From 66bcb91f6d842edc0f8dde760f7c904ff27f60cb Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Trevor Bedford Date: Tue, 20 Jun 2023 17:29:09 -0700 Subject: [PATCH] Update predictors --- predictors/predictors.tsv | 1832 +++++++++++++++++++++++++------------ 1 file changed, 1256 insertions(+), 576 deletions(-) diff --git a/predictors/predictors.tsv b/predictors/predictors.tsv index 640279904..8c2518e2b 100644 --- a/predictors/predictors.tsv +++ b/predictors/predictors.tsv @@ -1,577 +1,1257 @@ seqName clade Nextclade_pango partiallyAliased immune_escape ace2_binding rbd_count non_rbd_spike_count non_spike_count -BA.2 21L (Omicron) BA.2 BA.2 0 0 0 0 2 -XBG recombinant XBG XBG 0.6014234 0.66973 4 5 13 -XBF recombinant XBF XBF 0.83664217 1.04277 7 9 14 -XAN recombinant XAN XAN 0.38632472 0.55831 3 6 11 -XBD recombinant XBD XBD 0.63387938 0.4677 6 10 15 -XBE recombinant XBE XBE 0.6014234 0.66973 4 6 11 -XBA recombinant XBA XBA 0.3155025 0.20216 4 9 41 -XAJ recombinant XAJ XAJ 0.38632472 0.35483 5 8 8 -XAZ 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BA.2.3.20.9 0.59250379 1.06344 6 9 18 -BA.2.17 21L (Omicron) BA.2.17 BA.2.17 -9e-05 -0.0 0 4 9 -BA.2.21 21L (Omicron) BA.2.21 BA.2.21 -9e-05 -0.0 0 4 10 -BA.2.37 21L (Omicron) BA.2.37 BA.2.37 -9e-05 -0.0 0 4 9 -BA.2.57 21L (Omicron) BA.2.57 BA.2.57 -9e-05 -0.0 0 4 9 -BA.2.68 21L (Omicron) BA.2.68 BA.2.68 -9e-05 -0.0 0 4 9 -BA.2.66 21L (Omicron) BA.2.66 BA.2.66 -9e-05 -0.0 0 4 10 -BA.2.73 21L (Omicron) BA.2.73 BA.2.73 -9e-05 -0.0 0 5 9 -BA.2.74 21L (Omicron) BA.2.74 BA.2.74 0.34754626 0.21698 2 4 9 -BA.2.78 21L (Omicron) BA.2.78 BA.2.78 0.17180425 0.10556 1 4 9 -BA.2.67 21L (Omicron) BA.2.67 BA.2.67 -9e-05 -0.0 0 4 9 -BA.2.79 21L (Omicron) BA.2.79 BA.2.79 0.15239383 -0.05858 1 5 9 -BA.2.79.1 21L (Omicron) BA.2.79.1 BA.2.79.1 0.15239383 -0.05858 1 5 11 -BA.2.76 21L (Omicron) BA.2.76 BA.2.76 0.21548713 0.11142 1 5 8 -BA.2.76.1 21L (Omicron) BA.2.76.1 BA.2.76.1 0.28000064 0.18492 2 5 10 -BA.2.76.2 21L (Omicron) BA.2.76.2 BA.2.76.2 0.21548713 0.11142 1 6 10 -BA.2.38 21L (Omicron) BA.2.38 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BA.2.75.4 BA.2.75.4 ? ? 5 9 13 -BA.2.75.1 22D (Omicron) BA.2.75.1 BA.2.75.1 0.19126716 1.17547 4 10 13 -BL.4 22D (Omicron) BL.4 BA.2.75.1.4 0.19126716 1.17547 4 10 14 -BL.3 22D (Omicron) BL.3 BA.2.75.1.3 0.19126716 1.17547 4 10 14 -BL.5 22D (Omicron) BL.5 BA.2.75.1.5 0.40549464 1.16854 5 10 14 -BL.2 22D (Omicron) BL.2 BA.2.75.1.2 0.40549464 1.28689 5 10 13 -BL.2.1 22D (Omicron) BL.2.1 BA.2.75.1.2.1 0.40549464 1.28689 5 11 14 -BL.1 22D (Omicron) BL.1 BA.2.75.1.1 0.40549464 1.28689 5 10 13 -BL.1.1 22D (Omicron) BL.1.1 BA.2.75.1.1.1 0.40549464 1.28689 5 11 13 -BL.1.2 22D (Omicron) BL.1.2 BA.2.75.1.1.2 0.40549464 1.28689 5 12 13 -BL.1.3 22D (Omicron) BL.1.3 BA.2.75.1.1.3 0.57145088 1.19193 6 10 15 -BL.1.4 22D (Omicron) BL.1.4 BA.2.75.1.1.4 0.57145088 1.34644 6 10 15 -BA.2.75.6 22D (Omicron) BA.2.75.6 BA.2.75.6 0.40549464 1.28689 5 9 13 -BY.1 22D (Omicron) BY.1 BA.2.75.6.1 0.63387938 0.4677 6 9 13 -BY.1.1 22D (Omicron) BY.1.1 BA.2.75.6.1.1 0.80526622 0.42674 7 9 13 -BY.1.1.1 22D (Omicron) BY.1.1.1 BA.2.75.6.1.1.1 0.80526622 0.42674 7 11 15 -BY.1.2.1 22D (Omicron) BY.1.2.1 BA.2.75.6.1.2.1 0.67008459 0.41647 7 9 15 -BY.1.2 22D (Omicron) BY.1.2 BA.2.75.6.1.2 0.63387938 0.4677 6 9 13 -BA.2.75.2 22D (Omicron) BA.2.75.2 BA.2.75.2 0.63387938 0.4677 6 10 13 -CA.1 22D (Omicron) CA.1 BA.2.75.2.1 0.80526622 0.42674 7 11 16 -CA.2 22D (Omicron) CA.2 BA.2.75.2.2 0.67008459 0.41647 7 10 13 -CA.4 22D (Omicron) CA.4 BA.2.75.2.4 0.63387938 1.07323 6 10 14 -CA.5 22D (Omicron) CA.5 BA.2.75.2.5 0.63387938 0.4677 6 12 13 -CA.7 22D (Omicron) CA.7 BA.2.75.2.7 0.80526622 0.42674 7 10 14 -CA.6 22D (Omicron) CA.6 BA.2.75.2.6 0.63387938 0.4677 6 10 14 -CA.3 22D (Omicron) CA.3 BA.2.75.2.3 0.63387938 0.4677 6 10 15 -CA.3.1 22D (Omicron) CA.3.1 BA.2.75.2.3.1 0.90680506 0.23718 8 10 15 -BA.2.75.5 22D (Omicron) BA.2.75.5 BA.2.75.5 0.40056346 1.17243 5 9 13 -BN.4 22D (Omicron) BN.4 BA.2.75.5.4 0.5637276 1.14197 6 9 14 -BN.5 22D (Omicron) BN.5 BA.2.75.5.5 0.40056346 1.17243 5 9 14 -BN.6 22D (Omicron) BN.6 BA.2.75.5.6 0.40056346 1.17243 5 9 14 -BN.2.1 22D (Omicron) BN.2.1 BA.2.75.5.2.1 0.5637276 1.14197 6 10 14 -BN.2 22D (Omicron) BN.2 BA.2.75.5.2 0.40056346 1.17243 5 9 14 -BN.3 22D (Omicron) BN.3 BA.2.75.5.3 0.5401418 1.11385 6 9 16 -BN.3.1 22D (Omicron) BN.3.1 BA.2.75.5.3.1 0.68747718 1.08339 7 9 18 -BN.1 22D (Omicron) BN.1 BA.2.75.5.1 0.76073951 1.25339 7 9 13 -BN.1.5 22D (Omicron) BN.1.5 BA.2.75.5.1.5 0.76073951 1.25339 7 9 14 -BN.1.4 22D (Omicron) BN.1.4 BA.2.75.5.1.4 0.76073951 1.25339 7 9 13 -BN.1.6 22D (Omicron) BN.1.6 BA.2.75.5.1.6 0.76073951 1.25339 7 10 14 -BN.1.7 22D (Omicron) BN.1.7 BA.2.75.5.1.7 0.76073951 1.25339 7 13 13 -BN.1.1 22D (Omicron) BN.1.1 BA.2.75.5.1.1 0.77985918 1.20216 8 9 13 -BN.1.1.1 22D (Omicron) BN.1.1.1 BA.2.75.5.1.1.1 0.77985918 1.20216 8 10 13 -BN.1.2 22D (Omicron) BN.1.2 BA.2.75.5.1.2 0.76073951 1.25339 7 9 14 -BN.1.2.1 22D (Omicron) BN.1.2.1 BA.2.75.5.1.2.1 0.78700469 1.21326 8 9 15 -BN.1.3 22D (Omicron) BN.1.3 BA.2.75.5.1.3 0.76073951 1.25339 7 9 14 -BN.1.3.1 22D (Omicron) BN.1.3.1 BA.2.75.5.1.3.1 0.76073951 1.25339 7 9 16 -BA.2.75.3 22D (Omicron) BA.2.75.3 BA.2.75.3 0.19126716 1.17547 4 9 14 -BM.3 22D (Omicron) BM.3 BA.2.75.3.3 0.19126716 1.17547 4 9 15 -BM.5 22D (Omicron) BM.5 BA.2.75.3.5 0.23507393 1.15852 5 9 14 -BM.6 22D (Omicron) BM.6 BA.2.75.3.6 0.23507393 1.15852 5 10 16 -BM.2 22D (Omicron) BM.2 BA.2.75.3.2 0.40549464 1.28689 5 9 14 -BM.2.2 22D (Omicron) BM.2.2 BA.2.75.3.2.2 0.4573279 1.26994 6 9 14 -BM.2.1 22D (Omicron) BM.2.1 BA.2.75.3.2.1 0.63387938 0.81858 6 9 14 -BM.2.3 22D (Omicron) BM.2.3 BA.2.75.3.2.3 0.63387938 0.78817 6 10 14 -BM.4 22D (Omicron) BM.4 BA.2.75.3.4 0.19126716 1.17547 4 9 15 -BM.4.1 22D (Omicron) BM.4.1 BA.2.75.3.4.1 0.37520611 0.35628 5 9 15 -BM.4.1.1 22D (Omicron) BM.4.1.1 BA.2.75.3.4.1.1 0.63387938 0.4677 6 9 15 -CH.2 22D (Omicron) CH.2 BA.2.75.3.4.1.1.2 0.63387938 0.4677 6 10 15 -CH.1.1 22D (Omicron) CH.1.1 BA.2.75.3.4.1.1.1.1 0.90680506 0.32796 8 9 16 -CH.1 22D (Omicron) CH.1 BA.2.75.3.4.1.1.1 0.7375915 0.36892 7 9 16 -BM.1 22D (Omicron) BM.1 BA.2.75.3.1 0.37520611 0.35628 5 9 14 -BM.1.1 22D (Omicron) BM.1.1 BA.2.75.3.1.1 0.63387938 0.4677 6 9 14 -BM.1.1.2 22D (Omicron) BM.1.1.2 BA.2.75.3.1.1.2 0.63387938 0.4677 6 12 18 -BM.1.1.1 22D (Omicron) BM.1.1.1 BA.2.75.3.1.1.1 0.83664217 0.43724 7 9 14 -CJ.1 22D (Omicron) CJ.1 BA.2.75.3.1.1.1.1 0.83664217 1.04277 7 9 14 -BM.1.1.3 22D (Omicron) BM.1.1.3 BA.2.75.3.1.1.3 0.63387938 0.4677 6 9 14 -CV.1 22D (Omicron) CV.1 BA.2.75.3.1.1.3.1 0.80526622 0.42674 7 9 15 -BA.4.8 22A (Omicron) BA.4.8 BA.4.8 0.38632472 0.55831 3 6 8 -BA.4 22A (Omicron) BA.4 BA.4 0.38632472 0.55831 3 6 12 -BA.4.2 22A (Omicron) BA.4.2 BA.4.2 0.38632472 0.55831 3 6 13 -BA.4.3 22A (Omicron) BA.4.3 BA.4.3 0.38632472 0.55831 3 7 13 -BA.4.5 22A (Omicron) BA.4.5 BA.4.5 0.38632472 0.55831 3 9 12 -BA.4.4 22A (Omicron) BA.4.4 BA.4.4 0.38632472 0.55831 3 7 13 -BA.4.7 22A (Omicron) BA.4.7 BA.4.7 0.6014234 0.55138 4 7 13 -BA.4.6.1 22A (Omicron) BA.4.6.1 BA.4.6.1 0.6014234 0.66973 4 8 12 -BA.4.6 22A (Omicron) BA.4.6 BA.4.6 0.6014234 0.66973 4 7 12 -BA.4.6.2 22A (Omicron) BA.4.6.2 BA.4.6.2 0.73609395 0.50263 5 7 14 -BA.4.6.3 22A (Omicron) BA.4.6.3 BA.4.6.3 0.83137808 0.71883 6 8 13 -BA.4.6.4 22A (Omicron) BA.4.6.4 BA.4.6.4 0.6014234 0.66973 4 7 13 -BA.4.6.5 22A (Omicron) BA.4.6.5 BA.4.6.5 0.6014234 0.66973 4 7 13 -DC.1 22A (Omicron) DC.1 BA.4.6.5.1 0.64619624 0.66094 5 7 13 -BA.4.1 22A (Omicron) BA.4.1 BA.4.1 0.38632472 0.55831 3 7 12 -BA.4.1.1 22A (Omicron) BA.4.1.1 BA.4.1.1 0.38632472 0.55831 3 8 12 -BA.4.1.3 22A (Omicron) BA.4.1.3 BA.4.1.3 0.38632472 0.55831 3 7 14 -BA.4.1.4 22A (Omicron) BA.4.1.4 BA.4.1.4 0.38632472 0.55831 3 8 12 -BA.4.1.5 22A (Omicron) BA.4.1.5 BA.4.1.5 0.38632472 0.55831 3 7 13 -BA.4.1.6 22A (Omicron) BA.4.1.6 BA.4.1.6 0.38632472 0.55831 3 7 13 -BA.4.1.8 22A (Omicron) BA.4.1.8 BA.4.1.8 0.6014234 0.66973 4 7 14 -BA.4.1.9 22A (Omicron) BA.4.1.9 BA.4.1.9 0.6014234 0.66973 4 7 12 -BA.4.1.10 22A (Omicron) BA.4.1.10 BA.4.1.10 0.6594692 0.67074 5 7 13 -CS.1 22A (Omicron) CS.1 BA.4.1.10.1 0.84577403 0.57028 6 7 14 -BA.4.1.2 22A (Omicron) BA.4.1.2 BA.4.1.2 0.38632472 0.55831 3 7 15 -BA.4.1.7 22A (Omicron) BA.4.1.7 BA.4.1.7 0.38632472 0.55831 3 8 15 -BA.5 22B (Omicron) BA.5 BA.5 0.38632472 0.55831 3 6 9 -BA.5.9 22B (Omicron) BA.5.9 BA.5.9 0.6014234 0.39901 4 6 10 -BA.5.7 22B (Omicron) BA.5.7 BA.5.7 0.38632472 0.55831 3 6 13 -BA.5.8 22B (Omicron) BA.5.8 BA.5.8 0.38632472 0.55831 3 7 12 -BA.5.5 22B (Omicron) BA.5.5 BA.5.5 0.38632472 0.55831 3 7 9 -BA.5.5.2 22B (Omicron) BA.5.5.2 BA.5.5.2 0.38632472 0.55831 3 7 10 -BA.5.5.1 22B (Omicron) BA.5.5.1 BA.5.5.1 0.50267174 0.49973 4 7 10 -BA.5.5.3 22B (Omicron) BA.5.5.3 BA.5.5.3 0.38632472 0.55831 3 7 11 -BA.5.6 22B (Omicron) BA.5.6 BA.5.6 0.38632472 0.55831 3 6 11 -BA.5.6.2 22B (Omicron) BA.5.6.2 BA.5.6.2 0.58592522 0.45953 4 6 11 -BW.1 22B (Omicron) BW.1 BA.5.6.2.1 0.6306944 0.66401 5 6 12 -BA.5.6.1 22B (Omicron) BA.5.6.1 BA.5.6.1 0.38632472 0.55831 3 6 12 -BA.5.6.4 22B (Omicron) BA.5.6.4 BA.5.6.4 0.6014234 0.58831 4 6 12 -BA.5.6.3 22B (Omicron) BA.5.6.3 BA.5.6.3 0.6014234 0.66973 4 6 12 -BA.5.1 22B (Omicron) BA.5.1 BA.5.1 0.38632472 0.55831 3 6 9 -BA.5.1.12 22B (Omicron) BA.5.1.12 BA.5.1.12 0.50461082 0.39121 4 6 9 -BA.5.1.11 22B (Omicron) BA.5.1.11 BA.5.1.11 0.38632472 0.55831 3 6 12 -BA.5.1.15 22B (Omicron) BA.5.1.15 BA.5.1.15 0.38632472 0.55831 3 6 10 -BA.5.1.16 22B (Omicron) BA.5.1.16 BA.5.1.16 0.38632472 0.55831 3 6 11 -BA.5.1.14 22B (Omicron) BA.5.1.14 BA.5.1.14 0.38632472 0.55831 3 6 10 -BA.5.1.17 22B (Omicron) BA.5.1.17 BA.5.1.17 0.38632472 0.55831 3 6 10 -BA.5.1.2 22B (Omicron) BA.5.1.2 BA.5.1.2 0.38632472 0.55831 3 6 10 -BA.5.1.25 22B (Omicron) BA.5.1.25 BA.5.1.25 0.38632472 0.55831 3 6 10 -BA.5.1.24 22B (Omicron) BA.5.1.24 BA.5.1.24 0.38632472 0.55831 3 6 10 -BA.5.1.28 22B (Omicron) BA.5.1.28 BA.5.1.28 0.6014234 0.66973 4 6 9 -BA.5.1.3 22B (Omicron) BA.5.1.3 BA.5.1.3 0.38632472 0.55831 3 7 9 -BA.5.1.30 22B (Omicron) BA.5.1.30 BA.5.1.30 0.38632472 0.55831 3 6 10 -BA.5.1.4 22B (Omicron) BA.5.1.4 BA.5.1.4 0.38632472 0.55831 3 6 12 -BA.5.1.6 22B (Omicron) BA.5.1.6 BA.5.1.6 0.38632472 0.55831 3 6 10 -BA.5.1.7 22B (Omicron) BA.5.1.7 BA.5.1.7 0.38632472 0.55831 3 6 11 -BA.5.1.5 22B (Omicron) BA.5.1.5 BA.5.1.5 0.38632472 0.55831 3 7 9 -BA.5.1.8 22B (Omicron) BA.5.1.8 BA.5.1.8 0.38632472 0.55831 3 6 11 -BA.5.1.10 22B (Omicron) BA.5.1.10 BA.5.1.10 0.38632472 0.55831 3 6 11 -BK.1 22B (Omicron) BK.1 BA.5.1.10.1 0.38632472 0.55831 3 6 12 -BA.5.1.22 22B (Omicron) BA.5.1.22 BA.5.1.22 0.38632472 0.55831 3 6 10 -DH.1 22B (Omicron) DH.1 BA.5.1.22.1 0.38632472 0.55831 3 8 12 -BA.5.1.26 22B (Omicron) BA.5.1.26 BA.5.1.26 0.6014234 0.66973 4 6 10 -CU.1 22B (Omicron) CU.1 BA.5.1.26.1 0.6014234 0.66973 4 8 10 -BA.5.1.23 22B (Omicron) BA.5.1.23 BA.5.1.23 0.38632472 0.55831 3 6 10 -DE.1 22B (Omicron) DE.1 BA.5.1.23.1 0.38632472 0.55831 3 7 10 -DE.2 22B (Omicron) DE.2 BA.5.1.23.2 0.6014234 0.66973 4 7 13 -BA.5.1.27 22B (Omicron) BA.5.1.27 BA.5.1.27 0.6014234 0.66973 4 6 11 -BA.5.1.29 22B (Omicron) BA.5.1.29 BA.5.1.29 0.58592522 0.40293 4 6 11 -CL.1 22B (Omicron) CL.1 BA.5.1.29.1 0.6306944 0.60741 5 7 12 -BA.5.1.1 22B (Omicron) BA.5.1.1 BA.5.1.1 0.38632472 0.55831 3 6 10 -BA.5.1.19 22B (Omicron) BA.5.1.19 BA.5.1.19 0.38632472 0.55831 3 6 10 -BA.5.1.20 22B (Omicron) BA.5.1.20 BA.5.1.20 0.6014234 0.66973 4 6 10 -BA.5.1.9 22B (Omicron) BA.5.1.9 BA.5.1.9 0.38632472 0.55831 3 6 11 -BA.5.1.18 22B (Omicron) BA.5.1.18 BA.5.1.18 0.6014234 0.66973 4 6 14 -BA.5.1.21 22B (Omicron) BA.5.1.21 BA.5.1.21 0.38632472 0.55831 3 6 11 -BT.1 22B (Omicron) BT.1 BA.5.1.21.1 0.38632472 0.55831 3 6 12 -BT.2 22B (Omicron) BT.2 BA.5.1.21.2 0.38632472 0.55831 3 6 12 -BA.5.3 22B (Omicron) BA.5.3 BA.5.3 0.38632472 0.55831 3 6 10 -BA.5.3.3 22B (Omicron) BA.5.3.3 BA.5.3.3 0.38632472 0.55831 3 6 33 -BA.5.3.5 22B (Omicron) BA.5.3.5 BA.5.3.5 0.6014234 0.66973 4 6 32 -BA.5.3.2 22B (Omicron) BA.5.3.2 BA.5.3.2 0.38632472 0.55831 3 6 11 -BA.5.3.4 22B 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(Omicron) BF.13 BA.5.2.1.13 0.6014234 0.55138 4 6 12 -BF.16 22B (Omicron) BF.16 BA.5.2.1.16 0.58592522 0.45785 4 6 10 -BF.22 22B (Omicron) BF.22 BA.5.2.1.22 0.38632472 0.55831 3 6 12 -BF.25 22B (Omicron) BF.25 BA.5.2.1.25 0.50461082 0.39121 4 6 10 -BF.29 22B (Omicron) BF.29 BA.5.2.1.29 0.38632472 0.55831 3 6 11 -BF.34 22B (Omicron) BF.34 BA.5.2.1.34 0.6014234 0.66973 4 7 11 -BF.26 22B (Omicron) BF.26 BA.5.2.1.26 0.38632472 0.55831 3 6 13 -BF.32 22B (Omicron) BF.32 BA.5.2.1.32 0.50267174 0.49973 4 6 16 -BF.7 22B (Omicron) BF.7 BA.5.2.1.7 0.6014234 0.66973 4 6 14 -BF.7.10 22B (Omicron) BF.7.10 BA.5.2.1.7.10 0.6014234 0.66973 4 7 14 -BF.7.1 22B (Omicron) BF.7.1 BA.5.2.1.7.1 0.6014234 0.66973 4 7 14 -BF.7.12 22B (Omicron) BF.7.12 BA.5.2.1.7.12 0.6014234 0.66973 4 7 14 -BF.7.11 22B (Omicron) BF.7.11 BA.5.2.1.7.11 0.6014234 0.66973 4 7 14 -BF.7.2 22B (Omicron) BF.7.2 BA.5.2.1.7.2 0.6014234 0.63932 4 7 14 -BF.7.3 22B (Omicron) BF.7.3 BA.5.2.1.7.3 0.6014234 0.66973 4 7 14 -BF.7.6 22B (Omicron) 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