-
Notifications
You must be signed in to change notification settings - Fork 0
/
sample-output3.txt
93 lines (93 loc) · 12.2 KB
/
sample-output3.txt
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
-----------
|Sequences|
-----------
sequence1
SSSPQPKKKPLDGEYFTLQIRGRERFEMFRELNEALELKDAQAGKEPGGSRAHSS
sequence2
TFKESSLPSSQPEDSKKTKTTSSNEEEIFTLQVRGKKRFEMLKMINDSLELKDLVPAADQDKYRQKLHSKSTS
--------------
|Score Matrix|
--------------
S S S P Q P K K K P L D G E Y F T L Q I R G R E R F E M F R E L N E A L E L K D A Q A G K E P G G S R A H S S
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
T 0 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 3 2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 1 1
F 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 6 4 5 3 2 1 0 0 0 0 6 4 3 6 4 3 2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
K 0 0 0 0 0 1 0 5 5 5 3 2 1 0 1 1 4 5 3 6 4 4 2 2 1 2 4 7 5 4 8 6 5 4 3 2 1 1 0 5 3 2 1 0 0 5 3 2 1 0 0 2 0 0 0 0
E 0 0 0 0 0 2 0 3 6 6 4 3 4 2 5 3 3 3 2 5 3 4 2 2 7 5 4 9 7 6 6 13 11 10 9 8 7 6 5 4 7 5 4 3 2 3 10 8 7 6 5 4 3 2 1 0
S 0 4 4 4 2 1 1 2 4 6 5 3 3 4 3 3 2 4 2 3 3 2 4 2 5 6 4 7 8 6 5 11 11 12 10 10 8 7 6 5 5 8 6 5 4 3 8 9 8 7 10 8 7 6 6 5
S 0 4 8 8 6 5 4 3 3 4 5 3 3 3 4 2 1 3 2 2 1 2 2 3 4 4 4 6 6 6 5 10 9 12 12 11 9 8 7 6 5 6 8 7 5 4 7 7 9 8 11 9 9 7 10 10
L 0 2 6 6 5 4 2 2 2 3 3 9 7 6 5 4 3 2 7 5 4 3 2 1 3 3 4 5 8 6 5 9 14 12 11 11 15 13 12 11 10 9 8 7 6 5 6 6 7 6 9 9 8 6 8 8
P 0 1 5 5 13 11 11 9 8 7 10 8 8 6 5 4 3 2 5 6 4 3 2 1 2 2 2 4 6 4 4 8 12 12 11 10 13 14 12 11 10 9 8 7 6 5 5 13 11 10 9 8 8 6 7 7
S 0 4 5 9 11 13 11 11 9 8 8 8 8 8 6 5 4 4 4 5 4 3 3 1 1 1 1 3 5 4 3 7 11 13 12 12 12 13 12 12 11 11 9 9 7 6 5 11 13 11 14 12 11 10 10 11
S 0 4 8 9 10 11 12 11 11 9 8 7 8 8 8 6 5 5 3 4 3 3 3 2 1 0 0 2 4 3 3 6 10 12 13 13 11 12 11 12 12 12 11 10 9 7 6 10 11 13 15 13 13 11 14 14
Q 0 2 6 8 9 15 13 13 12 12 10 9 8 7 10 8 7 6 5 8 6 5 4 4 4 2 1 2 3 1 4 5 9 10 14 12 11 13 11 12 12 11 17 15 14 13 12 11 10 11 13 16 14 13 12 14
P 0 1 5 6 15 13 22 20 19 18 19 17 16 15 14 13 12 11 10 9 8 7 6 5 4 3 2 1 2 0 2 4 8 9 12 13 11 11 10 10 11 11 15 16 14 13 12 19 17 16 15 14 15 13 12 12
E 0 0 4 5 13 17 20 23 21 20 19 18 19 17 20 18 17 16 15 14 13 12 11 10 10 8 7 7 5 4 3 7 7 8 14 12 11 16 14 13 12 11 14 14 14 15 18 17 17 15 16 15 13 15 13 12
D 0 0 3 4 12 15 19 21 22 20 19 18 24 22 21 20 19 18 17 16 15 14 13 12 12 10 9 9 7 6 5 5 6 8 12 12 10 14 12 13 19 17 16 15 14 13 17 17 16 16 15 14 13 13 15 13
S 0 4 4 7 11 14 18 20 21 22 20 19 22 24 22 21 20 20 18 17 16 15 14 13 12 11 10 9 8 7 6 5 5 7 11 13 11 13 12 12 17 20 18 17 16 15 15 16 17 16 20 18 17 16 17 19
K 0 2 4 5 10 13 17 23 25 26 24 23 22 22 25 23 22 21 20 19 18 18 16 16 14 14 12 11 10 9 9 7 6 5 10 11 11 12 11 17 16 18 21 19 18 21 19 18 17 16 18 22 20 19 18 17
K 0 1 2 4 9 12 16 22 28 30 28 27 26 25 24 23 22 21 20 21 19 20 18 18 17 16 14 13 12 11 11 10 8 7 9 10 9 12 10 16 16 17 19 20 18 23 22 20 19 18 17 20 21 19 19 18
T 0 1 2 3 8 11 15 20 26 28 29 27 26 25 24 23 22 27 25 24 23 22 21 20 19 18 17 16 15 14 13 12 11 10 9 9 9 10 11 14 15 16 18 19 18 21 22 21 19 18 19 19 20 19 20 20
K 0 0 1 2 7 10 14 20 25 31 29 28 27 26 26 24 23 25 25 26 24 25 23 23 21 21 19 18 17 16 16 14 13 12 11 10 9 10 9 16 14 15 17 17 17 23 22 21 19 18 18 21 19 19 19 20
T 0 1 1 2 6 9 13 18 24 29 30 28 27 26 25 24 23 28 26 25 25 23 23 22 22 20 19 18 17 16 15 15 13 13 11 11 9 8 9 14 15 14 16 17 15 21 22 21 19 18 19 19 21 19 20 20
T 0 1 2 2 5 8 12 17 23 28 28 29 27 26 25 24 23 28 27 25 24 24 22 22 21 21 19 18 17 16 15 14 14 13 12 11 10 8 7 13 13 15 15 16 15 20 20 21 19 18 19 18 19 19 20 21
S 0 4 5 6 4 7 11 16 22 27 27 27 29 27 26 25 24 26 26 27 25 24 24 22 22 20 19 19 17 16 15 15 13 15 13 13 11 10 9 12 13 14 15 16 16 19 20 19 21 19 22 20 19 18 23 24
S 0 4 8 9 7 6 10 15 21 26 26 26 27 29 27 26 25 25 24 26 25 24 24 23 22 21 19 19 18 16 15 15 13 14 15 14 12 11 10 11 12 14 14 16 16 18 19 19 19 21 23 21 21 19 22 27
N 0 2 6 9 7 7 9 14 20 25 25 25 27 27 29 27 26 25 24 24 23 25 24 24 23 22 20 19 18 17 16 15 14 19 17 16 15 14 13 12 12 12 14 14 16 17 18 17 19 19 22 23 21 22 20 25
E 0 1 5 7 8 9 8 13 19 24 24 24 27 26 32 30 29 28 27 26 25 24 23 24 29 27 26 25 24 23 22 21 20 19 24 22 21 20 19 18 17 16 15 14 14 17 22 20 19 18 20 22 22 21 22 24
E 0 0 4 6 6 10 8 12 18 23 23 23 26 25 31 30 28 28 26 29 27 26 25 24 29 29 27 31 29 28 27 27 25 24 24 23 21 26 24 23 22 21 20 19 18 17 22 21 19 18 19 20 21 22 21 23
E 0 0 3 5 5 8 9 11 17 22 22 22 25 24 30 29 27 27 25 28 26 27 25 25 29 29 27 32 30 29 28 32 30 29 29 27 26 26 24 25 25 23 23 21 20 19 22 21 19 18 18 19 19 21 22 22
I 0 0 2 4 4 7 7 10 16 21 21 24 23 23 28 29 29 27 29 27 32 30 29 28 27 27 29 30 33 31 30 30 34 32 31 30 29 28 28 26 25 24 23 22 21 20 20 19 17 16 17 18 18 19 20 21
F 0 0 1 3 3 6 6 9 15 20 20 22 22 22 27 31 35 33 32 31 30 29 28 27 26 26 33 31 31 39 37 36 35 34 33 32 31 30 29 28 27 26 25 24 23 22 21 20 19 18 17 17 17 18 19 20
T 0 1 1 2 2 5 5 8 14 19 19 21 21 21 26 29 33 40 38 37 36 35 34 33 32 31 31 32 30 37 38 36 35 35 33 33 31 30 29 28 27 27 25 25 23 22 21 20 19 18 19 17 17 17 19 20
L 0 0 0 1 1 4 4 7 13 18 18 23 21 20 25 28 32 38 44 42 41 40 39 38 37 36 35 34 34 36 36 35 40 38 37 36 37 35 34 33 32 31 30 29 28 27 26 25 24 23 22 21 20 19 18 18
Q 0 0 0 0 0 6 4 6 12 17 17 21 23 21 24 27 31 37 42 49 47 46 45 44 43 42 41 40 39 38 37 38 38 40 40 38 37 39 37 36 35 34 36 34 33 32 31 30 29 28 27 26 25 24 23 22
V 0 0 0 0 0 4 4 5 11 16 16 20 21 20 23 26 30 36 41 47 52 50 49 48 47 46 45 44 43 42 41 40 39 38 38 40 39 37 40 38 37 36 35 36 34 33 32 31 30 29 28 27 26 25 24 23
R 0 0 0 0 0 3 2 6 10 15 15 19 20 19 22 25 29 35 40 46 50 57 55 54 53 52 51 50 49 48 47 46 45 44 43 42 41 40 39 42 40 39 38 37 36 36 34 33 32 31 30 33 31 30 29 28
G 0 0 0 0 0 2 1 4 9 14 14 18 19 26 24 24 28 34 39 45 49 55 63 61 60 59 58 57 56 55 54 53 52 51 50 49 48 47 46 45 44 43 42 41 43 41 40 39 39 38 36 35 34 33 32 31
K 0 0 0 0 0 1 1 6 9 14 13 17 18 24 27 25 27 33 38 44 48 54 61 65 63 62 61 60 59 58 57 56 55 54 53 52 51 50 49 51 49 48 47 46 45 48 46 45 44 43 42 41 40 39 38 37
K 0 0 0 0 0 1 0 6 11 14 13 16 17 23 25 25 26 32 37 43 47 53 60 63 66 65 63 62 61 60 60 58 57 56 55 54 53 52 51 54 52 51 50 49 48 50 49 47 46 45 44 44 42 41 40 39
R 0 0 0 0 0 1 0 4 9 13 12 15 16 22 24 23 25 31 36 42 46 52 59 65 64 71 69 68 67 66 65 64 63 62 61 60 59 58 57 56 55 54 53 52 51 50 50 48 47 46 45 49 47 46 45 44
F 0 0 0 0 0 0 0 3 8 11 10 14 15 21 23 27 29 30 35 41 45 51 58 63 63 69 77 75 74 73 72 71 70 69 68 67 66 65 64 63 62 61 60 59 58 57 56 55 54 53 52 51 50 49 48 47
E 0 0 0 0 0 2 0 2 7 10 10 13 16 20 26 25 27 29 34 40 44 50 57 62 68 68 75 82 80 79 78 77 76 75 74 73 72 71 70 69 68 67 66 65 64 63 62 61 60 59 58 57 56 55 54 53
M 0 0 0 0 0 0 0 1 6 9 8 12 14 19 24 25 26 28 33 39 43 49 56 61 66 67 74 80 87 85 84 83 82 81 80 79 78 77 76 75 74 73 72 71 70 69 68 67 66 65 64 63 62 61 60 59
L 0 0 0 0 0 0 0 0 5 8 7 12 13 18 23 23 25 27 32 38 42 48 55 60 65 66 73 79 85 87 85 84 87 85 84 83 83 81 81 79 78 77 76 75 74 73 72 71 70 69 68 67 66 65 64 63
K 0 0 0 0 0 1 0 5 5 10 8 10 12 17 22 22 24 26 31 37 41 47 54 59 64 67 72 78 84 85 89 87 86 87 86 84 83 84 82 86 84 83 82 81 80 79 78 77 76 75 74 73 72 71 70 69
M 0 0 0 0 0 0 0 3 4 8 8 10 11 16 21 21 23 25 30 36 40 46 53 58 63 65 71 77 83 84 87 87 89 87 86 85 86 84 86 84 83 83 83 81 80 79 78 77 76 75 74 73 72 71 70 69
I 0 0 0 0 0 0 0 2 2 7 6 10 10 15 20 20 22 24 29 35 40 45 52 57 62 64 70 76 82 83 86 85 89 87 86 85 87 85 86 84 83 82 81 82 80 79 78 77 76 75 74 73 72 71 70 69
N 0 1 1 1 0 0 0 1 2 6 5 8 11 14 19 19 21 23 28 34 38 44 51 56 61 63 69 75 81 82 85 86 87 95 93 92 91 90 89 88 87 86 85 84 83 82 81 80 79 78 77 76 75 74 73 72
D 0 0 1 1 0 0 0 0 0 5 5 7 14 13 18 18 20 22 27 33 37 43 50 55 60 62 68 74 80 81 84 87 86 93 97 95 94 93 92 91 94 92 91 90 89 88 87 86 85 84 83 82 81 80 79 78
S 0 4 4 5 3 2 1 0 0 4 4 6 12 14 17 17 19 21 26 32 36 42 49 54 59 61 67 73 79 80 83 85 85 92 95 98 96 95 94 93 92 95 93 92 91 90 89 88 87 86 88 86 85 84 84 83
L 0 2 2 3 2 1 0 0 0 3 2 8 11 12 16 16 18 20 25 31 35 41 48 53 58 60 66 72 78 79 82 84 89 91 94 96 102 100 99 98 97 96 95 94 93 92 91 90 89 88 87 86 85 84 83 82
E 0 1 2 2 2 4 2 1 1 2 2 6 10 11 17 15 17 19 24 30 34 40 47 52 58 59 65 71 77 78 81 87 87 90 96 95 100 107 105 104 103 102 101 100 99 98 97 96 95 94 93 92 91 90 89 88
L 0 0 0 1 0 2 1 0 0 1 0 6 9 10 15 16 16 18 23 29 33 39 46 51 56 58 64 70 76 77 80 85 91 89 94 95 99 105 111 109 108 107 106 105 104 103 102 101 100 99 98 97 96 95 94 93
K 0 0 0 0 0 1 1 6 5 5 3 4 8 9 14 14 15 17 22 28 32 38 45 50 55 58 63 69 75 76 79 84 89 91 93 93 98 104 109 116 114 113 112 111 110 109 108 107 106 105 104 103 102 101 100 99
D 0 0 0 0 0 0 0 4 5 4 4 3 10 8 13 13 14 16 21 27 31 37 44 49 54 56 62 68 74 75 78 83 88 90 93 92 97 103 108 114 122 120 119 118 117 116 115 114 113 112 111 110 109 108 107 106
L 0 0 0 0 0 0 0 3 3 3 2 8 8 7 12 12 13 15 20 26 30 36 43 48 53 55 61 67 73 74 77 82 87 88 91 92 96 102 107 113 120 121 119 118 117 116 115 114 113 112 111 110 109 108 107 106
V 0 0 0 0 0 0 0 2 2 1 1 6 7 6 11 11 12 14 19 25 29 35 42 47 52 54 60 66 72 73 76 81 86 87 90 91 95 101 106 112 119 120 119 119 117 116 115 114 113 112 111 110 110 108 107 106
P 0 0 0 0 7 5 7 5 4 3 8 6 6 5 10 10 11 13 18 24 28 34 41 46 51 53 59 65 71 72 75 80 85 86 89 89 94 100 105 111 118 118 119 118 117 116 115 122 120 119 118 117 116 115 114 113
A 0 1 1 1 5 6 5 6 4 3 6 7 5 6 9 9 10 12 17 23 27 33 40 45 50 52 58 64 70 71 74 79 84 85 88 93 93 99 104 110 117 122 120 123 121 120 119 120 122 120 120 118 121 119 118 117
A 0 1 2 2 4 4 5 4 5 3 5 5 5 5 8 8 9 11 16 22 26 32 39 44 49 51 57 63 69 70 73 78 83 84 87 92 92 98 103 109 116 121 121 124 123 121 120 119 120 122 121 119 122 120 120 119
D 0 0 1 2 3 4 3 4 3 4 4 4 11 9 8 7 8 10 15 21 25 31 38 43 48 50 56 62 68 69 72 77 82 84 86 90 91 97 102 108 115 119 121 122 123 122 123 121 120 120 122 120 120 121 120 120
Q 0 0 0 1 2 8 6 5 5 4 3 3 9 9 11 9 8 9 14 20 24 30 37 42 47 49 55 61 67 68 71 76 81 82 86 89 90 96 101 107 114 118 124 122 121 124 124 122 121 120 120 123 121 120 121 120
D 0 0 0 0 1 6 7 5 4 4 3 2 9 8 11 9 8 8 13 19 23 29 36 41 46 48 54 60 66 67 70 75 80 82 84 88 89 95 100 106 113 117 122 122 121 122 126 124 123 122 121 121 121 120 120 121
K 0 0 0 0 0 5 5 12 10 9 8 7 7 7 9 9 7 7 12 18 22 28 35 40 45 48 53 59 65 66 69 74 79 80 83 87 88 94 99 105 112 116 121 121 120 126 124 125 123 122 122 123 121 120 120 120
Y 0 0 0 0 0 4 4 10 10 8 7 7 6 5 8 16 14 13 12 17 21 27 34 39 44 46 52 58 64 68 68 73 78 79 82 86 87 93 98 104 111 115 120 119 118 124 124 123 122 120 120 121 121 123 121 120
R 0 0 0 0 0 3 3 9 12 12 10 9 8 7 7 14 13 13 11 16 20 26 33 39 43 49 51 57 63 66 73 72 77 78 81 85 86 92 97 103 110 114 119 119 117 123 124 122 121 120 119 125 123 122 122 120
Q 0 0 0 0 0 5 3 8 10 13 11 10 9 8 9 13 11 12 11 16 19 25 32 37 42 47 50 56 62 65 71 75 76 77 80 84 85 91 96 102 109 113 119 118 117 122 125 123 122 121 120 123 124 123 122 122
K 0 0 0 0 0 3 4 8 13 15 13 12 11 10 9 12 10 10 10 14 18 24 31 36 41 46 49 55 61 64 70 73 75 76 79 83 84 90 95 101 108 112 117 118 116 122 123 124 122 121 121 122 122 123 123 122
L 0 0 0 0 0 2 2 6 11 13 12 17 15 14 13 12 12 10 14 13 17 23 30 35 40 45 48 54 60 63 69 72 77 75 78 82 87 89 94 100 107 111 116 116 114 120 122 122 120 119 119 121 121 121 121 121
H 0 0 0 0 0 1 1 5 10 12 11 15 16 14 14 15 13 12 12 14 16 22 29 34 39 44 47 53 59 62 68 71 75 78 77 81 85 88 93 99 106 110 115 115 114 119 121 121 120 118 118 120 120 129 127 126
S 0 4 4 4 2 1 0 4 9 11 11 14 15 16 14 13 13 14 12 12 15 21 28 33 38 43 46 52 58 61 67 70 74 76 78 80 84 87 92 98 105 109 114 116 115 118 120 120 121 120 122 120 121 127 133 131
K 0 2 4 4 3 3 1 5 9 14 12 13 13 14 17 15 14 13 12 13 14 20 27 32 37 42 45 51 57 60 66 69 73 75 77 79 83 86 91 97 104 108 113 114 114 120 119 119 119 119 120 124 122 126 131 133
S 0 4 6 8 6 5 4 3 7 12 13 12 13 13 15 15 13 15 13 12 13 19 26 31 36 41 44 50 56 59 65 68 72 74 75 78 82 85 90 96 103 107 112 114 114 118 120 118 119 119 123 122 125 125 130 135
T 0 2 5 7 7 5 4 3 6 11 11 12 11 12 14 13 13 18 16 15 14 18 25 30 35 40 43 49 55 58 64 67 71 73 74 77 81 84 89 95 102 106 111 112 112 117 118 119 117 117 121 122 123 124 129 133
S 0 4 6 9 7 7 5 4 5 10 10 10 12 11 13 12 11 16 16 16 14 17 24 29 34 39 42 48 54 57 63 66 70 72 73 76 80 83 88 94 101 105 110 112 112 116 117 117 119 117 121 120 123 123 128 133
----------------------
|Best Local Alignment|
----------------------
Alignment Score:135
Alignment Results:
S(SS-P--QP---KK-KPLDG---EYFTLQIRGRERFEMFRELNEALELKD---AQAGKEPGGS-RA--HS-S)
|| | || || | | |||| || |||| | ||||| | | | || |
TFKE(SSLPSSQPEDSKKTKTTSSNEEEIFTLQVRGKKRFEMLKMINDSLELKDLVPA-ADQD---KYRQKLHSKS)TS