From 2abba58b3395158fab6f16cde40d842622aacb00 Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: Fred Atherden <43879983+fred-atherden@users.noreply.github.com>
Date: Mon, 19 Feb 2024 10:24:20 +0000
Subject: [PATCH] Add more generic check for images
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11 files changed, 5083 insertions(+), 3676 deletions(-)
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create mode 100644 test/tests/gen/biorender-tests/biorender-check/fail.xml
create mode 100644 test/tests/gen/biorender-tests/biorender-check/pass.xml
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[fig-caption-test-3] Panel indicators at the start of sentences in captions should be surrounded by parentheses. The caption for may have some panels without parentheses. Check
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+ [biorender-check] Article text contains a reference to bioRender. Since bioRender do not permit content to be published under a CC-BY license (https://help.biorender.com/en/articles/8601313-creative-commons-licensing-for-biorender-figures-premium-only), if any images were created using bioRender, the authors will need to obtain permission to share them under a permissive license. Once the authors have obtained permission, any bioRender figures need to contain a copyright statement indicating which license they are available under (e.g. CC BY-NC-ND).
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[ack-full-stop-intial-test] p element in Acknowledgements contains what looks like initial(s) followed by a full stop. Is it correct? -
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- [ack-biorender] Acknowledgements contains a reference to bioRender. Since bioRender do not permit content to be published under a CC-BY license (https://help.biorender.com/en/articles/8601313-creative-commons-licensing-for-biorender-figures-premium-only), if any images were created using bioRender, the authors will need to obtain permission to share them under a permissive license. Once the authors have obtained permission, any bioRender figures need to contain a copyright statement indicating which license they are available under (e.g. CC BY-NC-ND).
diff --git a/src/final-JATS-schematron.xsl b/src/final-JATS-schematron.xsl
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-
+
@@ -5184,7 +5193,7 @@
correction-tests-pattern
-
+
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-
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-
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-
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-
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@@ -5229,7 +5238,7 @@
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-
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-
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-
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-
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-
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-
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+
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element-allowlist-pattern
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-
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@@ -6057,7 +6066,7 @@
content-type-attribute-test-pattern
-
+
@@ -19703,11 +19712,36 @@
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+ biorender-check
+ warning
+
+
+
+ [biorender-check] Article text contains a reference to bioRender. Since bioRender do not permit content to be published under a CC-BY license (https://help.biorender.com/en/articles/8601313-creative-commons-licensing-for-biorender-figures-premium-only), if any images were created using bioRender, the authors will need to obtain permission to share them under a permissive license. Once the authors have obtained permission, any bioRender figures need to contain a copyright statement indicating which license they are available under (e.g. CC BY-NC-ND).
+
+
+
+
+
+
+
+
+
-
+
@@ -19723,18 +19757,18 @@
contains what looks like a mention of bioRender and does not have a permissions statement that refers to bioRender. bioRender do not permit content to be published under a CC-BY license (https://help.biorender.com/en/articles/8601313-creative-commons-licensing-for-biorender-figures-premium-only). Once the authors have obtained permission, this figure needs to contain a copyright statement indicating which license it is available under (e.g. CC BY-NC-ND).
-
+
-
-
-
+
+
+
-
+
@@ -19754,18 +19788,18 @@
- is that correct? Or should the punctuation be unbolded?
-
+
-
-
-
+
+
+
-
+
@@ -19827,18 +19861,18 @@
content doesn't have either a child sec[@sec-type='results|discussion'] or a sec[@sec-type='results'] and a sec[@sec-type='discussion']. Is this correct?
-
+
-
-
-
+
+
+
-
+
@@ -19900,18 +19934,18 @@
'. Is that correct?
-
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-
+
@@ -19934,18 +19968,18 @@
?
-
+
-
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+
+
+
-
+
@@ -19965,18 +19999,18 @@
section?
-
+
-
-
-
+
+
+
-
+
@@ -19996,18 +20030,18 @@
' should likely be made a level 2 section.
-
+
-
-
-
+
+
+
-
+
@@ -20089,18 +20123,18 @@
characters, when the current absolute limit for Continuum is 256.
-
+
-
-
-
+
+
+
-
+
@@ -20119,18 +20153,18 @@
'.
-
+
-
-
-
+
+
+
-
+
@@ -20281,18 +20315,18 @@
'.
-
+
-
-
-
+
+
+
-
+
@@ -20406,18 +20440,18 @@
'
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-
+
@@ -20525,18 +20559,18 @@
'.
-
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-
-
-
+
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+
-
+
@@ -20571,18 +20605,18 @@
-
+
-
-
-
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+
@@ -20603,30 +20637,18 @@
-
-
-
-
- ack-biorender
- warning
-
-
-
- [ack-biorender] Acknowledgements contains a reference to bioRender. Since bioRender do not permit content to be published under a CC-BY license (https://help.biorender.com/en/articles/8601313-creative-commons-licensing-for-biorender-figures-premium-only), if any images were created using bioRender, the authors will need to obtain permission to share them under a permissive license. Once the authors have obtained permission, any bioRender figures need to contain a copyright statement indicating which license they are available under (e.g. CC BY-NC-ND).
-
-
-
+
-
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+
@@ -20662,18 +20684,18 @@
does not meet this requirement.
-
+
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+
@@ -20691,18 +20713,18 @@
-
+
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+
@@ -20753,18 +20775,18 @@
-
+
-
-
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+
@@ -20782,18 +20804,18 @@
-
+
-
-
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+
@@ -20811,18 +20833,18 @@
-
+
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-
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+
@@ -20856,18 +20878,18 @@
.
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+
@@ -20886,18 +20908,18 @@
-
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+
@@ -20917,18 +20939,18 @@
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@@ -20948,18 +20970,18 @@
-
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@@ -20980,18 +21002,18 @@
-
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@@ -21009,18 +21031,18 @@
-
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+
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+
@@ -21054,18 +21076,18 @@
does not conform to this.
-
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@@ -21084,18 +21106,18 @@
-
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@@ -21135,18 +21157,18 @@
-
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@@ -21192,18 +21214,18 @@
does not conform to this.
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+
@@ -21222,18 +21244,18 @@
-
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@@ -21253,18 +21275,18 @@
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@@ -21284,18 +21306,18 @@
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@@ -21313,18 +21335,18 @@
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@@ -21362,18 +21384,18 @@
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@@ -21411,18 +21433,18 @@
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@@ -21480,18 +21502,18 @@
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@@ -21527,18 +21549,18 @@
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@@ -21554,18 +21576,18 @@
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@@ -21583,18 +21605,18 @@
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@@ -21609,18 +21631,18 @@
[fn-id-test] fn @id is not in the correct format. Refer to eLife kitchen sink for correct format.
-
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+
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+
@@ -21650,18 +21672,18 @@
does not conform to this.
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@@ -21693,18 +21715,18 @@
does not conform to this.
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@@ -21739,18 +21761,18 @@
.
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@@ -21768,18 +21790,18 @@
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@@ -21796,18 +21818,18 @@
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@@ -21827,18 +21849,18 @@
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@@ -21857,18 +21879,18 @@
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@@ -21938,18 +21960,18 @@
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@@ -22000,18 +22022,18 @@
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@@ -22031,18 +22053,18 @@
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@@ -22091,18 +22113,18 @@
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@@ -22121,18 +22143,18 @@
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@@ -22152,18 +22174,18 @@
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@@ -22181,18 +22203,18 @@
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@@ -22240,18 +22262,18 @@
sections are not allowed. Please either make this a level 5 heading, or capture the title as a bolded paragraph in its parent section.
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@@ -22268,18 +22290,18 @@
'. Is it a duplicate of the data availability section (and therefore should be removed)?
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@@ -22297,18 +22319,18 @@
'?
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@@ -22475,18 +22497,18 @@
type articles cannot contain additional information sections (sec[@sec-type="additional-information"]).
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+
@@ -22526,18 +22548,18 @@
[data-used-p-presence] Data availabilty section contains more than one p element describing that previously published datasets were used. Either the content of one (or more) is incorrect, or the duplicated sentence needs removing.
-
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@@ -22554,18 +22576,18 @@
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@@ -22584,18 +22606,18 @@
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@@ -22626,18 +22648,18 @@
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@@ -22694,18 +22716,18 @@
type articles should not contain author contributions.
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@@ -22733,18 +22755,18 @@
[add-files-4] This article has both a transparent reporting form and an MDAR checklist - there should only be one. Please check with the eLife team who will decide which should be retained.
-
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@@ -22760,18 +22782,18 @@
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@@ -22789,18 +22811,18 @@
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@@ -22831,18 +22853,18 @@
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@@ -22886,18 +22908,18 @@
- Please remove the full stop.
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@@ -22913,18 +22935,18 @@
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@@ -22966,18 +22988,18 @@
[ethics-test-3] Ethics fn-group must have at least one fn element.
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@@ -22994,18 +23016,18 @@
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-
+
@@ -23141,18 +23163,18 @@
' is not permitted as the article-type for a sub-article in a non-PRC article. Provided this is in fact a non-PRC article, the article-type should be 'author-comment'.
-
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@@ -23189,18 +23211,18 @@
.
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@@ -23222,18 +23244,18 @@
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@@ -23565,18 +23587,18 @@
. This is unusual, please check this is correct.
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@@ -23599,18 +23621,18 @@
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@@ -23646,18 +23668,18 @@
[ed-report-evidence-kwd-2] This article is deemed inadequate. Exeter contact eLife immediately. eLife place this article on hold and DO NOT let it proceed.
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@@ -23710,18 +23732,18 @@
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@@ -23785,18 +23807,18 @@
[dec-letter-front-test-4] decision letter front-stub has only 1 contrib-group element. Is this correct? i.e. were all of the reviewers (aside from the reviewing editor) anonymous? The text 'The reviewers have opted to remain anonymous' or 'The reviewer has opted to remain anonymous' is not present and there is no link to Review commons or a Peer Community in Evolutionary Biology doi in the decision letter.
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@@ -23828,18 +23850,18 @@
[dec-letter-editor-test-2] First contrib-group in decision letter contains a contrib which is not marked up as an editor (contrib[@contrib-type='editor']).
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@@ -23863,18 +23885,18 @@
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@@ -23920,18 +23942,18 @@
[dec-letter-reviewer-test-6] Second contrib-group in decision letter contains more than five reviewers. Is this correct? Exeter: Please check with eLife. eLife: check eJP to ensure this is correct.
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@@ -23954,18 +23976,18 @@
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@@ -23983,18 +24005,18 @@
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@@ -24025,18 +24047,18 @@
[dec-letter-body-test-3] The decision letter indicates that this article was reviewed by PCI evol bio, but there is no doi link with the prefix '10.24072/pci.evolbiol' which must be incorrect.
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@@ -24087,18 +24109,18 @@
[dec-letter-box-test-3] At the top of the decision letter, the text 'the preprint' must contain an embedded link to this article's preprint.
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@@ -24113,18 +24135,18 @@
[decision-missing-table-test] A decision letter table is referred to in the text, but there is no table in the decision letter with a label.
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@@ -24142,18 +24164,18 @@
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@@ -24182,18 +24204,18 @@
[reply-body-test-2] author response doesn't contain a p. This has to be incorrect.
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@@ -24211,18 +24233,18 @@
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@@ -24238,18 +24260,18 @@
[reply-missing-disp-quote-test-1] para in author response is entirely in italics, but not in a display quote. Is this a quote which has been processed incorrectly?
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@@ -24268,18 +24290,18 @@
'
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@@ -24294,18 +24316,18 @@
[reply-missing-table-test] An author response table is referred to in the text, but there is no table in the response with a label.
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@@ -24326,18 +24348,18 @@
. The hyperlink should be removed (but the text retained).
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@@ -24355,18 +24377,18 @@
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@@ -24401,18 +24423,18 @@
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'.
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@@ -24664,18 +24686,18 @@
'.
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@@ -24707,18 +24729,18 @@
[ref-report-reviewer-test-2] A public review cannot contain a contributor which is not a reviewer (i.e. a contrib without a child role[@specific-use='referee']).
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@@ -24760,18 +24782,18 @@
[anonymous-test-3] anonymous element cannot have any attributes.
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@@ -24803,18 +24825,18 @@
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@@ -24827,18 +24849,18 @@
[prc-pub-review-test-1] This article has individual public reviews, and also either a consensus or a joint public review, which is highgly unusual. Is this correct?
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@@ -25187,18 +25209,18 @@
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@@ -25248,18 +25270,18 @@
, but no last page. Is this correct? Should it be an elocation-id instead?
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@@ -25278,18 +25300,18 @@
' does not.
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