Skip to content

Latest commit

 

History

History
115 lines (96 loc) · 8.64 KB

Python_04_problemset.md

File metadata and controls

115 lines (96 loc) · 8.64 KB
Raw

Python 4 Problem Set -- Listas e Loops

  1. Para as próximas tarefas sobre listas, utilize o interpretador: a. Crie uma lista com 5 coisas que você gosta. b. Utilize a função print() para imprimir sua lista. c. Utilize a função print() para imprimir o elemento do meio. d. Agora, substitua o elemento do meio por outro item, como sua música favorita ou um pássaro cantor. e. Utilize a mesma instrução de impressão de b. para imprimir sua nova lista. Verifique as diferenças.
    f. Adicione um novo elemento no final. Leia sobre append().
    g. Adicione um novo elemento no começo. Leia sobre insert().
    h. Adicione um novo elemento em algum lugar que não seja no início ou no final. i. Remova um elemento do final. Leia sobre pop().
    j. Remova um elemento do começo.
    k. Remova um elemento de algum lugar que não seja no início ou no final. l. Use join para criar uma string. Junte os elementos com ', '.

  2. Escreva um script que divida uma string em uma lista. No seu script:

    • Salve a string sapiens, erectus, neanderthalensis como uma variável chamada taxa.
    • Print taxa.
    • Print taxa[1], o que você obtém?
    • Print type(taxa). Qual é o tipo?
    • Divida taxa em palavras individuais e print o resultado da divisão. (Pense em ', '.)
    • Armazene o resultado do split em uma nova variável chamada species.
    • Print species.
    • Print the species[1], o que você obtém?
    • Print type(species). Qual é o tipo?
    • Ordene a lista em ordem alfabética e print (dica: pesquise a função sorted()).
    • Ordene a lista pelo comprimento de cada string e print. (A string mais curta deve vir primeiro). Confira a documentação do argumento key.

  3. Usando o interpretador Python, investigue a diferença entre essas duas maneiras de copiar uma lista. Cuidado! Uma delas pode NÃO ser o que você espera.

    • Método 1:
      • Crie uma lista. Exemplo: my_list = ['a', 'bb', 'ccc']
      • Faça uma cópia usando o operador de atribuição =: list_copy = my_list
      • Print a lista original print(my_list)
      • Altere a list_copy adicionando um novo elemento usando append()
      • print a lista original novamente print(my_list)
    • Método 2:
      • Crie uma lista. Exemplo: my_list2 = ['a', 'bb', 'ccc']
      • Faça uma cópia com o método copy(): list_copy2 = my_list2.copy()
      • Print a lista original print(my_list2)
      • Altere a list_copy2 adicionando um novo elemento usando append()
      • print a lista original novamente print(my_list2)

  4. Escreva um script que use um loop while para imprimir os números de 1 a 100.

  5. Escreva um script que use um loop while para calcular o fatorial de 1000.

  6. Itere por cada elemento desta lista usando um loop for: [101,2,15,22,95,33,2,27,72,15,52]

    • print apenas os valores que são pares (dica: use o operador módulo).

  7. Ordene os elementos da lista acima e, em seguida, itere por cada elemento usando um loop for e:

    • print cada elemento.
    • Calcule duas somas acumulativas, uma de todos os valores pares e outra de todos os valores ímpares.
    • print apenas as duas somas finais. A saída do seu script deve ser:
    Soma dos números pares: 150 
Soma dos números ímpares: 286

  8. Escreva um script que use range() em um loop for para imprimir todos os números de 0 a 99.

    • Modifique seu loop para imprimir todos os números de 1 a 100.

  9. Crie um novo script que use a compreensão de lista para fazer o mesmo que o problema 8. (Use range() para imprimir todos os números de 1 a 100.)

  10. Escreva um novo script que receba os valores de início e fim pela linha de comando. Se você chamar seu script assim count.py 3 10, ele imprimirá os números de 3 a 10.

    • Modifique seu script para imprimir apenas o número se ele for ímpar.

  11. Escreva um novo script para criar uma lista com os seguintes dados ['ATGCCCGGCCCGGC','GCGTGCTAGCAATACGATAAACCGG', 'ATATATATCGAT','ATGGGCCC']. Use um loop for para iterar por cada elemento desta lista e:

  • Print cada elemento.
  • Print o comprimento e a sequência, separados por uma guia. A saída deve se parecer com:
14	ATGCCCGGCCCGGC
25	GCGTGCTAGCAATACGATAAACCGG
12	ATATATATCGAT
8	ATGGGCCC

  1. Use a compreensão de lista para gerar uma lista de tuplas. As tuplas devem conter sequências e comprimentos do problema anterior. Print o comprimento e a sequência (ou seja, "4\tATGC\n"). Uma lista de tuplas se parece com isso [(4,'ATGC'),(2,'GC')].

  2. Modifique o script do #11 para que você também imprima o número (posição na lista) de cada sequência (ou seja, "1\t4\tACGT\n").

  3. Você tem commitado seu trabalho?

Problemas desafiadores e divertidos! Estes são scripts reais que você pode usar na vida real. Você já aprendeu tudo o que precisa para fazer cada um deles. Se você não tiver tempo suficiente nesta sessão para completar, volte e tente mais tarde.

  1. Criar uma sequência embaralhada (Fisher-Yates shuffle)

    • Use um loop for para realizar o seguinte procedimento N vezes (N = comprimento da sequência)
    • Selecione uma posição aleatória A com randrange()
    • Selecione uma posição aleatória B com randrange()
    • Troque as letras nos índices da lista A e B
    • Print a sequência final embaralhada
    • Lembre-se de testar seu código com dados de teste.

  2. Calcular identidade de sequência: Comece com 2 sequências de DNA muito semelhantes. Use as suas favoritas ou use Python_04.fasta

    • Alinhe com ClustalW, TCoffee, ou alguma outra aplicação web de alinhamento.
    • A saída deve estar no formato FASTA.
    • Armazene (copie e cole) cada sequência alinhada, incluindo traços, como duas variáveis de string separadas.
    • Remova as quebras de linha (se houver). Caracteres de nova linha não fazem parte da sequência!
    • Use um loop for com range() para comparar cada índice para diferenças de nucleotídeos.
    • Relate a identidade percentual das duas sequências.

  3. Um novo script de Fragmentos de Restrição:

    • Encontre EcoRI nesta sequência de DNA
GATGGGATTGGGGTTTTCCCCTCCCATGTGCTCAAGACTGGCGCTAAAAGTTTTGAGCTTCTCAAAAGTCTAGAGCCACCGTCCAGGGAGCAGGTAGCTGCTGGGCTCCGGGGACACTTTGCGTTCGGGCTGGGAGCGTGCTTTCCACGACGGTGACACGCTTCCCTGGATTGGCAGCCAGACTGCCTTCCGGGTCACTGCCATGGAGGAGCCGCAGTCAGATCCTAGCGTCGAGCCCCCTCTGAGTCAGGAAACATTTTCAGACCTATGGAAACTACTTCCTGAAAACAACGTTCTGTCCCCCTTGCCGTCCCAAGCAATGGATGATTTGATGCTGTCCCCGGACGATATTGAACAATGGTTCACTGAAGACCCAGGTCCAGATGAAGCTCCCAGAATTCGCCAGAGGCTGCTCCCCCCGTGGCCCCTGCACCAGCAGCTCCTACACCGGCGGCCCCTGCACCAGCCCCCTCCTGGCCCCTGTCATCTTCTGTCCCTTCCCAGAAAACCTACCAGGGCAGCTACGGTTTCCGTCTGGGCTTCTTGCATTCTGGGACAGCCAAGTCTGTGACTTGCACGTACTCCCCTGCCCTCAACAAGATGTTTTGCCAACTGGCCAAGACCTGCCCTGTGCAGCTGTGGGTTGATTCCACACCCCCGCCCGGCACCCGCGTCCGCGCCATGGCCATCTACAAGCAGTCACAGCACATGACGGAGGTTGTGAGGCGCTGCCCCCACCATGAGCGCTGCTCAGATAGCGATGGTCTGGCCCCTCCTCAGCATCTTATCCGAGTGGAAGGAAATTTGCGTGTGGAGTATTTGGATGACAGAAACACTTTTCGTGGGGTTTTCCCCTCCCATGTGCTCAAGACTGGCGCTAAAAGTTTTGAGCTTCTCAAAAGTCTAGAGCCACCGTCCAGGGAGCAGGTAGCTGCTGGGCTCCGGGGACACTTTGCGTTCGGGCTGGGAGCGTGCTTTCCACGACGGTGACACGCTTCCCTGGATTGGCAGCCAGACTGCCTTCCGGGTCACTGCCATGGAGGAGCCGCAGTCAGATCCTAGCGTCGAGCCCCCTCTGAGTCAGGAAACATTTTCAGACCTATGGAAACTACTTCCTGAAAACAACGTTCTGTCCCCCTTGCCGTCCCAAGCAATGGATGATTTGATGCTGTCCCCGGACGATATTGAACAATGGTTCACTGAAGACCCAGGTCCAGATGAAGCTCCCAGAATTCGCCAGAGGCTGCTCCCCCCGTGGCCCCTGCACCAGCAGCTCCTACACCGGCGGCCCCTGCACCAGCCCCCTCCTGGCCCCTGTCATCTTCTGTCCCTTCCCAGAAAACCTACCAGGGCAGCTACGGTTTCCGTCTGGGCTTCTTGCATTCTGGGACAGCCAAGTCTGTGACTTGCACGTACTCCCCTGCCCTCAACAAGATGTTTTGCCAACTGGCCAAGACCTGCCCTGTGCAGCTGTGGGTTGATTCCACACCCCCGCCCGGCACCCGCGTCCGCGCCATGGCCATCTACAAGCAGTCACAGCACATGACGGAGGTTGTGAGGCGCTGCCCCCACCATGAGCGCTGCTCAGATAGCGATGGTCTGGCCCCTCCTCAGCATCTTATCCGAGTGGAAGGAAATTTGCGTGTGGAGTATTTGGATGAC
  • substitua o sítio EcoRI 'GAATTC' por 'G^AATTC'
  • divida a nova sequência formatada nos locais de corte, armazene os fragmentos resultantes em uma lista
  • itere sobre cada fragmento e relate - a posição de início na sequência original - a posição final na sequência original - o comprimento de cada fragmento
  • ordene os fragmentos por comprimento e imprima como apareceriam em um gel de agarose. (do maior para o menor)