From cc98940f9341b541a0bbce631764dc68a4dd259d Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: Sebastian Krautwurst <raverjay@gmail.com>
Date: Thu, 28 Jan 2021 10:09:31 +0100
Subject: [PATCH] added --csv_no_header

---
 README.md               |    2 +
 fastcov.py              |    8 +-
 input_interpretation.py |    3 +
 test.csv                | 1314 +++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
 4 files changed, 1323 insertions(+), 4 deletions(-)
 create mode 100644 test.csv

diff --git a/README.md b/README.md
index d303175..b785550 100644
--- a/README.md
+++ b/README.md
@@ -21,6 +21,7 @@ makes use of
 ## Full usage
 ```
 usage: fastcov.py [-h] [-p POSITION] [-l] [-o OUTPUT_FILE] [-c CSV_OUT]
+                  [--csv_no_header]
                   bamfile [bamfile ...]
 
 Plot the coverage based on some bam files.
@@ -45,4 +46,5 @@ optional arguments:
                         Specify csv data output filename. Use '-' to write to
                         stdout. Will disable plot output by default, specify
                         --output_file to re-enable plot output.
+  --csv_no_header       Suppress column names in csv output.
 ```
diff --git a/fastcov.py b/fastcov.py
index 775e9b4..cbbc7c6 100755
--- a/fastcov.py
+++ b/fastcov.py
@@ -73,12 +73,12 @@ def fastcov_main():
     if args.csv_out:
         if args.csv_out == '-':
             log('Writing csv to stdout ...')
-            data.to_csv(sys.stdout)
-            log(f'Wrote csv data to stdout')
+            data.to_csv(sys.stdout, header=(not args.csv_no_header))
+            log(f'Wrote csv data to stdout.')
         else:
             log('Writing csv ...')
-            data.to_csv(args.csv_out)
-            log(f'Wrote csv data to {args.csv_out}')
+            data.to_csv(args.csv_out, header=(not args.csv_no_header))
+            log(f'Wrote csv data to {args.csv_out}.')
         if not args.output_file:
             do_plots = False
 
diff --git a/input_interpretation.py b/input_interpretation.py
index 842b9b4..0297b41 100644
--- a/input_interpretation.py
+++ b/input_interpretation.py
@@ -30,7 +30,10 @@ def parse_args():
     parser.add_argument("-c", "--csv_out",
                         help="Specify csv data output filename. Use '-' to write to stdout. Will disable plot output by default, "
                              "specify --output_file to re-enable plot output.")
+    parser.add_argument("--csv_no_header", action='store_true',
+                        help="Suppress column names in csv output.")
     args = parser.parse_args()
+
     return args
 
 
diff --git a/test.csv b/test.csv
new file mode 100644
index 0000000..4118154
--- /dev/null
+++ b/test.csv
@@ -0,0 +1,1314 @@
+1,0
+2,1
+3,1
+4,1
+5,1
+6,1
+7,1
+8,1
+9,1
+10,1
+11,1
+12,1
+13,1
+14,1
+15,1
+16,1
+17,1
+18,1
+19,1
+20,1
+21,1
+22,1
+23,1
+24,1
+25,1
+26,1
+27,1
+28,1
+29,0
+30,0
+31,1
+32,1
+33,0
+34,1
+35,1
+36,1
+37,1
+38,1
+39,1
+40,1
+41,1
+42,1
+43,1
+44,1
+45,1
+46,1
+47,1
+48,1
+49,1
+50,1
+51,1
+52,1
+53,0
+54,0
+55,0
+56,1
+57,1
+58,1
+59,1
+60,1
+61,1
+62,1
+63,1
+64,1
+65,1
+66,1
+67,1
+68,1
+69,1
+70,1
+71,1
+72,1
+73,1
+74,1
+75,1
+76,1
+77,1
+78,1
+79,1
+80,1
+81,1
+82,2
+83,1
+84,1
+85,2
+86,2
+87,2
+88,2
+89,2
+90,2
+91,2
+92,2
+93,2
+94,2
+95,2
+96,2
+97,2
+98,2
+99,2
+100,2
+101,2
+102,2
+103,2
+104,2
+105,2
+106,2
+107,2
+108,2
+109,2
+110,2
+111,2
+112,2
+113,2
+114,2
+115,2
+116,2
+117,1
+118,1
+119,2
+120,2
+121,2
+122,3
+123,3
+124,3
+125,3
+126,3
+127,3
+128,3
+129,3
+130,3
+131,2
+132,2
+133,2
+134,3
+135,3
+136,3
+137,3
+138,2
+139,3
+140,3
+141,3
+142,3
+143,3
+144,3
+145,3
+146,3
+147,1
+148,1
+149,3
+150,3
+151,3
+152,3
+153,3
+154,3
+155,3
+156,3
+157,3
+158,3
+159,3
+160,3
+161,4
+162,4
+163,4
+164,4
+165,4
+166,3
+167,4
+168,4
+169,4
+170,3
+171,4
+172,4
+173,4
+174,4
+175,4
+176,4
+177,4
+178,3
+179,4
+180,3
+181,4
+182,4
+183,4
+184,4
+185,4
+186,4
+187,4
+188,4
+189,4
+190,4
+191,4
+192,4
+193,4
+194,4
+195,4
+196,4
+197,4
+198,4
+199,4
+200,4
+201,4
+202,3
+203,3
+204,4
+205,4
+206,2
+207,4
+208,2
+209,2
+210,4
+211,4
+212,4
+213,4
+214,4
+215,4
+216,4
+217,4
+218,4
+219,4
+220,4
+221,4
+222,4
+223,4
+224,4
+225,4
+226,4
+227,4
+228,3
+229,4
+230,4
+231,3
+232,4
+233,4
+234,4
+235,4
+236,4
+237,4
+238,4
+239,4
+240,4
+241,4
+242,4
+243,4
+244,4
+245,4
+246,4
+247,4
+248,4
+249,4
+250,4
+251,3
+252,4
+253,4
+254,4
+255,4
+256,4
+257,4
+258,4
+259,4
+260,4
+261,4
+262,4
+263,4
+264,4
+265,4
+266,4
+267,4
+268,3
+269,4
+270,4
+271,3
+272,3
+273,3
+274,4
+275,4
+276,4
+277,4
+278,2
+279,1
+280,4
+281,3
+282,3
+283,4
+284,4
+285,4
+286,4
+287,4
+288,3
+289,3
+290,4
+291,3
+292,4
+293,4
+294,4
+295,4
+296,4
+297,3
+298,4
+299,4
+300,4
+301,4
+302,4
+303,4
+304,3
+305,4
+306,4
+307,4
+308,4
+309,4
+310,4
+311,4
+312,4
+313,4
+314,4
+315,4
+316,4
+317,4
+318,2
+319,3
+320,4
+321,3
+322,4
+323,3
+324,4
+325,4
+326,4
+327,4
+328,4
+329,4
+330,4
+331,4
+332,4
+333,4
+334,3
+335,3
+336,3
+337,4
+338,4
+339,4
+340,4
+341,4
+342,3
+343,4
+344,4
+345,4
+346,4
+347,4
+348,4
+349,4
+350,4
+351,4
+352,4
+353,4
+354,4
+355,4
+356,4
+357,4
+358,4
+359,4
+360,4
+361,4
+362,4
+363,4
+364,4
+365,4
+366,4
+367,4
+368,4
+369,4
+370,4
+371,4
+372,4
+373,4
+374,4
+375,4
+376,4
+377,4
+378,4
+379,3
+380,3
+381,3
+382,3
+383,3
+384,3
+385,3
+386,3
+387,2
+388,2
+389,3
+390,4
+391,2
+392,3
+393,4
+394,4
+395,4
+396,4
+397,4
+398,2
+399,2
+400,3
+401,4
+402,4
+403,4
+404,4
+405,4
+406,4
+407,4
+408,4
+409,4
+410,4
+411,4
+412,4
+413,4
+414,2
+415,4
+416,4
+417,4
+418,4
+419,4
+420,4
+421,4
+422,4
+423,4
+424,4
+425,4
+426,2
+427,2
+428,4
+429,4
+430,5
+431,5
+432,4
+433,3
+434,4
+435,6
+436,6
+437,6
+438,6
+439,6
+440,6
+441,4
+442,6
+443,6
+444,6
+445,6
+446,5
+447,6
+448,6
+449,6
+450,6
+451,4
+452,5
+453,5
+454,6
+455,6
+456,6
+457,6
+458,5
+459,5
+460,5
+461,7
+462,7
+463,7
+464,7
+465,7
+466,7
+467,7
+468,7
+469,7
+470,7
+471,7
+472,7
+473,7
+474,7
+475,7
+476,7
+477,7
+478,7
+479,9
+480,9
+481,9
+482,8
+483,9
+484,8
+485,9
+486,9
+487,9
+488,8
+489,8
+490,8
+491,8
+492,9
+493,9
+494,9
+495,9
+496,9
+497,9
+498,9
+499,9
+500,9
+501,9
+502,9
+503,9
+504,9
+505,9
+506,9
+507,9
+508,5
+509,9
+510,8
+511,7
+512,8
+513,9
+514,9
+515,9
+516,9
+517,9
+518,9
+519,9
+520,8
+521,8
+522,7
+523,9
+524,9
+525,9
+526,9
+527,9
+528,7
+529,7
+530,7
+531,9
+532,8
+533,8
+534,9
+535,9
+536,9
+537,9
+538,9
+539,9
+540,9
+541,9
+542,9
+543,9
+544,9
+545,9
+546,9
+547,9
+548,9
+549,9
+550,7
+551,5
+552,6
+553,9
+554,9
+555,9
+556,9
+557,9
+558,9
+559,9
+560,9
+561,9
+562,9
+563,8
+564,8
+565,7
+566,6
+567,9
+568,9
+569,6
+570,8
+571,9
+572,8
+573,8
+574,9
+575,8
+576,9
+577,9
+578,9
+579,9
+580,8
+581,8
+582,8
+583,7
+584,6
+585,8
+586,8
+587,7
+588,9
+589,9
+590,9
+591,9
+592,9
+593,9
+594,9
+595,9
+596,9
+597,8
+598,8
+599,7
+600,7
+601,9
+602,9
+603,9
+604,9
+605,7
+606,7
+607,9
+608,10
+609,10
+610,10
+611,10
+612,10
+613,8
+614,3
+615,10
+616,10
+617,10
+618,10
+619,10
+620,10
+621,10
+622,9
+623,9
+624,9
+625,9
+626,10
+627,10
+628,10
+629,10
+630,10
+631,10
+632,10
+633,10
+634,10
+635,9
+636,10
+637,9
+638,8
+639,8
+640,10
+641,10
+642,10
+643,10
+644,10
+645,9
+646,9
+647,9
+648,10
+649,10
+650,10
+651,9
+652,10
+653,10
+654,10
+655,9
+656,7
+657,10
+658,10
+659,8
+660,9
+661,10
+662,10
+663,10
+664,10
+665,10
+666,10
+667,10
+668,10
+669,10
+670,10
+671,10
+672,10
+673,10
+674,10
+675,10
+676,9
+677,9
+678,8
+679,10
+680,10
+681,10
+682,10
+683,10
+684,10
+685,10
+686,10
+687,10
+688,10
+689,10
+690,10
+691,10
+692,10
+693,9
+694,8
+695,5
+696,6
+697,7
+698,10
+699,11
+700,11
+701,11
+702,11
+703,9
+704,9
+705,9
+706,11
+707,11
+708,11
+709,10
+710,10
+711,10
+712,10
+713,8
+714,8
+715,9
+716,11
+717,11
+718,11
+719,11
+720,11
+721,10
+722,10
+723,10
+724,10
+725,10
+726,11
+727,11
+728,11
+729,11
+730,11
+731,11
+732,11
+733,11
+734,11
+735,10
+736,11
+737,11
+738,11
+739,11
+740,11
+741,11
+742,11
+743,11
+744,11
+745,11
+746,11
+747,9
+748,10
+749,10
+750,11
+751,11
+752,9
+753,11
+754,11
+755,11
+756,11
+757,5
+758,6
+759,6
+760,8
+761,10
+762,11
+763,11
+764,11
+765,11
+766,11
+767,11
+768,11
+769,11
+770,11
+771,10
+772,10
+773,10
+774,10
+775,9
+776,10
+777,10
+778,10
+779,9
+780,10
+781,11
+782,11
+783,11
+784,11
+785,10
+786,9
+787,8
+788,11
+789,11
+790,11
+791,11
+792,11
+793,11
+794,11
+795,9
+796,12
+797,12
+798,12
+799,12
+800,12
+801,12
+802,12
+803,12
+804,12
+805,12
+806,12
+807,12
+808,10
+809,12
+810,12
+811,12
+812,12
+813,12
+814,12
+815,12
+816,11
+817,11
+818,10
+819,12
+820,12
+821,12
+822,12
+823,9
+824,12
+825,12
+826,12
+827,12
+828,12
+829,12
+830,12
+831,12
+832,12
+833,11
+834,11
+835,12
+836,12
+837,11
+838,12
+839,12
+840,12
+841,12
+842,12
+843,12
+844,9
+845,12
+846,12
+847,12
+848,11
+849,11
+850,12
+851,12
+852,9
+853,11
+854,11
+855,12
+856,11
+857,12
+858,11
+859,11
+860,12
+861,11
+862,11
+863,9
+864,10
+865,12
+866,12
+867,11
+868,12
+869,11
+870,12
+871,12
+872,12
+873,11
+874,12
+875,12
+876,12
+877,12
+878,10
+879,8
+880,12
+881,12
+882,11
+883,10
+884,10
+885,11
+886,10
+887,12
+888,12
+889,12
+890,12
+891,12
+892,12
+893,12
+894,12
+895,11
+896,12
+897,12
+898,12
+899,12
+900,12
+901,12
+902,12
+903,12
+904,12
+905,12
+906,11
+907,11
+908,11
+909,11
+910,12
+911,11
+912,11
+913,12
+914,11
+915,12
+916,12
+917,12
+918,8
+919,11
+920,11
+921,12
+922,10
+923,11
+924,11
+925,12
+926,13
+927,12
+928,11
+929,8
+930,9
+931,11
+932,12
+933,12
+934,11
+935,12
+936,12
+937,11
+938,12
+939,11
+940,12
+941,13
+942,13
+943,13
+944,13
+945,13
+946,13
+947,13
+948,13
+949,13
+950,13
+951,14
+952,14
+953,14
+954,14
+955,14
+956,14
+957,12
+958,12
+959,12
+960,14
+961,14
+962,14
+963,14
+964,14
+965,14
+966,14
+967,14
+968,14
+969,14
+970,14
+971,14
+972,14
+973,14
+974,14
+975,12
+976,12
+977,12
+978,15
+979,15
+980,15
+981,15
+982,15
+983,15
+984,15
+985,15
+986,15
+987,15
+988,14
+989,16
+990,16
+991,16
+992,16
+993,15
+994,14
+995,16
+996,16
+997,15
+998,16
+999,16
+1000,16
+1001,16
+1002,16
+1003,15
+1004,15
+1005,14
+1006,14
+1007,14
+1008,16
+1009,15
+1010,15
+1011,15
+1012,15
+1013,16
+1014,17
+1015,17
+1016,17
+1017,17
+1018,17
+1019,16
+1020,15
+1021,16
+1022,16
+1023,16
+1024,16
+1025,16
+1026,14
+1027,16
+1028,17
+1029,17
+1030,16
+1031,17
+1032,16
+1033,16
+1034,16
+1035,16
+1036,14
+1037,14
+1038,12
+1039,16
+1040,16
+1041,17
+1042,15
+1043,16
+1044,16
+1045,16
+1046,15
+1047,17
+1048,17
+1049,17
+1050,17
+1051,16
+1052,16
+1053,16
+1054,14
+1055,15
+1056,16
+1057,15
+1058,16
+1059,17
+1060,16
+1061,16
+1062,17
+1063,17
+1064,16
+1065,16
+1066,16
+1067,17
+1068,16
+1069,16
+1070,16
+1071,17
+1072,17
+1073,18
+1074,18
+1075,18
+1076,18
+1077,18
+1078,17
+1079,18
+1080,18
+1081,18
+1082,17
+1083,18
+1084,18
+1085,18
+1086,11
+1087,3
+1088,10
+1089,10
+1090,18
+1091,17
+1092,9
+1093,12
+1094,12
+1095,17
+1096,17
+1097,18
+1098,18
+1099,14
+1100,15
+1101,14
+1102,19
+1103,16
+1104,17
+1105,16
+1106,14
+1107,15
+1108,16
+1109,15
+1110,18
+1111,16
+1112,16
+1113,19
+1114,19
+1115,19
+1116,19
+1117,19
+1118,17
+1119,19
+1120,19
+1121,19
+1122,19
+1123,19
+1124,19
+1125,18
+1126,17
+1127,17
+1128,19
+1129,19
+1130,19
+1131,19
+1132,19
+1133,17
+1134,19
+1135,19
+1136,19
+1137,18
+1138,19
+1139,19
+1140,19
+1141,19
+1142,18
+1143,17
+1144,18
+1145,15
+1146,3
+1147,12
+1148,16
+1149,18
+1150,18
+1151,18
+1152,19
+1153,18
+1154,18
+1155,18
+1156,18
+1157,17
+1158,16
+1159,16
+1160,18
+1161,18
+1162,19
+1163,19
+1164,19
+1165,19
+1166,18
+1167,17
+1168,18
+1169,19
+1170,18
+1171,19
+1172,19
+1173,19
+1174,19
+1175,19
+1176,18
+1177,19
+1178,19
+1179,19
+1180,18
+1181,19
+1182,19
+1183,18
+1184,19
+1185,19
+1186,19
+1187,19
+1188,18
+1189,18
+1190,20
+1191,20
+1192,19
+1193,19
+1194,19
+1195,18
+1196,20
+1197,19
+1198,18
+1199,20
+1200,19
+1201,19
+1202,20
+1203,21
+1204,20
+1205,20
+1206,21
+1207,20
+1208,21
+1209,21
+1210,21
+1211,20
+1212,21
+1213,19
+1214,18
+1215,20
+1216,21
+1217,21
+1218,21
+1219,21
+1220,21
+1221,17
+1222,20
+1223,18
+1224,19
+1225,15
+1226,17
+1227,20
+1228,20
+1229,20
+1230,19
+1231,18
+1232,19
+1233,19
+1234,19
+1235,19
+1236,20
+1237,19
+1238,19
+1239,19
+1240,19
+1241,20
+1242,20
+1243,19
+1244,20
+1245,20
+1246,20
+1247,20
+1248,19
+1249,20
+1250,20
+1251,20
+1252,19
+1253,20
+1254,20
+1255,20
+1256,20
+1257,20
+1258,19
+1259,19
+1260,14
+1261,19
+1262,19
+1263,19
+1264,19
+1265,18
+1266,18
+1267,19
+1268,19
+1269,18
+1270,19
+1271,19
+1272,19
+1273,19
+1274,19
+1275,15
+1276,12
+1277,14
+1278,11
+1279,11
+1280,13
+1281,16
+1282,15
+1283,16
+1284,16
+1285,16
+1286,9
+1287,14
+1288,15
+1289,13
+1290,12
+1291,15
+1292,13
+1293,5
+1294,5
+1295,5
+1296,8
+1297,10
+1298,11
+1299,11
+1300,11
+1301,13
+1302,13
+1303,13
+1304,13
+1305,13
+1306,13
+1307,13
+1308,13
+1309,13
+1310,12
+1311,12
+1312,12
+1313,11
+1314,10