From 240212d75f047923ea3071eca9ed2ca8c4d7ee04 Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: Fred Atherden <43879983+fred-atherden@users.noreply.github.com>
Date: Wed, 13 Mar 2024 09:27:35 +0000
Subject: [PATCH] Add PMC stylechecker mathml checks
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src/final-JATS-schematron.xsl | 4478 +++++++++--------
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.../math-empty-base-check.sch | 1304 +++++
.../math-empty-base-check/pass.xml | 34 +
.../math-empty-script-check/fail.xml | 26 +
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.../math-empty-second-script-check.sch | 1304 +++++
.../math-empty-second-script-check/pass.xml | 34 +
test/xspec/schematron.sch | 16 +
test/xspec/schematron.xspec | 32 +
17 files changed, 8731 insertions(+), 4398 deletions(-)
create mode 100644 test/tests/gen/math-empty-child-tests/math-empty-base-check/fail.xml
create mode 100644 test/tests/gen/math-empty-child-tests/math-empty-base-check/math-empty-base-check.sch
create mode 100644 test/tests/gen/math-empty-child-tests/math-empty-base-check/pass.xml
create mode 100644 test/tests/gen/math-empty-child-tests/math-empty-script-check/fail.xml
create mode 100644 test/tests/gen/math-empty-child-tests/math-empty-script-check/math-empty-script-check.sch
create mode 100644 test/tests/gen/math-empty-child-tests/math-empty-script-check/pass.xml
create mode 100644 test/tests/gen/math-empty-child-tests/math-empty-second-script-check/fail.xml
create mode 100644 test/tests/gen/math-empty-child-tests/math-empty-second-script-check/math-empty-second-script-check.sch
create mode 100644 test/tests/gen/math-empty-child-tests/math-empty-second-script-check/pass.xml
diff --git a/src/final-JATS-schematron.sch b/src/final-JATS-schematron.sch
index c4da671176..e5d6538ced 100644
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+++ b/src/final-JATS-schematron.sch
@@ -2968,6 +2968,15 @@
[math-mi-space-test] element contains only spaces. Has "\" been used for space in the tex editor, instead of "\,"?
+
+
+
+ [math-empty-base-check] element must not have an empty base expression.
+
+ [math-empty-script-check] element must not have an empty expression.
+
+ [math-empty-second-script-check] element must not have an empty expression.
+
[disp-formula-child-test-1] element is not allowed as a child of disp-formula.
diff --git a/src/final-JATS-schematron.xsl b/src/final-JATS-schematron.xsl
index f9dd98b43c..2083f83d02 100644
--- a/src/final-JATS-schematron.xsl
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@@ -2773,6 +2773,15 @@
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-
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-
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@@ -6075,7 +6084,7 @@
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-
+
@@ -16508,11 +16517,76 @@
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+ math-empty-base-check
+ error
+
+
+
+ [math-empty-base-check]
+
+ element must not have an empty base expression.
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+ math-empty-script-check
+ error
+
+
+
+ [math-empty-script-check]
+
+ element must not have an empty
+
+ expression.
+
+
+
+
+
+
+
+ math-empty-second-script-check
+ error
+
+
+
+ [math-empty-second-script-check]
+
+ element must not have an empty
+
+ expression.
+
+
+
+
+
+
+
+
+
-
+
@@ -16528,18 +16602,18 @@
element is not allowed as a child of disp-formula.
-
+
-
-
-
+
+
+
-
+
@@ -16555,18 +16629,18 @@
element is not allowed as a child of inline-formula.
-
+
-
-
-
+
+
+
-
+
@@ -16708,18 +16782,18 @@
but it is not tagged as a key resources table. Is this correct?
-
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+
+
-
+
@@ -16738,18 +16812,18 @@
-
+
-
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+
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+
-
+
@@ -16851,18 +16925,18 @@
'.
-
+
-
-
-
+
+
+
-
+
@@ -16979,18 +17053,18 @@
'.
-
+
-
-
-
+
+
+
-
+
@@ -17011,18 +17085,18 @@
-
+
-
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+
+
+
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+
@@ -17041,18 +17115,18 @@
-
+
-
-
-
+
+
+
-
+
@@ -17080,18 +17154,18 @@
-
+
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+
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+
@@ -17113,18 +17187,18 @@
-
+
-
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+
+
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+
@@ -17143,18 +17217,18 @@
-
+
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@@ -17192,18 +17266,18 @@
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@@ -17248,18 +17322,18 @@
has a main header (thead), but it also has a header or headers in the body and contains 45 or more rows. The main (first) header will as a result appear at the start of any new pages in the PDF. Is this correct? Or should the main header be moved down into the body (but still captured with <th> instead of <td>) so that this header does not appear on the subsequent pages?
-
+
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@@ -17273,18 +17347,18 @@
[tbody-test-1] tbody must have at least one row (tr).
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@@ -17298,18 +17372,18 @@
[thead-test-1] thead must have at least one row (tr).
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+
@@ -17350,18 +17424,18 @@
[tr-test-3] table row in header contains a td element (table data), which is not allowed. Only th elements (table heading cells) are allowed in a row in the table header.
-
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@@ -17383,18 +17457,18 @@
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@@ -17433,18 +17507,18 @@
. Is this correct?
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@@ -17460,18 +17534,18 @@
' has table data (not header) cells next to it on the same row. Is this correct? Should the whole row be header cells, or should this cell extend across the whole row?
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@@ -17487,18 +17561,18 @@
. If it is a label, then it should changed to one of the allowed symbols, so that the order of labels in the footnotes follows this sequence *, †, ‡, §, ¶, **, ††, ‡‡, §§, ¶¶, etc.
-
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@@ -17529,18 +17603,18 @@
' but no label. If a lable should not be present, then please remove the id.
-
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@@ -17556,18 +17630,18 @@
-
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+
@@ -17581,18 +17655,18 @@
[continued-from-test-1] The continued-from attribute is not allowed for lists, since this is not supported by Continuum. Please use an alternative method to capture lists which are interrupted.
-
+
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+
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+
@@ -17795,18 +17869,18 @@
-
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+
@@ -17861,18 +17935,18 @@
appears after its first citation but not directly after its first citation. Is this correct?
-
+
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+
@@ -17915,18 +17989,18 @@
-
+
-
-
-
+
+
+
-
+
@@ -17944,18 +18018,18 @@
). If the content is part of the same code block, then it should be captured using only 1 code element and line breaks added in the xml. If these are separate code blocks (uncommon, but possible), then this markup is fine.
-
+
-
-
-
+
+
+
-
+
@@ -17974,18 +18048,18 @@
). If the content is part of the same code block, then it should be captured using only 1 code element and line breaks added in the xml. If these are separate code blocks (uncommon, but possible), then this markup is fine.
-
+
-
-
-
+
+
+
-
+
@@ -18031,18 +18105,18 @@
is present more than once in the text.
-
+
-
-
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+
+
+
-
+
@@ -18075,18 +18149,18 @@
is present more than once in the main body of the text.
-
+
-
-
-
+
+
+
-
+
@@ -18102,18 +18176,18 @@
is present more than once.
-
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-
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+
+
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+
@@ -18148,18 +18222,18 @@
'
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+
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+
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+
@@ -18252,18 +18326,18 @@
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+
@@ -18281,18 +18355,18 @@
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@@ -18332,18 +18406,18 @@
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@@ -18358,18 +18432,18 @@
has no sibling appendices, contains no assets (figures, tables, videos, or display formula), and only has one paragraph. Does it need to be an appendix?
-
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@@ -18421,18 +18495,18 @@
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@@ -18454,18 +18528,18 @@
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@@ -18540,18 +18614,18 @@
instead?
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@@ -18575,18 +18649,18 @@
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@@ -18610,18 +18684,18 @@
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@@ -18638,18 +18712,18 @@
Figure level videos should always be placed after figures and figure supplements in their figure group.
-
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@@ -18672,18 +18746,18 @@
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@@ -18706,18 +18780,18 @@
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@@ -18741,18 +18815,18 @@
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@@ -18779,18 +18853,18 @@
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@@ -18921,18 +18995,18 @@
is only cited in a table or the caption of an object. Please ask the authors for citation in the main text.
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@@ -18949,18 +19023,18 @@
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@@ -19075,18 +19149,18 @@
, so one must be incorrect.
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@@ -19121,18 +19195,18 @@
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@@ -19167,18 +19241,18 @@
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@@ -19195,18 +19269,18 @@
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@@ -19238,18 +19312,18 @@
does not start with the correct appendix prefix. Either the figure is placed in the incorrect appendix or the label is incorrect.
-
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@@ -19284,18 +19358,18 @@
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@@ -19317,18 +19391,18 @@
.
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@@ -19565,18 +19639,18 @@
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@@ -19599,18 +19673,18 @@
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@@ -19647,18 +19721,18 @@
permissions - the <license-p> contains a CC link, but the license does not have an ali:license_ref element, which is very likely incorrect.
-
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@@ -19677,18 +19751,18 @@
- which is incorrect.
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@@ -19707,18 +19781,18 @@
- which is incorrect.
-
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@@ -19737,18 +19811,18 @@
- which is incorrect.
-
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@@ -19807,18 +19881,18 @@
-
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@@ -19832,18 +19906,18 @@
[biorender-check] Article text contains a reference to bioRender. Since bioRender do not permit content to be published under a CC-BY license (https://help.biorender.com/en/articles/8601313-creative-commons-licensing-for-biorender-figures-premium-only), if any images were created using bioRender, the authors will need to obtain permission to share them under a permissive license. Once the authors have obtained permission, any bioRender figures need to contain a copyright statement indicating which license they are available under (e.g. CC BY-NC-ND).
-
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@@ -19859,18 +19933,18 @@
contains what looks like a mention of bioRender and does not have a permissions statement that refers to bioRender. bioRender do not permit content to be published under a CC-BY license (https://help.biorender.com/en/articles/8601313-creative-commons-licensing-for-biorender-figures-premium-only). Once the authors have obtained permission, this figure needs to contain a copyright statement indicating which license it is available under (e.g. CC BY-NC-ND).
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@@ -19890,18 +19964,18 @@
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@@ -19921,18 +19995,18 @@
- is that correct? Or should the punctuation be unbolded?
-
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@@ -19994,18 +20068,18 @@
content doesn't have either a child sec[@sec-type='results|discussion'] or a sec[@sec-type='results'] and a sec[@sec-type='discussion']. Is this correct?
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@@ -20067,18 +20141,18 @@
'. Is that correct?
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@@ -20101,18 +20175,18 @@
?
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@@ -20132,18 +20206,18 @@
section?
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@@ -20163,18 +20237,18 @@
' should likely be made a level 2 section.
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@@ -20256,18 +20330,18 @@
characters, when the current absolute limit for Continuum is 255.
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@@ -20286,18 +20360,18 @@
'.
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@@ -20448,18 +20522,18 @@
'.
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@@ -20573,18 +20647,18 @@
'
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@@ -20692,18 +20766,18 @@
'.
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@@ -20738,18 +20812,18 @@
-
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@@ -20770,18 +20844,18 @@
-
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@@ -20817,18 +20891,18 @@
does not meet this requirement.
-
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@@ -20846,18 +20920,18 @@
-
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@@ -20908,18 +20982,18 @@
-
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@@ -20937,18 +21011,18 @@
-
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@@ -20966,18 +21040,18 @@
-
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@@ -21011,18 +21085,18 @@
.
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@@ -21041,18 +21115,18 @@
-
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@@ -21072,18 +21146,18 @@
-
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@@ -21103,18 +21177,18 @@
-
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@@ -21135,18 +21209,18 @@
-
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@@ -21164,18 +21238,18 @@
-
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@@ -21209,18 +21283,18 @@
does not conform to this.
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@@ -21239,18 +21313,18 @@
-
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@@ -21290,18 +21364,18 @@
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@@ -21347,18 +21421,18 @@
does not conform to this.
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@@ -21377,18 +21451,18 @@
-
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@@ -21408,18 +21482,18 @@
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@@ -21439,18 +21513,18 @@
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@@ -21468,18 +21542,18 @@
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@@ -21517,18 +21591,18 @@
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@@ -21566,18 +21640,18 @@
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@@ -21635,18 +21709,18 @@
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@@ -21682,18 +21756,18 @@
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@@ -21709,18 +21783,18 @@
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@@ -21738,18 +21812,18 @@
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@@ -21764,18 +21838,18 @@
[fn-id-test] fn @id is not in the correct format. Refer to eLife kitchen sink for correct format.
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@@ -21805,18 +21879,18 @@
does not conform to this.
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@@ -21848,18 +21922,18 @@
does not conform to this.
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@@ -21894,18 +21968,18 @@
.
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@@ -21923,18 +21997,18 @@
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@@ -21951,18 +22025,18 @@
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@@ -21982,18 +22056,18 @@
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@@ -22012,18 +22086,18 @@
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@@ -22044,18 +22118,18 @@
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@@ -22093,18 +22167,18 @@
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@@ -22155,18 +22229,18 @@
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@@ -22246,18 +22320,18 @@
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@@ -22276,18 +22350,18 @@
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@@ -22307,18 +22381,18 @@
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@@ -22336,18 +22410,18 @@
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@@ -22395,18 +22469,18 @@
sections are not allowed. Please either make this a level 5 heading, or capture the title as a bolded paragraph in its parent section.
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@@ -22423,18 +22497,18 @@
'. Is it a duplicate of the data availability section (and therefore should be removed)?
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@@ -22452,18 +22526,18 @@
'?
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@@ -22630,18 +22704,18 @@
type articles cannot contain additional information sections (sec[@sec-type="additional-information"]).
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