomicsPipeline/dev/projects/CLINICAL_NIST/work_dirs/2013_1211_162011/run/phase1_phase1_list/project.NIST_NIST7035_H7AP8ADXX_TAAGGCGA_1_NA12878.bwa.bam] OUTPUT=/misc/ClinicalGenomicsPipeline/dev/projects/CLINICAL_NIST/work_dirs/2013_1211_162011/run/phase1_phase1_list/project.NIST_NIST7035_H7AP8ADXX_TAAGGCGA_1_NA12878.bwa.markDuplicates.bam METRICS_FILE=/misc/ClinicalGenomicsPipeline/dev/projects/CLINICAL_NIST/work_dirs/2013_1211_162011/run/phase1_phase1_list/project.NIST_NIST7035_H7AP8ADXX_TAAGGCGA_1_NA12878.bwa.markDuplicates.metrics TMP_DIR=[/misc/ClinicalGenomicsPipeline/dev/projects/CLINICAL_NIST/work_dirs/2013_1211_162011/run/phase1_phase1_list/.queue/tmp] VALIDATION_STRINGENCY=SILENT CREATE_INDEX=true    PROGRAM_RECORD_ID=MarkDuplicates PROGRAM_GROUP_NAME=MarkDuplicates REMOVE_DUPLICATES=false ASSUME_SORTED=false MAX_SEQUENCES_FOR_DISK_READ_ENDS_MAP=50000 MAX_FILE_HANDLES_FOR_READ_ENDS_MAP=8000 SORTING_COLLECTION_SIZE_RATIO=0.25 READ_NAME_REGEX=[a-zA-Z0-9]+:[0-9]:([0-9]+):([0-9]+):([0-9]+).* OPTICAL_DUPLICATE_PIXEL_DISTANCE=100 VERBOSITY=INFO QUIET=false COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_MD5_FILE=false