-
Notifications
You must be signed in to change notification settings - Fork 3
/
VPOT_6_utility.py
87 lines (86 loc) · 3.16 KB
/
VPOT_6_utility.py
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
###########################################################################################################
# #
###########################################################################################################
#
import sys, re, glob, os, subprocess, time #
import numpy as np #
import VPOT_conf, VPOT_6_1_convertVEP #
from shutil import copyfile #
#
tab='\t' #
nl='\n' #
#
###########################################################################################################
# Define global variables
##########################################################################################################
suffix=str(int(time.time())) # get a unique timestamp for suffix
#
supplied_args=0 #
#
Sample_loc=-1 #
#
info_msg1_1="VPOT utility : Invalid number of inputs."
#
Ast_ln=VPOT_conf.nl+"*********************************************************************************************"+VPOT_conf.nl #
############################################################################################################
###########################################################################################################
#
###########################################################################################################
def initial_setup():
#
global supplied_args
#
print ("initial_setup():") #
print (suffix) #
# print (sys.argv) #
supplied_args=len(sys.argv) #
# print (supplied_args) #
#
if (supplied_args < 5 ): # arg [0] is the python program, must have at least 5 args,
print (info_msg1_1) #
return 1 #
else :
VPOT_conf.ufunction=sys.argv[2] #
VPOT_conf.input_file=sys.argv[3] #
VPOT_conf.final_output_file=sys.argv[4] #
# print (VPOT_conf.input_file)
#
# VPOT_conf.final_output_file=VPOT_conf.output_dir+"variant_merge_file_"+suffix+".txt" #
# VPOT_conf.temp_output_file=VPOT_conf.output_dir+"variant_merge_file_"+suffix+"_tmp.txt" #
# VPOT_conf.working_file1=VPOT_conf.output_dir+"working_file1_"+suffix+"_tmp.txt" #
# VPOT_conf.working_file2=VPOT_conf.output_dir+"working_file2_"+suffix+"_tmp.txt" #
# VPOT_conf.full_file1=VPOT_conf.output_dir+"full_file1_"+suffix+"_tmp.txt" #
# VPOT_conf.full_file2=VPOT_conf.output_dir+"full_file2_"+suffix+"_tmp.txt" #
# VPOT_conf.sort_file1=VPOT_conf.output_dir+"sort_file1_"+suffix+"_tmp.txt" #
# VPOT_conf.sort_file2=VPOT_conf.output_dir+"sort_file2_"+suffix+"_tmp.txt" #
print ("output : ",VPOT_conf.final_output_file) #
return 0 #
#
#
###########################################################################################################
#
###########################################################################################################
def main(): #
##
global scorefile #
global gene_loc #
global infile_shape #
#
VPOT_conf.init() #
#
print ("VPOT utilities - Main") #
#
if (initial_setup() != 0): #
# print "no good" #
return #
#
if (VPOT_conf.ufunction=="convertVEP"): #
# print ("opt1")
print ("VPOT : utility option - ", VPOT_conf.ufunction,"- selected.")
VPOT_6_1_convertVEP.main() #
else :
print ("VPOT : utility option - ", VPOT_conf.ufunction,"- not found ")
#
#
#
############################################################################################################