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DE "à la carte" #6

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CharlesJB opened this issue Oct 4, 2023 · 0 comments
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DE "à la carte" #6

CharlesJB opened this issue Oct 4, 2023 · 0 comments

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@CharlesJB
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Il faut ajouter des colonnes dans le de_infos pour modifier les champs qui sont affichés dans les résultats de DE:

  • Afficher ou non les statistiques intermédiaires de DESeq2
  • Afficher les comptes moyens (baseMean)
  • Afficher les comptes moyens par groupe (voir add_mean_TPM dans R/DE.R)
  • Afficher les comptes pour tous les échantillons impliqués dans la comparaison en cours
  • Afficher ces valeurs en TPM, avec la normalisation de DESeq2 ou bien les 2

Il faudrait que toutes ces options soient paramétrables. Voir aussi les fonctions dans R/DE.R, un partie de ces options ont été implémentées mais il faudrait surement nettoyer et/ou combiner une partie de ces fonctions.
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@CharlesJB