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Arabidopsis360.yaml
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Arabidopsis360.yaml
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## Raw Data
#######################################################################
raw_data: /home/ycth8/data/projects/HAPPI_GWAS/raw_data/Arabidopsis_360/05_22_2019_Arabidopsis_360_BCAA_raw.csv
by_column:
- 1
- 2
start_column: 3
#######################################################################
## BLUP or BLUE
#######################################################################
BLUP:
BLUP_by_column:
- 1
BLUP_start_column: 2
#######################################################################
## Gapit3
#######################################################################
GAPIT_kinship_matrix:
GAPIT_covariates:
GAPIT_hapmap:
GAPIT_genotype_data_numeric:
GAPIT_genotype_map_numeric:
GAPIT_hapmap_file_extension:
GAPIT_genotype_data_numeric_file_extension: txt
GAPIT_genotype_map_numeric_file_extension: txt
GAPIT_hapmap_filename:
GAPIT_genotype_data_numeric_filename: Call_Method_75_GD
GAPIT_genotype_map_numeric_filename: IMPORTANT_Call_Method_75_GM
GAPIT_genotype_file_path: /home/ycth8/data/projects/HAPPI_GWAS/reference_files/genotype_files/Arabidopsis_360/
GAPIT_genotype_file_named_sequentially_from: 1
GAPIT_genotype_file_named_sequentially_to: 4
GAPIT_model:
# - GLM
# - MLM
# - MLMM
# - SUPER
- FarmCPU
GAPIT_SNP_MAF: 0.05
GAPIT_PCA_total: 3
GAPIT_Model_selection: TRUE
GAPIT_SNP_test: TRUE
GAPIT_file_output: TRUE
GAPIT_p_value_threshold: 4.67e-8
GAPIT_p_value_fdr_threshold:
GAPIT_LD_number: 5000
#######################################################################
## Haploview
#######################################################################
Haploview_file_path: /home/ycth8/data/projects/HAPPI_GWAS/reference_files/haploview_files/Arabidopsis_360/
Haploview_file_name: Chr
Haploview_file_extension: txt
Haploview_file_named_sequentially_from: 1
Haploview_file_named_sequentially_to: 5
#######################################################################
## Match Gene Start and Stop
#######################################################################
GFF_file_path: /home/ycth8/data/projects/HAPPI_GWAS/reference_files/gene_annotation_files/Arabidopsis_360/
GFF_file_name: Chr
GFF_file_extension: txt
GFF_file_named_sequentially_from: 1
GFF_file_named_sequentially_to: 5
#######################################################################
## Output Directory
#######################################################################
output: ../output/02_08_2020_output_Arabidopsis_360