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\documentclass{amu_these}
\begin{document}
%%% préambule
%% page de titre
\chead{}
\pdfbookmark[0]{Page de titre}{titre}
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%% licence
\newpage
\thispagestyle{empty}
\input{tex/licence}
%% résumé
\chapter*{Résumé}
\input{tex/resume}
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%% abstract
\chapter*{Abstract}
\input{tex/abstract}
\addcontentsline{toc}{chapter}{Abstract}
%% remerciement
\chapter*{Remerciements}
\input{tex/remercie}
%% TOC
\newpage
\pdfbookmark[0]{Table des matières}{tdm}
\tocloftpagestyle{plain}
\tableofcontents
%% LOF
\listoffigures
%% LOT
\begingroup % permet de garder la LOF et la LOT sur la même page
\let\clearpage\relax
\listoftables
\endgroup
%%%% corps
\chapter*{Introduction}
\input{tex/intro}
\addcontentsline{toc}{chapter}{Introduction}
\chapter{Généralités}
\input{tex/chap1}
\chapter{Méthodologie de la recherche}
\input{tex/chap2}
\chapter{Troisième partie}
\input{tex/chap3}
\chapter{Quatrième partie}
\input{tex/chap4}
\chapter*{Conclusion}
\input{tex/conc}
\addcontentsline{toc}{chapter}{Conclusion}
%%%%
%%% appendice
\appendix
%% bibliographie
\newpage
\phantomsection
\addcontentsline{toc}{chapter}{Bibliographie}
\input{tex/biblio}
%% index
\printindex
%% notes
\phantomsection
\addcontentsline{toc}{chapter}{Notes}
\theendnotes
%% annexes
\setcounter{chapter}{0}
\renewcommand{\thesection}{\Alph{section}}
\chapter*{ANNEXES}
\addcontentsline{toc}{chapter}{ANNEXES}
\input{tex/annexe1}
\input{tex/annexe2}
\end{document}